引用

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指南

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使用第plugins中的任何specific publications。

2.使用第ImageJ flavor(s)的一般文件；例如。： - If you used Fiji, cite the Fiji paper. - If you used ImageJ2, cite the ImageJ2 paper. - If you used the original ImageJ, cite the ImageJ paper. 如果期刊参考限制造成干扰，则应优先考虑特定于插件的出版物。

一般来说，请引用这些项目——它们的长远未来取决于此！

感谢您的支持。

ImageJ 和变体

图像J

doi:10.1038/nmeth.2089

图像J2

doi:10.1186/s12859-017-1934-z

斐济

doi:10.1038/nmeth.2019

支持库

图像库2

doi:10.1093/bioinformatics/bts543

SciJava 通用

Rueden, C.、Schindelin, J.、Hiner, M. 和 Eliceiri, K. (2021)。 SciJava 通用[软件]。 https://scijava.org/.

科幻小说

doi:10.1186/s12859-016-1383-0

ImageJ 操作

Rueden, C.、Dietz, C.、Horn, M.、Schindelin, J.、Northan, B.、Berthold, M. 和 Eliceiri, K. (2021)。 ImageJ Ops [软件]。 https://imagej.net/Ops.

可引用软件

下表列出了所有可引用的软件包、插件等，记录在网站上。要将工具添加到此列表，请添加 doi: 将其发布到该工具的 wiki 页面。

项目	引用的出版物
生物格式	doi:10.1083/jcb.201004104
ImageJ 的风味	doi:10.1002/mrd.22489
IJ-OpenCV	doi:10.1016/j.compbiomed.2017.03.027
ImageJ 操作	Rueden, C.、Dietz, C.、Horn, M.、Schindelin, J.、Northan, B.、Berthold, M. 和 Eliceiri, K. (2021)。 ImageJ Ops [软件]。 https://imagej.net/Ops.
图像库2	doi:10.1093/bioinformatics/bts543
科幻小说	doi:10.1186/s12859-016-1383-0
科学Java	Rueden, C.、Schindelin, J.、Hiner, M. 和 Eliceiri, K. (2021)。 SciJava 通用[软件]。 https://scijava.org/.
TensorFlow	doi:10.5281/zenodo.4724125
纪尧姆·雅克梅	doi:10.1083/jcb.201704045
3D ImageJ 套件	doi:10.1093/bioinformatics/btt276
3D查看器	doi:10.1186/1471-2105-11-274
3D脚本	doi:10.1038/s41592-019-0359-1
AccPbFRET	doi:10.1186/1471-2105-9-346
操作栏	doi:10.6084/m9.figshare.3397603
活动图J	doi:10.1177/0748730411414264
脂肪酶Q	doi:10.1091/mbc.E21-11-0592
羊驼毛	doi:10.1038/s41431-021-00907-9
分析骨骼	doi:10.1002/jemt.20829
二维各向异性扩散	doi:10.1109/TPAMI.2005.87
阿特拉斯工具包	doi:10.1038/srep20732
轴网	doi:10.48550/arXiv.1908.02919
气球分割	doi:10.1038/nmeth.1940
酒吧	doi:10.5281/zenodo.28838
大数据查看器	doi:10.1038/nmeth.3392
大缝合器	doi:10.1038/s41592-019-0501-0
大扭曲	doi:10.1109/ISBI.2016.7493463
漂白校正	doi:10.12688/f1000research.27171.1
骨J	doi:10.12688/wellcomeopenres.16619.2
骨J1	doi:10.1016/j.bone.2010.08.023
纤毛Q	doi:10.1140/epje/s10189-021-00031-y
清除音量	doi:10.1038/nmeth.3372
殖民地区	doi:10.1371/journal.pone.0092444
畸变校正	doi:10.1016/j.jsb.2010.04.012
DS4H 图像对齐	doi:10.3389/fimmu.2019.02353
椭圆分割	doi:10.5281/zenodo.834339
Fast4DReg	doi:10.1088/1361-6463/ab0261
图J	doi:10.1111/jmi.12069
斐济 Z 间距校正	doi:10.1109/ISBI.2015.7163922
斐济之翼	doi:10.1534/g3.113.006676
菲洛定量	doi:10.1083/jcb.201704045
FLIMJ	doi:10.1371/journal.pone.0238327
弗兰吉	doi:10.1007/BFb0056195
频率	doi:10.1016/j.xpro.2022.101542
格拉斯贝	doi:10.1002/col.20327
粒度过滤	doi:10.1016/j.jneumeth.2005.07.011
IJ 斑点	doi:10.5334/jors.ae
图像拼接	doi:10.1093/bioinformatics/btp184
胰岛J	doi:10.3727/096368916X692005
迭代解卷积 3D	doi:10.2514/6.2005-2961
雅各布	doi:10.1111/j.1365-2818.2006.01706.x
Labkit - 斐济的直观像素分类	doi:10.3389/fcomp.2022.777728
莱姆赛格	doi:10.1186/s12859-018-2471-0
使用 SIFT 进行线性堆栈对齐	doi:10.1023/B:VISI.0000029664.99615.94
弱光跟踪工具	doi:10.1364/OE.22.000210
肺J	doi:10.5258/SOTON/401280
MaMuT 入门	doi:10.7554/eLife.34410
马穆特	doi:10.7554/eLife.34410
显微镜聚焦质量	doi:10.1186/s12859-018-2087-4
米托博	doi:10.5334/jors.103
移动BIE	doi:10.1038/s41592-023-01776-4
模块化图像分析 (MIA)	doi:10.5281/zenodo.1201320
MorphoLibJ	doi:10.1093/bioinformatics/btw413
莫蒂克	doi:10.1091/mbc.E21-11-0585
移动最小二乘法	doi:10.1145/1179352.1141920
MTrack	doi:10.1038/s41598-018-37767-1
多重压裂	doi:10.1016/j.softx.2020.100574
神经元探测器	doi:10.5281/zenodo.1400718
非局部均值去噪	doi:10.5201/ipol.2011.bcm_nlm doi:10.1109/ISBI.2008.4541250
悬垂式	doi:10.5334/jors.97
光弯	doi:10.1039/C7SC04863G
像素FRET	doi:10.1002/jemt.20215
快速数据	doi:10.1371/journal.pone.0240280
快掌掌	doi:10.1038/nmeth0510-339
视网膜分析工具包	doi:10.1167/iovs.15-17599
脊线检测	doi:10.5281/zenodo.845874
荧光共振能量转移	doi:10.1038/s41598-023-30098-w doi:10.1002/cyto.a.20747
采样En2D	doi:10.1088/2057-1976/2/4/045002 doi:10.1109/EMBC.2014.6944339
形状过滤器	doi:10.5334/jors.ae
SNT › 肖尔分析	doi:10.1038/nmeth.3125
西格玛过滤器	doi:10.1016/0734-189X(83)90047-6
骨架化3D	doi:10.1002/jemt.20829
中小企业预测	doi:10.1038/ncomms15554
SNR_star – 基于协方差的 SNR 测量	doi:10.6009/jjrt.2022-1154
SNT › 策展	doi:10.1038/s41592-021-01105-7
SNT › 轮廓分析	doi:10.1038/s41592-021-01105-7
SNT	doi:10.1038/s41592-021-01105-7
SNT › 机器学习	doi:10.3389/fcomp.2022.777728 doi:10.1093/bioinformatics/btx180
SNT › 建模	doi:10.1038/s41592-021-01105-7 doi:10.3389/neuro.10.025.2009
SNT › 肖尔分析	doi:10.1038/nmeth.3125
SNT › 脊柱/静脉曲张/标签分析	doi:10.1038/s41592-021-01105-7
SNT › Strahler 分析（来自图像）	doi:10.1038/s41592-021-01105-7
精子Q	doi:10.3390/cells8010010
现货脊柱	doi:10.12688/f1000research.146327.2
芽形态学	doi:10.1186/s41232-016-0033-2
星距	doi:10.1007/978-3-030-00934-2_30
统计区域合并	doi:10.1109/TPAMI.2004.110
立体伴侣	doi:10.1101/648337
拼接 2D/3D	doi:10.1093/bioinformatics/btp184
随机去噪	doi:10.5244/C.23.117
SNT › Strahler 分析（来自图像）	doi:10.1038/s41592-021-01105-7
TrackMate 操作	doi:10.1101/2021.09.03.458852
TrackMate-ExTrack	doi:10.1083/jcb.202208059
TrackMate DoG 探测器	doi:10.1101/2021.09.03.458852
TrackMate Hessian 检测器	doi:10.1101/2021.09.03.458852
扩展 TrackMate	doi:10.1101/2021.09.03.458852
轨迹伴侣	doi:10.1101/2021.09.03.458852
使用 MATLAB 中的 TrackMate	doi:10.1101/2021.09.03.458852
TrackMate 准确度	doi:10.1101/2021.09.03.458852
使用 TrackMate 手动编辑曲目	doi:10.1101/2021.09.03.458852
使用 TrackMate 手动跟踪	doi:10.1101/2021.09.03.458852
用于编辑和导航 TrackMate 主视图的快捷方式	doi:10.1101/2021.09.03.458852
特拉克EM2	doi:10.1371/journal.pone.0038011
管状	doi:10.1016/s1361-8415(98)80009-1
可训练的 Weka 分割	doi:10.1093/bioinformatics/btx180
分割不确定性下的大规模细胞追踪	doi:10.48550/arXiv.2308.04526
VTEA › 体积组织探索和分析	doi:10.1681/ASN.2016091027
泽利格	doi:10.1101/2022.04.05.485876
MATLAB 脚本	doi:10.1093/bioinformatics/btw681
PyImageJ	doi:10.1038/s41592-022-01655-4
阿莉达	doi:10.5334/jors.124
生物7	doi:10.18637/jss.v049.i04
生物图像XD	doi:10.1038/nmeth.2047
细胞分析仪	doi:10.1186/gb-2006-7-10-r100 doi:10.1093/bioinformatics/btr095 doi:10.1371/journal.pbio.2005970 doi:10.1186/s12859-021-04344-9
恩德罗夫	doi:10.1038/nmeth.2478
斐济	doi:10.1038/nmeth.2019
趣图J	doi:10.1093/bioinformatics/btx710
冰冷的	doi:10.1038/nmeth.2075
图像J	doi:10.1038/nmeth.2089
图像J2	doi:10.1186/s12859-017-1934-z
图像Py	doi:10.1093/bioinformatics/bty313
伊姆乔伊	doi:10.1038/s41592-019-0627-0
ITK	doi:10.3233/978-1-60750-929-5-586
KNIME 分析平台	doi:10.3389/fcomp.2020.00008 doi:10.1016/j.jbiotec.2017.07.028 doi:10.1007/978-3-319-28549-8_7 doi:10.1007/978-3-540-78246-9_38
MBF 插件集合	doi:10.2144/000112517
微观经理	doi:10.1002/0471142727.mb1420s92
纳帕里	doi:10.5281/zenodo.3555620
美国国立卫生研究院图像	doi:10.1038/nmeth.2089
奥梅罗	doi:10.1038/nmeth.1896 doi:10.1016/j.ymeth.2015.10.006 doi:10.1007/s00335-015-9587-6
开放式SPIM	doi:10.1038/nmeth.2507
曲路径	doi:10.1038/s41598-017-17204-5
虚拟单元	doi:10.1016/S0167-7799(01)01740-1
维斯比奥	doi:10.1111/j.1600-0854.2004.00189.x

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