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As this plugin is no longer maintained… you can check out ImageJ Ops for Ridge Detection algorithms.
目的
该插件实现并扩展中描述的脊/线检测算法:
Steger, C., 1998。曲线结构的无偏检测器。IEEE模式分析和机器智能汇刊,20(2),第113–125页。
它与堆栈一起使用,是空闲的,具有预览模式并且能够解决重叠线。它依赖于apache-commons-lang 3库。对于ImageJ,其复制到plugins/jars中。
示例

此示例展示了该插件在碳纳米管图像上的应用(Sigma = 1.5,下阈值 = 1.3,上阈值 = 7)。
参数选择
必须指定三个参数。这些是强制参数。可选参数可用于估计强制参数
强制参数
西格玛:确定导数的西格玛。这取决于线宽。
下阈值: 缓慢阈值下限。响应小于此阈值的线路点将被拒绝。
上限阈值:上限缓慢阈值。接受响应大于此阈值的点。 如果连接到接受的点,则响应低于此阈值但下一个阈值的点被接受。
暗线:(真/假)此参数确定是否提取暗线或亮线。
可选参数
以下为估计强制参数的可选参数:
线宽 (\(w\)):线直径(以像素为单位)。它通过以下方式估计强制参数“Sigma”:
\[\sigma=\frac{w}{2\sqrt{3}}+0.5\]高估计 (\(b_{upper}\)):线性的最高灰度值。它通过以下方式估计强制参数“上限”:
\[T_{U}=\left\lfloor 0.17\cdot\frac{2\cdot b_{upper}\cdot\frac{w}{2}}{\sqrt{2\pi}\sigma^{3}}e^{-\frac{\left(\frac{w}{2}\right)^{2}}{2\sigma^{2}}}\right\rfloor\]恢复低 (\(b_{low}\)):线条的最低阈值。它通过以下方式估计强制参数“下阈值”:
\[T_{L}=\left\lfloor 0.17\cdot\frac{2\cdot b_{low}\cdot\frac{w}{2}}{\sqrt{2\pi}\sigma^{3}}e^{-\frac{\left(\frac{w}{2}\right)^{2}}{2\sigma^{2}}}\right\rfloor\]更多选项(正确/错误)
Correct position: Correct the line position if it has different contrast on each side of it.
估计宽度: 如果选择此选项,则估计线的宽度。
显示交汇点:如果选择此选项,将显示交汇点。
** 显示ID:** 将显示每条线路的ID。
详细模式:如果选择此选项,则运行时状态信息将打印到日志中。
结果显示:如果选择此选项,所有等高线和交汇点都会填充到结果表中。
添加到管理器:所有线路和汇流点都将添加到roi管理器。
重叠分辨率
您可以选择一种方法来尝试自动解决重叠问题。该方法的准确性将取决于数据的结构。
方法:无
默认行为:不假设重叠。任何潜在的交叉点都将被视为所涉及的山脊的终点。
方法:坡度
该方法假设当两个山脊重叠时,它们可能会继续沿着其路径移动而不是转弯。 **这最适合具有短暂重叠时间的数据集! **如果两个山脊有很大的底部重叠,则此方法的准确性将迅速下降。
如果您使用这种重叠分辨率方法,建议您首先在启用Preview的情况下调整脊线检测参数,确定最小的起始连接点集 - 以便每个脊线关怀与现实相匹配。
这种西格玛为 1.6 的检测会产生一组不适合基于斜率的重叠检测的线和交汇点。
同一张图像,西格玛为 3.0。这些是“真实”的交汇点,可以通过线斜率进行合理的重叠检测。
在此图像中,我们看到重叠检测效果不佳。在这种情况下,由于一只手臂底部有多余的连接点,导致误诊哪些线重叠。
成功检测脊线并启用基于坡度的重叠检测。选择线134来说明尽管有许多交叉点但仍选择完整线。
安装
打开Biomedgroup update site,其中包括主题检测插件。
如果您使用 ImageJ,只需将 RidgeDetection.jar 文件复制到您的插件文件夹中,把 apache-commons-lang 3 jar 文件复制到 plugins/jars 文件夹中。
谁用过这个插件?
这是使用该插件的图书列表:
doi:10.1088/1367-2630/18/5/055001
如何引用
我们认为最好的方法是引用形式化方法和使用的实现:
方法: