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芽形态学

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芽形态插件可测量在珠子发芽测定中生长的内皮细胞(EC)芽的芽数量长度宽度细胞密度。任选地,其包括测量这些芽与包含在测定中的周细胞的覆盖率,以及内皮细胞/周细胞之间的差异。

安装

要安装该插件,请激活血管生成 update site并重新启动Fiji。

满足

要打开分析的多通道图像的最大强度投影,然后通过AnalyzeSprout Morphology启动插件。该过程最多包含六个对话框:

通用配置

Configuration dialog

珠子检测

Bead detection

发芽检测

Sprout detection

细胞核分割

Nucleus segmentation

内皮细胞/周细胞分类

Cell classification of ECs and pericytes

周细胞覆盖

Pericyte coverage measurement

出版

doi:10.1186/s41232-016-0033-2