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SNT中的建模是通过Cortex3D (Cx3D)和sciview执行的。Cx3D于2009年开发，作为一种计算建模工具，用于模拟3D物理空间中的细胞分裂、迁移、神经突生长和趋化性等神经生长过程。它以流程图的生成模型而闻名。
与电生理学模拟器（例如，NEURON）不同，Cx3D在生长时间尺上运行：它模拟神经元如何生长和连接，而不是它们如何生长。Cx3D的Morphonets发行版已由Kyle Harrington修改以与SNT兼容。包括使用sciview进行3D可视化，以及支持基于图像的建模。
Synthetic neuron generated using the Random Branching demo, accessible from sciview’s Demo menu.
关键能力
- 形态发生：细胞在机械力和化学轻微控制的3D物理空间中分裂、迁移和生长神经突
- 基于代理：每个单元遵循当地规则；新兴的网络结构来源于这些规则
- 生长时间测量：神经生长的小时/天
- 编码环境线索：化学梯度/力等线索可以通过图像编码
注意：Cx3D 模拟中不考虑膜生物物理学和相关电缆方程
定制模型
目前，IDE是使用minimal-cx3d-example-project模板来实现自定义模型的最有效方法。有关详细信息，请参阅第GitHub project page作为。
