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the ImageJ2 platform本页介绍与 the ImageJ2 platform 相关的内容。点击徽标查看详情。

脚本编写

ImageJ ecosystem支持多种语言的脚本。您使用的哪个脚本系统取决于您正在运行的应用程序。

哪个脚本系统？

ImageJ 生态系统包含多种不同的脚本系统：

ImageJ ** 原始ImageJ (1.x)** 附带其自己的脚本支持：ImageJ macro language 以及一些其他脚本语言。对于此系统，请参考原始 ImageJ 网站上的 ImageJ developer documentation。 SciJava #@ script parameters 不是原始 ImageJ 的一部分。

Fiji  Fiji 附带SciJava脚本框架：一个跨语言系统，包含#@ parameters、#@script directive、#!Lang shebang、统一的Script Editor和许多supported languages。本节的其余部分介绍SciJava脚本编写。

术语

这些页面一致使用以下术语：

  • ImageJ — 原始ImageJ 1.x应用程序。
  • ImageJ2 — Fiji 构建的 ImageJ2 库。
  • Fiji — Fiji发行版（ImageJ + ImageJ2 + 精选插件集 + 基于Jaunch 的启动器）。
  • SciJava 脚本 — ImageJ2 和 Fiji 共享的跨语言脚本框架。
  • ImageJ 生态系统 — 以上所有内容，以及其他 ImageJ 风格的应用程序。

＃＃入门

支持的语言

支持许多不同的语言。下面总结了各种可能性。

推荐选项

Python Python是科学家们的普遍选择。有several ways to combine Python with Fiji。
Groovy Groovy是一种灵活而强烈的脚本语言，类似于Java，但不太冗长而且是动态类型的。明白了这一点，以后使用Java（如果需要）就会变得更容易。
ImageJ Macro ImageJ宏的功能不如其他脚本语言强大，但其设计易于学习和使用。
JavaScript JavaScript 是网络开发者中的流行选择。
Ruby (JRuby) Ruby是网络开发人员中的另一个流行选择。
Lisp (Clojure) Lisp 是计算机科学家中的流行选择。
R (Renjin) R是科学家和统计学家的普遍选择。

###其他选项

Java 您可以在脚本编辑器中编写Java插件代码。这是最艰难的路，也是最有力的路。
MATLAB Fiji 可以与 MATLAB 用户连接。有关详细信息，请参阅第 MATLAB Scripting 页。
BeanShell BeanShell是一种旧的脚本语言，主要是为了兼容和维护的。它与Java语法几乎100%兼容，Groovy也是如此。
Scala Scala支持目前一个实验阶段，存在错误。

脚本参数

所有 SciJava 脚本都有一个通用脚本参数表示法，用于声明输入和。这种输出方法可以使用 GenericDialog，它与用户界面完全无关，允许此类脚本在各种中运行。 相关详细信息，请参阅script parameters页面。

使用口译员

所有语言脚本都使用相同的基本解释器，具有以下共同功能。

通用键绑定

  • ↑ Up：在输入的命令之前带上。
  • ↓ Down：引入下一个键入的命令。
  • ↵ Enter：执行提示内容。

多行编辑和按键绑定

您可以通过拖动中间栏来放大提示。

  • ⇧ Shift + ↵ Enter：在提示中创建一个新行。
  • ⇧ Shift + ↑ Up：移至提示中的上方。
  • ⇧ Shift + ↓ Down：移至提示中的下一行。

从屏幕上选择并执行文本

选择文本后，会出现一个弹出窗口：

  • 复制
  • 执行
  • 保存到新文件

使用脚本编辑器

您可以使用内置的§§§0§§创建、编辑和运行脚本。详情请参阅the Script Editor documentation。

将脚本添加到插件菜单

要使脚本出现在菜单中，必须满足以下条件：

.txt is not a supported script extension

  1. 脚本文件保存在Fiji/scripts或Fiji/plugins/Scripts目录（其他子目录）中。
  2. 脚本名称以支持的脚本扩展名结尾。例如：
    • .groovy for groovy,
    • .js for javascript,
    • .py for jython,
    • .rb for jruby,
    • .clj for clojure,
    • .bsh for beanshell, and
    • .ijm for ImageJ 1.x macros.
  3. 脚本名称包含_（下划线）字符，例如MyScript_.ijm。

在将脚本添加到菜单之前，扩展名将被删除，所有下划线将被转换为空格。

顶级Fiji/plugins目录中的脚本将显示在插件菜单的底部。可以通过隐藏子目录将脚本放置在其他菜单中，例如将脚本放置在Fiji/scripts/File目录中并添加其添加到File菜单中。

菜单路径、标签、图标和其他模块元数据也可以使用#@script directive从脚本内部设置。

如果您无法找到脚本，您可以随意使用search bar来验证其位置（或是否存在）。

按照上述方式添加到菜单的命令可以从其他脚本调用。使用 macro recorder 获取执行此操作所需的代码。

将 JAR 资源的脚本添加到菜单中

脚本可以放在 JAR 文件中，方便更轻松地通过 Update Sites 分发给您的同事。因此，example-script-collection 可以使用 Maven 项目的模板。

在 example-script-collection jar 中，脚本位于 ./resources/scripts. 中，当 JAR 位于类路径上时（即在 ./plugins/ 或 ./jars/ 中），脚本会添加相应到菜单中。

Fiji 在 ./scripts/ 的子文件夹中创建脚本，如上中所述，并在 ./jars/ 中创建 jar。原始的 ImageJ 识别 ./plugins/ 中的插件和脚本。

在无头模式下运行脚本

相关无头执行脚本的说明，请参见第Scripting Headless页。