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LungJ 是 Fiji / ImageJ 的一个插件，用于分割图像（可以在 RAM 中一次处理）以及其他几个用于图像分割和处理的工具。
＃＃安装
1.Plugins › LungJ › 3D Blocks › 3D Blocks - Concatenate
2.管理更新站点
3.添加更新站点
- 姓名：LungJ
5.网址：http://sites.imagej.net/LungJ/
- 关闭
7.Plugins › LungJ › 3D Blocks › 3D Blocks - Create
-
重新启动 Fiji/ImageJ 以应用更改。
-
插件下会出现一个名为 LungJ 的新子目录。
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LungJ 的未来版本将与正常的 Fiji 插件更新一起更新。
函数文档
3D 块 - 连接 (Concatenate_3D)
Plugins › LungJ › 3D Blocks › 3D Blocks - Concatenate
将目录中的 3D 块组合成单个图像。
3D块-创建（解读_3D）
Plugins › LungJ › 3D Blocks › 3D Blocks - Create
将3D图像划分为3D块，把它们与txt文件中的标头信息一起保存到目录中。
3D 块 - Halo Exchange (Halo_Exchange)
Plugins › LungJ › 3D Blocks › 3D Blocks - Halo Exchange
交换3D块图像的光晕。此功能可以在过滤器之间应用。光环可以避免边界错误/不一致。
3D 块 - 直方图 (Block_Histogram)
Plugins › LungJ › 3D Blocks › 3D Blocks - Histogram
3D块图像的块，计算所有相关统计数据并显示所有组合块的直方图。 （可选）将统计信息保存到属性目录中。
3D 块 - 运行宏 (Run_Macro_3D)
Plugins › LungJ › 3D Blocks › 3D Blocks - Run Macro
为目录中的每个3D块运行宏，将生成的图像块保存到新目录。
###应用二进制阈值（Create_Threshold_Mask）
Plugins › LungJ › Tools › Apply Binary Threshold
基于固定的全局阈值创建真正的二进制临时码。
应用遮光罩 (Apply_Mask)
Plugins › LungJ › Tools › Apply Mask
对图像应用蒙版，保留前景，并将背景替换为黑色。
###应用Weka分类器(Apply_Weka_Classifier)
Plugins › LungJ › Tools › Apply Weka Classifier
图像根据文件名和分类器模型的文件名应用Weka分类器。这个在单个函数中实现了整个应用程序过程，并且不需要将原始图像两次加载到内存中。该功能可能会受到weka-segmentation插件更新的影响。
平均 ROI 颜色 (Average_ROI_Colour)
Plugins › LungJ › Other › Average ROIs Colour
新增活动 ROI 的工具或 RGB。预期值范围覆盖在活动图像的直方图上。基于托盘计算
Keith Dear，“统计学入门在线文本”。 (1999) 澳大利亚纽卡斯尔大学[在线]。可以在 http://surfstat.newcastle.edu.au/ 和
Hans-Jürgen Andreß“Students T-Verteilung”（2001）[在线]。可在http://psydok.sulb.uni-saarland.de/volltexte/2004/268/html/surfstat/t.htm,最后访问：2015年7月22日。
###点击段着色（Colorize_）
Plugins › LungJ › Other › Colour by Segment
将一组分割图像组合成彩色图像。
将地图与掩码进行比较（Compare_MapMask）
Plugins › LungJ › Statistics › Compare Map to Mask
通过将概率图与二进制运算器组合成单个颜色编码图像来将它们进行比较。检测为背景的前景为白色，检测为背景的背景为黑色。检测为背景的前景为蓝色，检测为背景的背景为红色。
比较掩码 (Compare_Masks)
Plugins › LungJ › Statistics › Compare Masks
通过将两个二元蒙版组合成单个颜色编码图像来比较它们。检测为背景的前景为白色，检测为背景的背景为黑色。检测为背景的前景为蓝色，检测为前景的背景为红色。
将 Mask 转换为 STL (mask_to_stl)
Plugins › LungJ › Other › Convert Mask to STL
使用 Image Viewer 3D 获取蒙版将其转换并保存为 STL 文件。如果需要 3D 打印图像，这非常有用。
创建 MCTV 磁贴 (Create_MCTV_Tiles)
Plugins › MCTV › Create MCTV Tiles
创建与 MCTV 兼容的 jpg 图块和元数据文件（代码 <doi:10.5258/SOTON/400332>，论文<doi:10.1109/eScience.2015.42>）。
熵
Plugins › LungJ › Filter › Entropy
来自 Trainable Segmentation/src/main/java/trainableSegmentation/filters/Entropy Filter.java 调用熵过滤器
###手动3D填充孔（Fill_Holes_Manual_3D）
Plugins › LungJ › Tools › Fill Holes Manual 3D
目的地是填充面具的孔洞。非常适合填充前景中的许多孔，但只有一个或几个完整背景的蒙版。
Gabor (Weka_Gabor)
Plugins › LungJ › Filter › Gabor
应用来自 Trainable Segmentation/src/main/java/trainableSegmentation/FeatureStack.java 的 Gabor 过滤器
食物值 (Invert_Values)
Plugins › LungJ › Tools › Invert Values
图像中的值的 LungJ 代码。此更改实际值将它们放在最简单和顶部之间的中心附近。除非指定最简单或顶部的值将在图像边界处被切除。GUI 查找中的最简单和顶部，并建议将它们作为默认值。
标签 Hyperstack (标签_Hyperstack)
Plugins › LungJ › Other › Label Hyperstack
一致标记超堆栈的切片。
利普希茨
Plugins › LungJ › Filter › Lipschitz
从 Trainable_Segmentation/src/main/java/trainableSegmentation/filters/Lipschitz_.java 调用 Lipschitz 过滤器
LungJ 设置 (LungJ_Settings)
Plugins › LungJ › LungJ Settings
允许更改 LungJ 的标准设置。这主要影响 3D 块 - 运行宏，但同时也更改了某些其他功能的默认值。
矩阵覆盖（Matrix_Operation）
Plugins › LungJ › Filter › Matrix Operation
将 2D 矩阵应用到图像上。可用于基于非标准矩阵的滤波器的 GUI 实现。
膜投影 (Weka_Membrane_Projections)
Plugins › LungJ › Filter › Membrane Projections
应用来自 Trainable Segmentation/src/main/java/trainableSegmentation/FeatureStack.java 的膜投影过滤器
邻居 (Weka_Neighbors)
Plugins › LungJ › Filter › Neighbors
应用来自 Trainable Segmentation/src/main/java/trainableSegmentation/FeatureStack.java 的 Neighbors 过滤器
###设置（Set_Calibration）
Plugins › LungJ › Other › Set Calibration
允许设置图像的架构，源于Plugins › LungJ › Other › Set Calibration，但包含像素值布局功能。
轴向直方图（Stretch_Histogram）
Plugins › LungJ › Tools › Stretch Histogram
线性拉伸图像的值。
测试WEKA过滤器（Test_WEKA_Filter）
Plugins › LungJ › Filter › Test WEKA Filter
允许插入地比较WEKA过滤器。请注意，Gabor过滤器当前禁用。
图书
请注意，LungJ 以及 Fiji 提供的其他插件引用均基于书籍。如果您成功燃烧其用于您的研究，请我们的工作：
