OMERO 是用于生物显微镜可视化、管理和分析的客户端服务器软件。
与 ImageJ 中的 OMERO 交互
有几种不同的基于 ImageJ 的工具可用于处理 OMERO 数据库中的数据：
斐济/ImageJ 的 OMERO 插件
OME project 为 Fiji/ImageJ** 开发了 **OMERO 插件。阅读相关内容：
对于 5.5 之前的 OMERO 版本，OME 的 ImageJ 插件名为 OMERO.insight-ij。
ImageJ-OMERO
ImageJ2 team开发了ImageJ-OMERO，这是一个基于SciJava的库，用于ImageJ2和OMERO之间的相互操作性，用于具有向OMERO上传和下载图像、表格和感兴趣区域的插件，并支持在OMERO服务器端运行ImageJ脚本。
ImageJ-OMERO 通过特定于您要连接的 OMERO 服务器版本的 OMERO x.x update sites 集合进行访问。
GReD/MICA 插件
GReD研究中心和Microscopie Imagerie Côtes d’Azur合作开发了一些与ImageJ的OMERO交互的工具：
- omero_batch-plugin：使用脚本或大规模处理 OMERO 图像的插件
- omero_macro-extensions：通过宏扩展直接从宏与OMERO的交互插件
- simple-omero-client：一个包装库，可以从斐济的脚本调用，但主要用于Maven项目中，包装对底层OMERO Java Gateway的调用（API可用here）
omero_batch-plugin 插件为用户提供了一个 GUI，帮助他们使用自己选择的脚本处理来自 OMERO 或本地文件夹（具有生物格式）的图像，并将结果保存在本地或 OMERO 上。
omero_macro-extensions 插件添加了新的 macro 函数，可以直接从宏访问 OMERO 上的数据。例如：
run("OMERO Extensions");
Ext.connectToOMERO(host, port, username, password);
images = Ext.list("images", "dataset", dataset_id);
image_ids = split(images,",");
imageplusID = Ext.getImage(image_ids[0]);
simple-omero-client 是一个 Maven 库，在其上构建了 omero_batch-plugin 和 omero_macro-extensions。因此需要运行这些。然而，一旦安装在斐济，它的 API 就可以用于现代脚本。
插件安装说明位于其各自的发布页面上，其自述文件应描述如何使用它们，尽管这可以改进。
相关详细信息，请参见publication preprint。
