目的
从多种生命科学文件格式导入，并导出为多种开放格式。
历史
有关该项目的历史叙述，请参阅LOCI’s Bio-Formats site。
文档
以下是可用的插件的简要概述。您可以在插件的“生物格式”子菜单下找到它们。有关生物格式的一般信息，请参阅Bio-Formats website。
请特别参阅第 Using Bio-Formats 页获取详细说明。
生物格式导入器
Bio-Formats Importer 是一个用于将数据读入斐济的插件。它可以打开托马斯种母科学格式，将其采集元数据标准化为通用OME data model。将导出并设置基本元数据值，例如spatial calibration（如果文件中可用）。
通常，您需要这个插件来导入您的数据，Bio-Formats 非常关心与 Fiji 的 §§0§§§命令集成。但是对于某些文件格式，您可能会显着地行为激活生物格式导入器以覆盖 Fiji 的默认。例如，默认情况下，斐济使用一些逻辑来打开 TIFF 文件，但逻辑对于某些 TIFF 可能会失败。Bio-Formats Importer 也许担心能够成功这样的 TIFF。
生物格式导出器
Bio-Formats Exporter 是一个用于将数据导出到磁盘的插件。
它可以保存为开放的§§9§§§文件格式，以及多种电影格式（例如QuickTime、AVI）和图形格式（例如PNG、JPEG）。
- 动画 PNG (*.png)
- Image Cytometry Standard (*.avi)
- CellH5文件格式 (*.ch5)
- Encausupated PostScript (*.eps, *.epsi)
- Audio Video Interleave (*.ids, *.ics)
- Java 源代码 (*.java)
- JPEG（*.jpg、*.jpeg、*.jpe）
- JPEG-2000 (*.jp2)
- OME-TIFF (*.ome.tif, *.ome.tiff, *.ome.tf2, *.ome.tf8, *.ome.btf)
- OME-XML (*.ome, *.ome.xml)
- QuickTime (*.mov)
- 标记图像文件格式(TIFF)（*.tif、*.tiff、*.tf2、*.tf8、*.btf）
- Vaa3d (*.v3draw)
- Woolz (*.wlz)
For OME-TIFF and TIFF formats, the file extensions *.tif and *.tiff are associated with the standard 32-bit TIFF, which has a 4GB size limit. On the other hand, the file extensions *.tf2, *.tf8, and *.btf are automatically associated with the 64-bit BigTIFF format, which can store much bigger data.
Bio-Formats远程导入器
Bio-Formats Remote Importer 是一个用于从远程 URL 导入数据的插件。
它可能不如处理磁盘上的文件强大，因此，如果可能的话，我们建议将数据下载到磁盘并使用常规的生物格式导入器。
Bio-Formats无窗导入器
Bio-Formats Windowless Importer 是 Bio-Formats Importer 插件的一个版本，它使用上次使用的设置运行，自定义弹出文件选择器之外的任何其他对话框。如果您发现始终使用相同的导入设置，您可能希望使用无窗口导入器来节省时间。
生物格式宏扩展
Bio-Formats 插件附带了一组宏扩展，可以启用宏的附加功能。 Bio-Formats Macro Extensions 插件将可用命令打印到 ImageJ 日志窗口，以及使用它们的说明。
堆栈切片器
Stack Slicer 插件是 Bio-Formats Importer 使用的辅助插件。它还可以独立使用，跨通道、焦平面或时间点分割堆栈。
Bio-Formats 插件配置
生物格式插件是配置端点文件格式行为的有用方法。您可以在“格式”选项卡上查看支持的文件格式列表，或打开端点格式（这很有用，例如，如果您的文件被检测为错误格式），并使用“无窗口”完成结束格式是否网关导入器选项对话框。您还可以为配置格式配置任何特定选项，例如，对于 QuickTime，您可以在 Apple 的 QTJava 库或 Bio-Formats 的内部支持之间切换。 另外，您还可以在“库”选项卡上查看Bio-Formats使用的可用帮助程序库的列表。
Bio-Formats 插件快捷方式窗口
Bio-Formats 插件快捷方式窗口是一个小窗口，每个插件都有一个快速启动按钮。您还可以将文件拖放到快捷方式窗口中，以使用 Bio-Formats Importer 插件快速打开它们。
更新 Bio-Formats 插件
更新 Bio-Formats 插件命令将在线检查 Bio-Formats 插件的更新。对于斐济，我们建议您不要使用此更新方法，而应使用ImageJ Updater。
从命令行调用 Bio-Formats
您可以使用ImageJ Launcher从命令行调用生物格式：
- 使用Macro Recorder记录以您想要的方式运行Bio-Formats的宏代码行。
- 点击“创建”，弹出Script Editor，根据需要进行编辑，然后将宏保存为
.ijm宏文件。 3.从命令行运行宏；例如：ImageJ-win32.exe -macro myMacro.ijm -batch如果您希望 ImageJ 之后保持打开状态，请保留
-batch标志。
请注意，您不能使用–headless option，因为生物格式无法在无头模式下工作，即使作为宏运行也是如此。（如果您尝试的话，您将在控制台上看到VerifyError。）
下面是一个以这种方式创建的宏示例：
run("Bio-Formats Importer", "open=/Users/jdoe/data.ome.tif " +
"autoscale color_mode=Default view=Hyperstack stack_order=XYCZT");
saveAs("Tiff", "/Users/jdoe/Desktop/result.tif");
脚本编写
Bio-Formats 具有高级脚本接口，可通过 Java 和 Fiji 支持的所有脚本语言（但不包括 ImageJ 宏语言）访问。 Java 示例：
String id = "/path/to/myFile.ext";
ImagePlus[] imps = BF.openImagePlus(id);
如果需要，可以设置导入选项：
String id = "/path/to/myFile.ext";
ImporterOptions options = new ImporterOptions();
options.setId(id);
options.setAutoscale(true);
options.setCrop(true);
options.setCropRegion(0, new Region(x, y, w, h));
options.setColorMode(ImporterOptions.COLOR_MODE_COMPOSITE);
//...etc.
ImagePlus[] imps = BF.openImagePlus(options);
每日构建
The daily builds are not yet released and should be considered beta in quality. There may be new bugs. In particular, you should avoid exporting data using the Bio-Formats Exporter because the files it writes might not be readable later by release versions of Bio-Formats or other OME-compliant tools.
斐济发布了 Bio-Formats 的发布版本。但是，这个版本之间的时间间隔很短，您可以通过切换 Bio-Formats 更新站点（其中包括最新的错误修复）来更新到最新代码。
报告错误时，开发人员可能会要求您在启用 Bio-Formats 更新站点的情况下进行测试。
要启用Bio-Formats更新站点：
1.启动更新程序：从帮助菜单中启动更新。
2.点击管理更新站点按钮。
3.勾选生物格式框：
4.点击关闭按钮。更新程序现在应该要更新一些文件：
5.点击应用更改按钮。
6.出现提示时重新启动Fiji。
- 要验证升级，请从 帮助 菜单下的 关于插件 中选择 Bio-Formats 插件…：
来源代码
Bio-Formats 来源代码为 on GitHub。
报告错误
要报告生物格式中的错误，请参阅reporting a bug in Bio-Formats。
