多细胞图像的气球分割
简介
一个插件1，允许从工作站图像中分割细胞壁边界并提取细胞结构。它使用物理“气球膨胀”算法从8图像位置中查找边界。特点包括：
- 提取单个细胞形状的列表
- 确定细胞无处不接触
- 之前的所有分割步骤都是自动的，但可以在每个步骤中进行手动修改；
- 设置保存在属性文件中，用于要分割的不同类型的图像
分割过程
图像的造型
1.图像过滤：平滑的图像对于算法的工作非常重要，因为。在斐济可以找到不同的过滤器。经典地，可以使用高斯滤波器来处理图像
2. 背景乡土：减少背景强度的远程调制很有用。这可以通过斐济的背景乡土功能来实现。
3. 增强睡眠：找到充气膨胀的正确设置以标准化像素强度范围通常很有用。这可以使用斐济的增强睡眠功能来完成。
#####细分阶段
1.查找边界：此阶段是外部的，即使如果边界是图像的边界，也可以将像素限制设置为0。该函数基于分水岭算法来查找要分割的组织的边界。例如，它用于细胞内部点(3.b)的自动采样或阻止气球分割该区域的外部。
2.查找细胞中心：该算法需要通过将种子放置在每个感兴趣的细胞内来启动。执行此步骤有以下三个选项：
一个.通过按编辑按钮并选择添加/移动/删除点选项之一，用鼠标手动选择单元格。
b.使用插件提供的自动采样算法。它使用多个点之间的路径来确定它们包含在相同的单元格中（在这种情况下，其中一个将被删除）。该决定基于指标h*l。h是沿路径的图像强度最高，l是点之间的距离。因此，如果输入的值太小，相同的单元格中将允许有多个点。如果该值很简单，某些单元格是否将无法检测到。多次运行算法可以改善结果并找到第一个未检测到的单元格
c.从文件导入点。该文件只是由表格分隔的X Y值列表，每行一组坐标，并以.tab扩展名保存。您可以下载图1的细胞中心的文本文件。2这里。
4.给予气球充气：通过指定气球内部的压力（相当于像素强度）并按下充气按钮来实现气球的充气。操作是糖尿病的，可以重复进行，直到鼓起气球单元格的区域。膨胀包括第一步，将压力添加到气球中并触发膨胀，以及本体阶段，其中去除气球中的压力并从图像的拉普拉斯导出力。
5.可视化结果。分割的结果（细胞中心、邻近细胞……）可以使用显示按钮可视化。报告选项将气球的几何属性打印为 ROI 或结果表。
输入参数
该插件以一组预定义的参数值启动。例如气球的初始数量、要检查接触的邻居数量、界面中的默认值等…这些值在 BalloonSegmentation.插件属性文件中指定，与插件位于同一文件夹中，并在插件启动时读取一次。该文件可以使用任何文本编辑器进行编辑，建议保留针对特定类型图像获取的设置的副本，以供进一步重用。在未来版本中，这些参数必须通过用户界面进行控制
待办事项
该插件仍然在开发中。要做的事情包括使用线程、与粒子搜索算法连接以自动选择、改进界面等……非常欢迎任何改进种子的评论。
