SciJava生态系统坚定致力于开源软件开发。该软件不是开源软件产品，而是遵循开源开发流程的开源软件项目。有公共source code repositories，公共communication渠道，公共project management资源，当然还有这个community editable website。请参阅第 Philosophy 页面了解更多信息。
scientific method 的核心原则之一是可重复性：不断重新测试和完善假设的能力。随着计算机软件在科学中发挥着越来越大的作用，该软件必须完全透明并可供研究人员使用，这一点至关重要：软件太复杂，每个研究小组都无法轻松地从头开始reproduced。相比之下，闭源软件对open research构成了障碍，因为算法的实现细节无法自由修改，甚至无法进行验证。
Science Code Manifesto 提供了围绕科学软件的五个原则的清晰简洁的列表。近年来也有许多出版物讨论这些问题和想法：
- Ten Simple Rules for the Open Development of Scientific Software（PLOS 计算生物学，2012 年 12 月）
- A call for bioimaging software usability（《自然方法》，2012 年 6 月）
- Current challenges in open-source bioimage informatics（《自然方法》，2012 年 6 月）
- Publish your computer code: it is good enough（《自然》杂志，2010 年 10 月）
- Metadata matters: access to image data in the real world（细胞生物学杂志，2010 年 5 月）
此外，我们努力使 ImageJ 成为一个社区驱动的项目。它不仅仅是一个open source产品，而且是一个开源流程。 ImageJ遵循开放的开发实践，在线提供开放的开发工具：
- 公共source code存储库，包括完整的开发历史。
- 公共issue trackers。
- 公开communication channels供公开讨论。
- 社区贡献内容的公开wiki。
- 公共CI/CD，用于自动化 QA 和二进制构建的部署。
- 用于服务二进制文件的公共Maven repository。
使用这些资源，您可以随时观察项目的最新进展，了解项目的发展方向，自己使用 GitHub 为项目贡献代码，或者在 wiki 上编写文档、教程和其他信息。
另请参阅 LOCI 的 Open Source in Science 文章。
