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可视化

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Scientific visualization is a set of techniques for graphically illustrating scientific data, enabling scientists to better understand, illustrate, and glean insight from their data.

ImageJ 中简单可视化选项入门

α彩色图像查找表 (LUT)

pseudocolor image 是单通道灰度图(8、16 或 32 位),通过查找表定义颜色分配,即Scientific visualization。LUT 是预定义的灰度值表,具有匹配的红色、绿色和蓝色值,因此灰度显示为颜色像素。,伪颜色中的颜色差异反映了灰度的差异,而不是已映射的一个颜色差异。

ImageJ 的LUT Menu包含大量可评估α彩色图像的查找表。

In the ImageJ user interface, LUTs are always 8-bit. When working with an image of higher bit depth, its intensity values are binned into 256 levels between minimum and maximum (see section Brightness/Contrast), and the LUT is applied onto these binned levels.

有关此主题的更多信息可以在 Color Image Processing 页面上找到。

通道通常在没有颜色信息的情况下获取(即通过通道摄像机或光电增管):每个通道只包含强度值。要以复合模式(即所有通道的图像梯度)显示多条通道通道,可以为每个通道分配一个通道假颜色LUT,例如“红色”、“绿色”、“蓝色”、“青色”、“洋红色”、“黄色”。

在分析中的规定数据时,假彩色LUT(在本例中也称为颜色图)可以提高图像中低值图像恢复特征的可视性,并帮助人眼比较不同的图像。

以下是选择LUT的推荐选项列表:

名称表名称 特性 常见用法 直方图
mpl-viridis
  • 计量统一1
  • 暗到亮映射
在连续端点上定义显示正值
Histogram of the M51 Galaxy sample image with the mpl-viridis LUT applied
高低
  • 最小显示范围为蓝色
  • 最大显示范围为红色
  • 所有其他值的正常基准LUT
图片曝光过度/曝光不足的评估
Histogram of the M51 Galaxy sample image with the displayed range adjusted and the HiLo LUT applied
阶段
  • 发散彩色图
  • 明亮的中心,黑暗的中间和顶部
Histogram of a randomized calibrated 8-bit image with the phase LUT applied

  1. https://bids.github.io/colormap/↩︎

有关颜色图的更多阅读,请参阅 [1] 和 [2]

在ImageJ中调整图像

Adjust submenu包含调整Brightness/ContrastThreshold级别和图像Size的命令。

体积图像数据的可视化

这里我们总结了ImageJ中的一些3D可视化插件。

插件名称 简要描述 亮点 快照
3D查看器 A tool for hardware-accelerated visualization possibilities for image stacks, using the Java 3D library.
  • 堆栈可以显示基于体积渲染的纹理、曲面或正交切片
  • 宏录音功能
  • 调整传递函数、编辑体积、点列表、基于地标的配准、转换、PDF中的3D内容
3D_Viewer_overview.png
清除音量 用于实时呈现体积多通道数据的工具。
  • 创建即时多视图和多色渲染
  • 延迟回放的即时倒带和重播
  • 提供基于GPU的实时图像处理能力,例如图像估计和样本跟踪
  • 支持通过互联网实时传输3D数据
ClearVolume in Fiji screenshot
体积查看器 用于3D重新切片和实现阈值的3D可视化工具。
  • 不同方式的非硬件加速体积渲染。
  • 文档
Volume Viewer screenshot
科学观点 图像和网格的3D可视化功能工具。 sciview Game of Life visualization

在 ImageJ 中绘图

基础知识:ImageJ v1.x 绘图工具

1.Plot Profile 2.Plot Z-axis Profile 3.Surface Plot

用于 ImageJ 中异构的可用插件

1.Quiver Plot

通过完成脚本绘制工具…

  1. JFreeChart(由Directionality使用) 2.Matplotlib

在 ImageJ 中制作图形

在 ImageJ 中制作图形的可用插件

1.Magic Montage 2.FigureJ 3.ScientiFig 4.Figure Maker

推荐用于“大数据”可视化的 ImageJ 插件

这里我们总结了 ImageJ 中的一些“大数据”可视化插件。

插件名称 简要描述 亮点 快照
大数据查看器 用于交互浏览任何大型图像数据集的工具。
  • 任意切片、缩放等
  • 适用于多角度、多通道、时间序列等。
  • 添加覆盖、注释等。
  • 可重用的软件组件
  • 前置数据支架和/或可视化前端多视图重建, 马穆特, 大扭曲, etc.
BigDataViewer screenshot
多视图重建 多视显微图像的配准、融合、反常态和可视化的工具。
  • 专为光片团队而设计
  • 适用于任何形式的三维或更高维逻辑模型
  • 数据引人入胜的查看和注释
MultiView Reconstruction screenshot

基于“大数据”可视化工具的交互式分析插件

在这里,我们总结了 ImageJ 中使用上述“大数据”可视化工具的更高级的分析插件。 {::nomarkdown}

插件名称 简要描述 更多详情... 快照
马穆特 (Ma西韦Mu实时视图Tracker) 用于多个视图中的手动和半自动跟踪工具。 MaMuT screenshot
大扭曲 一种用于手动、编辑、基于地标的可变形图像的工具。 BigWarp screenshot

{:/} [1] http://peterkovesi.com/projects/colourmaps/ [2] http://www.kennethmoreland.com/color-maps/