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Scientific visualization is a set of techniques for graphically illustrating scientific data, enabling scientists to better understand, illustrate, and glean insight from their data.
ImageJ 中简单可视化选项入门
α彩色图像查找表 (LUT)
pseudocolor image 是单通道灰度图(8、16 或 32 位),通过查找表定义颜色分配,即Scientific visualization。LUT 是预定义的灰度值表,具有匹配的红色、绿色和蓝色值,因此灰度显示为颜色像素。,伪颜色中的颜色差异反映了灰度的差异,而不是已映射的一个颜色差异。
ImageJ 的LUT Menu包含大量可评估α彩色图像的查找表。
In the ImageJ user interface, LUTs are always 8-bit. When working with an image of higher bit depth, its intensity values are binned into 256 levels between minimum and maximum (see section Brightness/Contrast), and the LUT is applied onto these binned levels.
有关此主题的更多信息可以在 Color Image Processing 页面上找到。
通道通常在没有颜色信息的情况下获取(即通过通道摄像机或光电增管):每个通道只包含强度值。要以复合模式(即所有通道的图像梯度)显示多条通道通道,可以为每个通道分配一个通道假颜色LUT,例如“红色”、“绿色”、“蓝色”、“青色”、“洋红色”、“黄色”。
在分析中的规定数据时,假彩色LUT(在本例中也称为颜色图)可以提高图像中低值图像恢复特征的可视性,并帮助人眼比较不同的图像。
以下是选择LUT的推荐选项列表:
| 名称表名称 | 特性 | 常见用法 | 直方图 |
|---|---|---|---|
| mpl-viridis |
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在连续端点上定义显示正值 |
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| 高低 |
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图片曝光过度/曝光不足的评估 |
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| 阶段 |
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有关颜色图的更多阅读,请参阅 [1] 和 [2]
在ImageJ中调整图像
Adjust submenu包含调整Brightness/Contrast、Threshold级别和图像Size的命令。
体积图像数据的可视化
这里我们总结了ImageJ中的一些3D可视化插件。
| 插件名称 | 简要描述 | 亮点 | 快照 |
|---|---|---|---|
| 3D查看器 | A tool for hardware-accelerated visualization possibilities for image stacks, using the Java 3D library. |
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| 清除音量 | 用于实时呈现体积多通道数据的工具。 |
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| 体积查看器 | 用于3D重新切片和实现阈值的3D可视化工具。 |
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| 科学观点 | 图像和网格的3D可视化功能工具。 | ![]() |
在 ImageJ 中绘图
基础知识:ImageJ v1.x 绘图工具
1.Plot Profile 2.Plot Z-axis Profile 3.Surface Plot
用于 ImageJ 中异构的可用插件
通过完成脚本绘制工具…
- JFreeChart(由Directionality使用) 2.Matplotlib
在 ImageJ 中制作图形
在 ImageJ 中制作图形的可用插件
1.Magic Montage 2.FigureJ 3.ScientiFig 4.Figure Maker
推荐用于“大数据”可视化的 ImageJ 插件
这里我们总结了 ImageJ 中的一些“大数据”可视化插件。
| 插件名称 | 简要描述 | 亮点 | 快照 |
|---|---|---|---|
| 大数据查看器 | 用于交互浏览任何大型图像数据集的工具。 | ![]() |
|
| 多视图重建 | 多视显微图像的配准、融合、反常态和可视化的工具。 |
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基于“大数据”可视化工具的交互式分析插件
在这里,我们总结了 ImageJ 中使用上述“大数据”可视化工具的更高级的分析插件。 {::nomarkdown}
| 插件名称 | 简要描述 | 更多详情... | 快照 |
|---|---|---|---|
| 马穆特 (Ma西韦Mu实时视图Tracker) | 用于多个视图中的手动和半自动跟踪工具。 | ![]() |
|
| 大扭曲 | 一种用于手动、编辑、基于地标的可变形图像的工具。 |
|
![]() |
{:/} [1] http://peterkovesi.com/projects/colourmaps/ [2] http://www.kennethmoreland.com/color-maps/






