SNT[^1] 是 ImageJ 用于神经元形态追踪、可视化、定量分析和建模的框架。对于追踪，SNT 支持现代多维显微镜数据、半自动和自动化例程以及编辑追踪的选项。对于数据分析，SNT 具有先进的可视化工具、对所有主要形态数据库的访问以及对全脑电路数据的支持。
SNT 基于publications。请在您自己的研究中cite SNT！
＃＃ 概述
SNT 是一个用于追踪和分析使用光学显微镜成像的神经元形态的工具箱。它的目标是尽可能完整，同时保持使用效率。它可以用作桌面应用程序，或scripting library。它取代了原来的Simple Neurite Tracer软件，并聚合了以前分散在斐济插件生态系统中的其他工具，包括Sholl[^2]和Strahler插件。
source repository包含有关该项目的更多详细信息，包括features和implementation details的列表。下面是展示 SNT 功能的画廊：
{％包括画廊对齐=“填充”内容= ” /media/plugins/snt/snt-auto-tracing-overview.png | Fully automated tracing来自grayscale和segmented图像 /media/plugins/snt/snt-autotracing-multiple-somata.webp | Fully automated tracing 之 multiple cells in the same image /media/plugins/snt/snt-autotracing-groundtruth-learning.png | Auto-tuned tracing：从手动追踪路径中学习追踪参数 /media/plugins/snt/snt-soma-detection.png |自动化soma detection /media/plugins/snt/snt-4D-examples.png | Semi-automated tracing：支持多通道和timelapse图像 /media/plugins/snt/snt-seeded-tracing-assistant.png | Seeded Tracing /media/plugins/snt/snt-spectral-unmixing.png |支持Brainbow-like images /media/plugins/snt/snt-bvv.png | Big data support：超过可用 RAM 的 TB 级数据集（实验） /media/plugins/snt/snt-curation-assistant.png | Calibrated, real-time quality-control 追踪形态 /media/plugins/snt/snt-labkit-training.png | Semantic segmentation /media/plugins/snt/sholl-analysis-outputs.png | Sholl 和 Strahler 直接来自图像（绕过跟踪） /media/plugins/snt/snt-angular-sholl.png |高级Sholl-based quantifications /media/plugins/snt/snt-root-angle-analysis.png | Root Angle Analysis /media/plugins/snt/snt-local-angle-surface-analysis.png | surface angles/arbor orientation的分析 /media/plugins/snt/snt-time-profiler-v.png | Calcium dynamics along neurites /media/plugins/snt/snt-growth-analysis.png | §§§20§§§ /media/plugins/snt/snt-delineation-analysis2.png | §§§21§§§ /media/plugins/snt/snt-ferris-wheel.png |例程总结§§§22§§§ /media/plugins/snt/graph-viewer-ferris-wheel.png |汇总来自 §§§23§§§ 的数据的例程 /media/plugins/snt/snt-2d-histogram.png |专业§§§24§§§ /media/plugins/snt/snt-delaunay-triangulation.png | Delaunay 曲面细分：描迹可用于 §§§25§§§ /media/plugins/snt/snt-密度-map.png |从§§§26§§§获得的细胞组的密度图 /media/plugins/snt/snt-recviewer-convexhull-and-surface.png | §§§27§§§和§§§28§§§ /media/plugins/snt/snt-montage-light.png |定量和出版质量的可视化 /media/plugins/snt/snt-montage-dark.png |具有深色主题的丰富 3D 可视化效果 /media/plugins/snt/snt-rec-viewer-demo2-dark.gif | /media/plugins/snt/snt-rec-viewer-demo2-dark.gif | Interactive 3D scenes /media/plugins/snt/snt-v3-overview.png | Scripted routines与图形用户界面操作共存 /media/plugins/snt/snt-script-example.png | Scripting 使用 SNT Script Recorder 提供的斐济支持的任何语言 /media/plugins/snt/snt-notebook.png |使用 PySNT 在本机 Python 中编写脚本 /media/plugins/snt/snt-星形细胞-example.png |胶质细胞分析：astrocyte and microglia morphologies 的定量 /media/plugins/snt/snt-non-neuronal-example.png |不仅仅是神经元：SNT 可用于分析多种类型的丝状结构 ” %}
安装
SNT 需要最新的斐济版本，并通过 Fiji 的 Neuroanatomy update site 分发。
推荐：Fresh Fiji-最新安装
- 从 Fiji downloads page 下载 Fiji-Latest（与 Java 21 捆绑在一起）
- 运行 Fiji Updater（Help › Update…，Help菜单中的倒数第二个条目）
- 单击管理更新站点
- 搜索 Neuroanatomy（或 SNT）并激活 Neuroanatomy 复选框
- 单击应用更改并重新启动斐济
- 可选：对于sciview和Cx3D功能，您需要安装sciview。详情请参阅第official sciview documentation。
从较旧的 Fiji (Java 8) 升级？ SNT 不再支持 Java 8。如果您正在运行旧版 Fiji 安装，您将看到一个启动对话框，指导您完成转换。您现有的数据和痕迹不受影响。有关新功能的详细信息，请参阅第 release notes。
文档
SNT 的文档非常广泛。请使用页面顶部的导航栏访问不同的部分，组织如下：
| 部分 | 内容 |
|---|---|
| Analysis | 基于 GUI 的分析概述 |
| Autotracing | 关于全自动重建的文档 |
| Big Data | 大数据支持概览 |
| Contributing | 如何为 SNT 做出贡献 |
| Curation | 策展助理（追踪时实时质量控制） |
| Delineations | 轮廓分析 |
| Extending | 为有兴趣扩展 SNT 或解析 TRACES 的开发人员提供的资源 |
| FAQ | 常见问题 |
| Key Shortcuts | SNT 快捷键列表（键盘备忘单） |
| Machine Learning | 语义分割：Labkit 和 TWS 集成 |
| Manual | 主界面及追踪操作使用指南 |
| Metrics | 指标的定义 |
| Modeling | Cx3D 集成 |
| Reconstruction Viewer | SNT 预先存在的数据可视化的入口点。如果您正在分析神经元重建，您可能需要从这里开始 |
| Screencasts | 视频教程。如果您是第一次使用 SNT，您可能想从这里开始 |
| Scripting | 详细介绍如何使用SNT作为脚本库 |
| SNT Stream | SNT的大数据溯源模式 |
| Walkthroughs | 针对特定任务的详细分步说明 |
参考文献
[^1]：doi:10.1038/s41592-021-01105-7 [^2]：doi:10.1038/nmeth.3125
