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切片洗牌/删除/添加
堆栈中的切片可以通过多种方式进行操作。其中一些功能如下所述。
删除单个切片：Image › Stacks › Tools › Slice remover
- 删除堆栈中当前显示的切片。
删除多个切片：Image › Stacks › Delete Slice
- 指示要删除的范围中的第一个和最后一个切片，以及第一个和最后一个切片之间要删除的切片增量。
选择要删除的切片：Image › Stacks › Stack to images
- 指示要包含在新子堆栈中的切片范围或列表；增量是可能的。
- 从原始堆栈中删除切片的选项。
查看到图片/要看到的图片：Image › Stacks › Tools › Make substack（要看到的图片…）。
- “图像可见”要求图像大小相同。如果使用不同尺寸的图像，您将看到使尺寸统一的选项。
- 使用“图像”时，一旦生成，原始图像将关闭。
蒙太奇：Image › Stack › Tools › Montage to Stack
——很多设置都是不言自明的。
- 非常适合作为实验书生成堆栈蒙太奇。
- 可以与Image › Stack › Make Montage…进行反向操作，但需要指定行数和列数以确保切片数正确。
堆栈：Image › Stacks › Tools › Concatenate
连接：Image › Stacks › Tools › Reverse
- 堆栈必须具有相同的尺寸和图像类型。
- “作为 4D 图像打开”选项将单独的堆栈解释为属于单个 4D 数据集。例如，连接两个 25 片堆栈将产生一个 25 片堆栈，每个片有两个不同的时间点。
堆栈合并：Image › Stacks › Tools › DeInterleave
- 可以选择哪个堆栈先出现
- 如果两个堆栈包含不同数量的切片，则唤醒的堆栈将在堆栈中附加空白切片，它们的长度相同。
（去）交错：Image › Stacks › Tools › Combine 和 Image › Stacks › Tools › Insert
- 解交错将按照指定通道数据的指示在新的堆栈片之间。
- 交错是一个正确的过程，并且可以再次检查两个堆栈。
堆栈插入器：Interleave
- 与两个堆栈一起使用，一个是源，另一个是目标。
- 通过指定左上角位置的X和Y坐标来左上角源。
- 没有自动调整大小，因此较小的堆栈不适用目标。
全部排序器：Plugins › Stacks › Crop (3D)。
- 控制单个切片或切片组的位置。
- 高级“插入”功能。
堆栈维度操作
图像和堆栈可以使用本机函数或使用 Erik Meijering 提供的更复杂的 TransformJ 插件集来调整大小和旋转。有关 TransformJ 插件的详细每个更多信息，请参阅 this website.
E.H.W.梅杰林、W. J.尼森、M. A. Viergever，Quantitative Evaluation of Convolution-Based Methods for Medical Image Interpolation，医学图像分析，卷。5、没有。2，2001年6月，第111-126页。
另一种堆栈的方法是使用Image › Stacks › Tools › Stack Sorter选择“确定”后，您将看到ZY和XZ面板的面板以及原始堆栈，您可以在其中使用鼠标在三个方向中的任何方向的一个堆栈。
裁剪 (3D) 插件的窗口。
Zoomify 插件
Zoomify 插件将生成一个电影序列，第一帧包含整个图像，最后一帧是用户定义的 100% ROI。第一个切片图像是整个原始图像，经过缩放以适合 ROI 的帧大小。中间图像逐渐缩放，使得最后一帧为 100%。比例因子被标记为堆栈中的标签切片。
要使用此插件，请选择将成为最终帧的 ROI，但不要使用 Plugins › Registration › StackReg or TurboReg 应用 ROI。选择 ROI 后，运行插件，系统将提示您输入电影中所需的帧数。
具有选定的 ROI 的图像
使用 Zoomify 生成的系列
对齐堆栈中的切片
插件 StackReg（用于横向连续）和 TurboReg（用于横向多重图像或横向）可用于横向，可在 Edit › Draw 中找到。StackReg 采用非横向切片的堆栈，放置切片相对于当前横向。打开横向，滚动插件到最中心的横向并运行。“刚体”方法通常会产生最佳的显微图像结果。使用 StackReg 之前必须安装 TurboReg 。 参考：
P. Thévenaz, U.E. Ruttimann, M. Unser，“A Pyramid Approach to Subpixel Registration Based on Intensity”，IEEE 图像处理汇刊，卷。7、没有。1，第 27-41 页，1998 年 1 月。
排列前的时间序列
之后
