在分析图像之前，需要正确打开它。科学图像数据的存储方式千差万别——自定义格式的数量与采集过程中使用不同品牌和型号的仪器一样多。因此，支持多种格式ImageJ等图像分析平台成功的关键。
ImageJ2以SCIFIO数据格式插件的形式提供了数据格式问题的全面解决方案。SCIFIO，科学图像格式输入和库输出，是一个灵活的图像格式支持框架。要开始编写SCIFIO格式：
- 查看SCIFIO tutorials。
- 查看简单的existing formats作为起点。
ImageJ 1.x 格式处理
对于原始的ImageJ，存在一个特殊的HandleExtraFileTypes插件，可以对其进行修改以支持新的数据格式，但它有一些明显的缺点：
- 它仅提供有限的可扩展性：一次只能将一个
HandleExtraFileTypes安装到ImageJ中，因此必须以某种方式修改组合对插件的所有必需。例如，这使得不可能在两个不同的ImageJ Update Sites上可以运送不同的HandleExtraFileTypes，并且在同一安装中使用这两种附加功能。 - 以这种方式添加的数据格式不能覆盖或扩展ImageJ对某些文件格式的内置支持。特别是，ImageJ仅支持TIFF规范的子集，并且无法通过修改
HandleExtraFileTypes来规避此问题。
