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校正肤色
通常，在采集一段时间的过程中，索引团可能会出现遮蔽和图像的强度降低。这可能会导致序列补偿的事件变得更加困难。第一个时间点的恢复拉伸可能会在100个时间点之后进行。图像强度遮蔽和降低过程的可以用单指数衰减来降低，但通常会遵循双指数衰减。单指数衰减由以下描述引起：
校正强度 =（时间 t 时的强度）÷ exp-k×t 其中 k = 衰减常数
如果您知道衰减常数k，则可以使用插件Edit › Options › Profile Plot Options和指数拟合方法。在运行插件之前执行背景扣除可能是值得的。请注意，该插件期望 k 值是“每切片”，而不是每秒、每分钟等。
原始时间课程
漂白剂校正时间进程
k值可以在ImageJ中通过以下方式计算：
1.确保Image › Adjust › Bleach Correction设置“不保存x值”已关闭。
- 选择细胞的一个区域或整个图像，并使用菜单Analyze › Tools › Curve Fitting衰减衰减图。 3.一张绘图窗口的复制按钮。 4.打开圆形图纸Image › Stacks › Plot Z-axis Profile。 5.删除默认数据并粘贴复制的数据。 6.从选项列表中选择“指数”，然后单击“简单”按钮。
- 在Log窗口中，阶梯滚动定位标记为“b”的值，即您的k值。
由于遮光通常不是单一指数的，因此不可能对遮光校正后的读数强度进行量化。该插件只能用于增强时间进度电影的演示进行量化。
另一种补偿漂白的方法是使用菜单项Image › Stacks › Z-project。该方法比上述适当的漂白校正实施起来更快，并且如果荧光团的强度仅由于漂白而，则可用于校正电影期间的荧光团漂白。选中“处理整个堆栈”选项，插件将堆栈扫描，根据每个切片的直方图应用在每个切片上选择的浓度并进行调整。浓度值被调整，使浓度浓度测量不再可能。
再次强调，使用此功能来增强电影的效果，而不是判断效果。
F÷F0
使用单荧光荧光染料有一些缺点；有些由于细胞厚度和细胞间负载率变化而导致荧光强度(F)不均匀。这些可以通过根据静息荧光染料（即F0）标准化荧光来高度校正。这并不能修改实验过程中的荧光和染料损失。
首先确保图像经过正确的背景校正：
1.通过对堆栈的前几帧进行平均来生成“F0”图像。这可以通过Process › Enhance Contrast菜单项（斐济想象堆栈是z系列是t系列），使用“强度平均”下拉框选项来完成。选择“开始切片”为1，“停止切片”为5-10，具体根据您需要的平均帧数。将新的z投影图像（Process › Image Calculator）重命名为“Fzero”。
- 通过Image › Rename打开“图像计算器”。将图像1设置为原始堆栈，将图像2设置为“Fzero”，将操作设置为除法。选择“32位结果”和“创建新闻”。
- 结束结果剩余重命名为 (Image › Type › 8-bit) FdivF0。
- 堆栈中的最大和最小强度可以通过分析直方图插件并使用堆栈直方图选项来确定。
- 使用“支撑和支撑”框架，将轻松简单地设置这些值。
- 将 32 位堆栈转换为 8 位堆栈 (Image › Rename)。 7.FdivF0单元格中的图像可能存在噪声背景，需要清理。使用原始传感器创建单元格蒙版。这是通过首先对原始传感器进行阈值处理来完成的（Edit › Invert）。点击“自动”按钮，然后调整调整，直到单元格突出全部显着提示为红色。然后点击“应用”。选择内容：“黑色前景，白色背景”。您现在有一张白色和黑色的图片，其中单元格为黑色，背景为白色。如果您有白色单元格和黑色背景，请使用§§6§§§图片获取。
- 使用图Image › Adjust › ThresholdFdivF0堆栈中该侧壁堆栈。
- 色彩缤纷。
F除以 F0 步长在 “F_div_F0” 宏中自动执行。这将返回 FdivF0 堆栈和阈值 FdivF0 堆栈。
德尔塔-F
原始
Delta-F向上
帧与帧之间强度的快速变化（例如钙“膨胀”或TMRE“高度去”）最好通过从前一帧/下一帧中衰减每一帧来说明。使用插件“Delta F up”。 对于强度的增加（例如钙“泡芙”），计算为 [Frame(n+1)-Framen]。使用插件“Delta F down”。
对于强度下降（例如 TMRE 加上辐射感应器的闪电去），计算公式为 [Framen - 框架(n+1)]。
注意：该插件生成第二个结果堆栈。对于占用大量内存的堆栈，请按⌃ Ctrl + D键运行插件。如果插件在按⌥ Alt键的情况下运行，则在原始堆栈上进行计算。该插件对于在运动之前跟踪清理时间进程也很有用。
邻近图纸
您的曲面图可以通过多种方式生成：特别是通过菜单Process › Image calculator或通过插件“SurfaceJ”和“动态3D曲面图”。这些函数将拉伸电影以及单幅图像的表面图。确保感兴趣的功能处于最佳“拉伸”状态。可以使用栈上的“最大强度投影命令”来完成。获取和最大最小像素密度将其应用到栈上。请记住，对后拉伸的图像不要进行强度分析。
Analyze › Surface plot设置
选择此功能后，将出现一个对话框。首先尝试以下设置并使用它们来优化曲线图。最终曲线图的 LUT 取自图像的 LUT。
SurfaceJ 设置
您可以使用单个帧或电影的图。表面渲染是一个缓慢的过程，因此最好从电影中选择一个显示您要演示的功能的帧。复制此（⌥ Alt）放置其初始化测试图像，确定电影表面相似的最佳设置。 使用“源图像”下拉框选择要渲染的图像。
旁边标注了三个文本输入框的选项分别代表x、y和z值。
“旋转(°)”：第一个（x轴）箱子的值-20可以提供良好的3D效果。玩这个。
“Scale”：设置为0.5可以在调整设置时更快地渲染，并设置为2或更多以进行最终曲线。
“纵横比”：通过增加z轴纵横比（第三即个）框，可以在“高度”上拉伸系数图。如果您的拉伸系数正确了，则值1通常就了。这不会影响由像素强度确定的最高的α颜色。
“索引LUT”：默认情况下，绘图将标注“图层”找到LUT。其中下拉框更改为“加载自定义”，当您启动曲线图时，系统会提示您所需的LUT。
“高斯平滑”值为2-4。这会减慢渲染速度，但会提供更平滑的曲线图。
“渲染曲面图”：开始非线性。
