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介绍斐济的书籍
- 引用斐济的主要参考文献是2012年7月发表于《自然方法》Focus on Bioimage Informatics中的论文1。
- 一篇关于 ImageJ 软件生态系统的论文（包括 ImageJ 本身、ImageJ2、Fiji、相关的 SciJava 项目和各种 plugins）于 2015 年 7 月在《分子复制与开发》上发表2。
- 斐济于 2008 年 11 月在ImageJ User and Developer Conference上首次公开展示[^3]。
- 斐济在《自然方法》评论第 supplement 可视化方面得到了突出强调 3
- 对生物成像软件工具的回顾主要集中在开源程序上，斐济是其中的重要组成部分4。
- 一篇关于斐济的德国文章发表在流行科学杂志 Laborwelt 上（有一个勘误：作者绝不会声称斐济继承了 ImageJ；相反，斐济只是图像J）。
使用或增强斐济的书籍
- Stitching5
- Tracking6
- 斐济的3D Viewer发表于BMC Bioinformatics7
- registering SPIM（选择性平面照明显微镜）和其他多角度图像数据的强大插件发表在《自然方法》中8
- TrakEM2被使用和增强来识别神经元谱系，并且在神经科学杂志9上发表了一篇关于它的文章。
- TrakEM2注册背后的算法已在ISMB会议上提出并发表在《生物信息学》上。10
- Lens correction algorithm完全整合到TrakEM2中发表在《结构生物学杂志》上。11
- TrakEM2最终通过PLoS生物学关于果蝇大脑神经元结构的论文获得了当之无愧的主要参考。12
- Trainable Segmentation Plugin 的灵感来自于 CVPR 出版物中有关 TEM 图像中神经元膜分割的文章。 13
- 没那么简单Simple_Neurite_Tracer，Mark Longair 辛勤工作的产物，也是斐济最重要的项目之一，发表在《生物信息学》上。 14
- 我们长期以来一直希望在斐济拥有Balloon分割插件，并且我们对源代码的请求推动了相应的《自然方法》论文15的进展。谢谢莱昂内尔·杜普伊！
- 斐济提供的elastic alignment method和TrakEM2已在Nature Methods中发布。16
- Albert Cardona 和 Pavel Tomancak 的评论讨论了开源软件开发在学术界面临的影响和问题17。
- Albert Cardona 的 TrakEM2 发表于 PLoS One18。
- ImgLib2在Bioinformatics中发布。该库由 Stephan Saalfeld、Stephan Preibisch 和 Tobias Pietzsch 联合开发，起源于斐济，但已经超越了斐济，成为其他项目的核心，尤其是 ImageJ2 Pavel Tomancak 为其开发人员提供了资金。19。
- OpenSPIM20 很大程度上依赖斐济进行显微镜操作和 SPIMage 处理。
- Iva Tolic 实验室的 Alex Krull 的 Low Light Tracking Tool21 发表在 Optics Express 上。
- 2D 和 3D Particle Tracker 算法在斐济可用，尽管 MOSAICsuite 插件在 Sbalzarini 和 Koumoutsakos (200522) 中有所描述。
- 2D 和 3D Particle Tracker 算法在斐济可用，尽管 MOSAICsuite 插件在最近对许多粒子跟踪工具的比较研究中表现良好：Chenouard 等人。 （201423）。
- MOSAICsuite 插件中提供的全局最优Squassh 分割算法包括 Paul、Cardinale 和 Sbalzarini (201324) 中所述的计算机视觉前沿发展。它还可以选择性地校正显微镜 PSF，提供解卷积分割，如 Helmuth 等人所述。 (200925) 以及 Helmuth 和 Sbalzarini (200926)
- 用于荧光显微镜图像中亚细胞形状的分割和量化的Squassh工作流程已在 Rizk 等人中发表。 （201427）。
- Region Competition算法已发表在 Cardinale、Paul、Sbalzarini 和 Koumoutsakos (201228) 中。它为分割荧光显微镜图像提供了灵活而强大的工具。它可以处理任意数量的可以额外着色的对象。它还可以选择性地校正显微镜 PSF，提供解卷积分割，如 Helmuth 等人所述。 (200926) 以及 Helmuth 和 Sbalzarini (200929)。
- MosaicIA插件提供的交互分析将共定位分析的概念扩展到空间模式，并允许直接估计图像中成像对象之间的交互，如 Helmuth、Paul 和 Sbalzarini (201030) 中所述。
- Interaction Analysis 或MosaicIA 插件是MOSAICsuite 的一部分，并已在 Shivanandan、Radenovic 和 Sbalzarini (201331) 中进行了描述。
- MOSAICsuite还包含Background Subtractor。
- Sholl Analysis发表于《自然方法》32
- TrackMate 在首次提交 6 年后发布在致力于生命科学开源软件的Methods33 期刊的特别版上。 ＃＃参考
[^3]：Schindelin, J.（2008年11月）。 斐济就是ImageJ（含电池）。 [会议演示] ImageJ用户和开发者会议，CRP Henri Tudor，卢森堡。
