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BigStitcher › 兴趣点管理

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概述

虽然Interest Point-based registration对异常值具有大量的抵抗力,并且通常即使在实际对应点很少的情况下也能起作用,但在某些情况下,您可能需要手动管理检测到的兴趣点:

  • 在非常严重的样本中,您可能有很多想要的预防性检测。
  • 为了提取Point Spread Functions (PSFs)Deconvolution,您无需使用检测到的珠子,而是样本本身的检测结果。

我们在多视图模式中提供多种管理兴趣点的方法,可以在Interest Points下的主菜单中找到。 BigStitcher interest points menu

兴趣点探索者

如果您单击兴趣点浏览器(开/关),将打开一个新闻窗口,其中显示在所选视图中检测到不同的兴趣点。该表将列出:

  • 兴趣点的名称
  • 兴趣点的数量
  • 如果您已经使用点执行注册,则对应点的数量,即在至少一个其他视图中找到点的数量,以及对应数量,即其他视图中可以与所选点匹配的点的数量(请注意关系,该数字更大可以,因为一个点可能在多个其他视图中具有对应)。
  • 有多少个精选的景观点存在
  • 用于检测的参数

您可以右键单击列表中的某行,然后单击“删除”来删除兴趣点。

all interest points as an overlay in BigDataViewer all interest points as an overlay in BigDataViewer
**corresponding** interest points as an overlay in BigDataViewer corresponding interest points as an overlay in BigDataViewer

BigStitcher Interest Point Explorer panel 如果 BigDataViewer 打开,单击 #Detections#Corresponding 将覆盖 BigDataViewer 中检测到的或相应的兴趣点。所有点将立即显示,当前显示图像平面中的点绘制为红色,其他平面上的点绘制为绿色

管理兴趣点

管理兴趣点子菜单中,我们提供了几种过滤和管理兴趣点的方法:

###信件中的新兴趣点

这允许您选择仅指定标签的相应兴趣点,并将它们保存在新名称下。单击此按钮将打开一个对话框,您可以选择为哪些点提取对应关系(相应的兴趣点),并为复制的点命名(新标签)BigStitcher new interest points from correspondences dialog

显示距离直方图

选择显示距离直方图…并单击子菜单中的兴趣点标签将显示所选视图中具有所选标签的所有兴趣点的到最近邻居的距离的分配。 BigStitcher interest point distance histogram 显示相对距离直方图…允许您绘制从具有一个标签的点到另一标签的点中最近邻居的距离分布。系统将询问您要使用哪些兴趣点以及应计算哪些相对于哪些其他设定距离。 BigStitcher relative distance histogram

按距离删除

使用 按距离删除按相对距离删除,您可以根据兴趣点到同一点集或另一个点集中最近邻居的距离(相对距离)来过滤兴趣点。单击此按钮将打开一个新对话框,询问:

  • 兴趣点:按(相对)距离过滤的兴趣点 -(使用相对距离时)相对于:要计算相对距离的其他点。
  • 新标签:哪个以名称保存新的稀疏点
  • 下阈值上阈值:保留或删除的距离范围
  • 定义范围:是否删除给定范围内最近邻距离的点或保留它们(删除范围之外的所有点)。 BigStitcher remove by distance dialog

    交互式删除

    使用交互式投影(XY 投影)…交互式演示(XZ 投影)…交互式演示(YZ 投影)…,您可以手动选择图形投影中要全部删除或保留兴趣点的区域。

单击其中一个将首先询问要过滤的兴趣点的名称以及要为结果提供的新标签

点击确定将在新的ImageJ窗口中打开选定的投影,其中兴趣点以绿色突出显示。然后,您可以使用ImageJ的默认工具选择ROI,并在新的删除检测窗口中删除ROI内部的所有检测删除ROI外部的所有可以检测。如果需要,您重复该过程。当您对结果感到满意时,单击“完成”以创建新的兴趣点。 BigStitcher interactively removing interest points

可视化兴趣点

最后,可视化兴趣点…菜单项允许您将兴趣点渲染为高点,并将结果显示为 ImageJ 中的新图像堆栈。

在该对话框中,您可以设置以下参数:

  • 兴趣点:要可视化哪些兴趣点
  • 显示:是否显示所有检测或仅显示相应检测(详细信息请了解)。
  • 下采样检测渲染:对生成的渲染堆栈进行下采样多少(例如,全分辨率渲染将具有与相应图像堆栈相同的大小)。
  • 显示输入图像:点击也可以将相应的输入图像显示为ImageJ图像。

单击确定将会每个选定的视图生成兴趣点渲染。 BigStitcher visualize interest points dialog 返回main page