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然而，在某些情况下，图像之间还可能存在更复杂的变换（例如图之间的旋转或由于色差而导致通道之间的缩放默认）。为了考虑图像之间的这种仿射变换，我们提供了使用ICP（更新最近点）算法与全局优化相块结合的细化的可能性。
The ICP algorithm assumes that the images are already roughly aligned. You should therefore use it as a last step after stitching your dataset.
简单的细化
ICP细化可以在预定模式的主（右键单击）菜单中的Registration Refinement (optional) › Refine with ICP下找到：
ICP是一种基于兴趣点的算法，这意味着我们必须在对齐图像之前首先检测样本中的兴趣点。在简单模式下，我们会自动执行此操作，只需几个可调整的参数。
在子菜单中，您可以设置3个主要参数：
- 下采样：通过对图像下采样的多少来进行兴趣点检测。其中的下采样大大减少了计算时间，但过高的设置可能会降低结果的质量。我们建议从高下采样开始，只有当您对结果不满意时才减少它。
- 阈值：要检测的点的强度阈值。阈值应足够低以检测足够的兴趣点，但设置太低会导致潜在检测，从而可能导致失败。
- 调整：调整通常允许移动图像的程度。，此时图像应该已经大致对齐，我们建议坚持使用较低的设置。
当前选择显示为红色，其他选项显示为灰色。点击预设或将曼哈顿暂停在预设上，稍后即可将其选中。
最后，您可以通过单击开始细化：
- 简单（平铺注册）：将尝试细化数据平铺的阅读方式（多个通道以相同的方式转换）
- 简单（色差）：将尝试通过变换通道来校正色差（一个通道的所有图块将以相同的方式进行变换）。
- 简单（全部在一起）：将尝试一步完善平铺校准并校正色差。如果您有多个照明之一（并且尚未选择其中），它们会同时染色。
For chromatic aberration correction, it is necessary to detect the same interest points in all channels, so only use that if your sample has autofluorescent structures visible in all channels or you added fiducial beads that fluoresce in all channels
专家精炼
单击“使用ICP优化”菜单中的“专家…”以显示高级选项。
首先，如果您尚未发现任何兴趣点，您将立即进入interest point detection。
一旦您检测到兴趣点，就会弹出一个带有专家选项的对话框。在此对话框中，您可以设置以下参数：
- 兴趣点：要使用的兴趣点
- ICP最大孔径：点匹配的最大允许孔径。增加该值会导致更粗的对齐。
- 变换模型：要计算的变换类型（平移、或刚性仿射）。
- 正则化模型：检查以同时计算另一种类型的变换并返回加权东南亚
- 分组通道：是否对通道进行分组（即将它们转换在一起）。您还可以选择仅通道…，在这种情况下，其他通道的图块将被取消分组（覆盖以下选项）。
- 分组图块：是否对图块进行分组（即将它们转换在一起）。
- 分组照明：对是否进行分组照明（即将它们转换在一起）。
如果您在上一个对话框中选择了变换的 正则化，系统会要求您提供要估计的第二个变换模型的类型和 lambda (\(\in[0,1]\))，即您希望在最终平均结果中赋予正则化模型多少权重。
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