SNT › 常见问题解答

##一般

如何安装SNT？

参见Installation details。

如何引用SNT？

请注意，主要的Fiji article和第一个Simple Neurite Tracer图书都不是SNT的适当引用。SNT的正确引用是：

• doi:10.1038/nmeth.3125

此外，您还应该引用您可能使用的任何其他模块：

• Sholl Analysis doi:10.1038/nmeth.3125
• Cx3D doi:10.3389/neuro.10.025.2009
• Tubular Geodesics doi:10.1109/cvpr.2012.6247722

SNT 和简单神经突示踪剂有什么区别？

Simple Neurite Tracer 是斐济第一个致力于神经元可视化和重建的插件，由 Mark Longair 和 published in 2011 开发，成为半自动 3D 重建中引用最多的开源软件。在 ImageJ2 开发之后，由 Tiago Ferreira 开发，成为半自动 3D 重建中引用最多的开源软件。领导的新开发团队致力于代码库进行现代化改造。该项目迅速发展，超越了软件的重写，并着眼于建立了一个完整的神经元形态重建、可视化、量化和建模框架。针对这个“下一代”简单神经突追踪器（Not so Simple Neurite Tracer、Smart Neurite Tracer、Super Neurite Tracer等）提出了多次名称更改，但最终决定采用原始软件的缩写，以向 Mark 的杰出工作致敬。 GitHub 上关注该插件的整个历史：Simple Neurite Tracer 的 current 和 SNT 的 historic 存储库。

SNT 准确吗？

编译SNT时，会运行suite of tests来检测代码库中的缺陷。形态测量结果以L-Measure和NeuroM中获得的基准。然而，没有测试套件是完美的。如果您发现不准确之处，请report它们\！

###什么是SWC文件？ It is the most widely adopted format for encoding neuronal reconstructions, in which information is stored in plain text. It was first described by (Cannon et al., 1998) and since then became a somewhat loose lingua franca of a neuron’s three-dimensional structure. The latest SWC specification provides more details about the format. SNT supports all known variants of the format including ESWC, SWC+, and latest specification (v1.0.3, as of this writing). The extension stems from the last names of Stockley, Wheal, and Cole, who developed a neat computer system for reconstructing neuronal cells ( Stockley et al., 1993). Confusingly, an unrelated Adobe SWC file format also used to exist.

我应该以哪种格式保存描迹：TRACES 还是 SWC？

When tracing 4D or 5D images, TRACES is preferable because the channel and/or time frame associated with the data are stored. With simpler 2/3D images TRACES is also preferable to preserve Path Manager tags across restarts. Note that the Batch › Convert Traces to SWC menu provides a batch converter for TRACES → SWC conversion. The following table summarizes the differences between the two formats: | | SWC | 痕迹 | |————————————————————————|——————————————————————————————————————————————————————|————————————————————————————————————| |每个文件的重建次数 |正式只有一个。当存在多个重建时，SNT 将它们拆分为多个文件，并在文件名后附加唯一的后缀 |允许每个文件进行多次重建 | |图像元数据 |正式没有。 SNT 在 header | 中存储图像的空间校准富有的。包括跟踪结构的通道和框架。 | | Path Manager tags|未存储|已存储 | | Fits |不存储，除非拟合替换现有节点 |已存储 | | Fills |未存储|灌装参数存储| |格式|纯文本| XML 或压缩 XML（根据 preferences）| |存在 |在重建软件中无处不在。数据共享的事实上的标准 | SNT 独家。但是open and easily parsable |

SNT支持哪些神经元重建文件格式？

SNT 可以读取 TRACES、SWC、NDF（NeuronJ 数据格式）、JSON 文件（由 MouseLight 项目使用）和Neurolucida XML（MBF Bioscience 的神经形态文件规范）。Neurolucida XML 文件支持树结构和标记。其他文件格式可以使用 xyz2swc 转换为 SWC。

我的神经元重建不支持的格式保存。我怎样才能打开它们？

不支持的母版文件格式可以使用xyz2swc转换为SWC。

SNT支持哪些图像文件格式？

ImageJ/Bio-Formats 支持的任何文件格式，最多 5 个维度。强烈建议不要使用 RGB 图像，并在加载前将其转换为多通道。

如何（批量）将TRACES转换为SWC？

使用主对话框中的脚本菜单或脚本编辑器中的Scripts › 菜单中的Templates › Neuroanatomy脚本。

如何改进SNT文档？

使用文档页面第top上的“编辑此页面”选项，随意编辑其内容。别害羞。所有更改都是不可撤销的\！

追踪

我可以进行3D追踪吗？

是的。您可以使用 XY,ZY,XZ views 吸引力地进行追踪：使用3D Viewer（旧版）。对sciview和Big Volume Viewer的支持也越来越多。

我可以删除消轨迹错误吗？

是的。在版本5及更高版本中，只需按⌃ Ctrl / ⌘ ⌃ Ctrl 在电脑上 ⌘ 命令 在苹果机上  + ⇧ Shift + O，即可在完成路径之前恢复临时段。在编辑模式下，也可以使用相同的快捷键方式恢复编辑操作默认。情况下，最近20次操作可以取消删除。

SNT使用人工智能吗？

参见machine learning。

必须确认各个碎片太麻烦了。是否可以通过连续点击来中断地追踪？

是的。取消选中“选项”选项卡（“临时路径”部分）中的“确认临时段”：禁用此选项时。该段会自动确认。请注意，上面会直接完成路径，并且最后确认的线段始终使用§§§0§可以§§键取消消。

我怀念 NeuronJ 的简单性。我可以让 SNT 表现得像 NeuronJ 一样吗？

NeuronJ实现了几个流行的功能：1）快速迭代存储在公共目录中的图像文件；2）“橡皮筋”跟踪，临时段“粘”到当前意识形态位置，方便段实时持续更新；3）意识形态捕捉到神经突信号。所有这些都可以在SNT中设置：

• 追踪多个图像：使用Z（Save Tracings & Open Next Image）和Z（Save Tracings & Open Previous Image）
• 《土豆筋》追踪：在Algorithm Settings中启用_实时预览_
• 捕捉灵感：启用Cursor Auto-snapping

###如何浏览过程周围的体素强度？ 右键单击图像，然后从上面菜单中选择“暂停 SNT”。体素强度将在 ImageJ 状态报告中。 或者，您还可以获得 Path profiles，其中沿着选定的路径较差体素强度。

我在像素坐标中追踪了图像，但需要将重建缩放到物理单位。我该怎么做？

有多种方法可以处理这种情况。首先，使用 Scripts › Tracing › Transform Paths 记下体素大小之一，然后执行以下操作：

1. 使用Image › Properties…就地缩放路径
2. 将跟踪导出为SWC并重新导入文件：Import prompt有缩放路径的选项 3.从图像中读取体素尺寸，例如，按照these instructions

有没有一种方法可以快速处理一张又一张图像？

使用⌃ Ctrl / ⌘ ⌃ Ctrl 在电脑上 ⌘ 命令 在苹果机上  + ⌥ Alt + O / ⌃ Ctrl / ⌘ ⌃ Ctrl 在电脑上 ⌘ 命令 在苹果机上  + ⇧ Shift + O（参见Save Tracings & Open Next Image）

如何将图像序列导入到SNT中？

输入选项的图像的加载由 ImageJ 直接处理。要加载目录（例如，每个 Z 切片一个文件），请运行 Image › Properties… 并选择序列中的第一个文件，在后续对话框提示中调整任何所需的参数。序列后，File › Import › Image Sequence调整体素大小。为了避免再次执行这些步骤，您应该使用File › Save As › Tiff…将 §§2§§§ 的队列文件保存为单个 TIFF

SNT 支持类似脑弓的图像吗？

是的。参见Tracing in Multichannel (Brainbow) Images。

校对

学校对和策展是什么？

SNT提供了两种互补的重建质量控制方法：

• Path Manager中的Proofreading toolbar是手动注释系统。它允许基于目视检查使用质量标签（例如*、标记、拒绝*）来标记各个路径。 这是一个人为驱动的工作流程：审阅者逐条检查路径，应用判断并记录决策。

• Curation Assistant 是一个自动监控系统。它可以在跟踪过程中实时运行可配置的合理性检查（分支角度范围、半径连续性、方向变化、路径重叠等），也可以在整个重建过程中交叉运行。 阈值可以手动调整、从参考单元设置或从预设文件导航加载。通过算法生成警告并显示在可排序的表格中，并可按一键到每个问题。 助理不做质量判断；它显示出可能需要仔细观察的统计异常情况。

这两个工具服务位于不同的阶段：管理助手在跟踪期间（或之后不久）获得潜在的错误，而学校对工具栏支持对跟踪结构进行格式化“审查”。

应该分析

参见Sholl Analysis › FAQ。

脊柱分析

SNT支持脊柱分析吗？

参见Spine/Varicosity/Label Analysis。在追踪SNT中的树突后，可以利用Spot Spine对脊柱形态进行深入量化。

体细胞分析

SNT可以重建体细胞吗？

是的，请参阅Autotracing › Soma/Root Detection。但请注意，大多数 SNT 教程都倾向于 single-point soma representation。

我可以使用 cellpose 分割吗？

是的，请参阅Machine learning。