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SNT › 补充工具

人工智能工具

Seeded Tracing中描述。

ImageJ 生态系统

工具 描述 评论
Spot Spine 树突棘的检测和计数、树突棘头的分割以及树突棘的定量形态学测量 正在积极开发中
BigTrace 使用 BigVolumeViewer 半自动/自动跟踪无分支结构 正在积极开发中
NeuronJ 仅限二维半自动追踪 不再维护。 SNT 读取NDF文件

其他

工具 描述  
HortaCloud 基于云的开源平台,用于根据脑全光学团队数据协作重建远程投影神经元。这是SNT开发团队推荐的追踪工具Terabyte-size datasets  
     
BICCN Tools 通过推进创新神经技术(BRAIN)计划支持NIH脑研究的工具列表-细胞普查网络(BICCN)  
Blue Brain’s Morphology Suite Blue Brain 用于构建、分析和可视化形态的工具集(主要是 Python)。目前由 Open Brain Institute 支持
Cajal 使用 Gromov-Wasserstein (GW) 距离分析单细胞形态数据的 Python 包  
HBP Morphology Viewer 基于 WebGL 的查看器,集成 Allen Cell Types 和 Neuromorpho.org  
L-measure 用于神经元重构概念分析的经典工具包(参见metrics  
natverse R 中完整的神经解剖数据分析  
TREES Toolbox 在 MATLAB 中完成神经解剖数据分析和建模