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SNT › 大数据

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大数据支持

SNTv5 实现了对大数据的初步支持：轻松且无法插入 CPU/GPU 内存（BDV XML/HDF5、N5 和 OME-Zarr/OME-NGFF 容器）的图像可以浏览虚拟打开、或重建，从而加载整个卷。 大多数支持是通过 Big Data Viewer 和 Big Volume Viewer 提供的。 目前支持以下操作：

| 运营|状态 |评论 | |————|——–|———-| | 手动和半自动追踪|支持（实验）1 |多维图像尚未经过彻底测试 | |自动追踪 |支持（实验性）|参见Auto-tracing1,2| | 沿途路径点追踪|支持| | | Path optimization |支持 | | | 3D可视化：饮料重新切片浏览器 |通过 BigDataViewer | 支持| | 3D可视化：交互式体积查看器|通过BigVolumeViewer和sciview支持|包括Slab View，用于将渲染限制为体积的薄层、可调整的区域| |多维运营|有限的支持|出于性能原因，跟踪一次处理一个通道活动/帧。需要立即公开所有通道/帧的命令may not be supported | 1For collaborative tracing, please use HortaCloud: This is SNT’s development team recommended tool for tracing Terabyte-size datasets in a collaborative environment

2See PySNT ＃＃ 入门 Big Data Prompt (v.5.1) 从 Shortcuts Window 中选择_大数据…_。在提示中您可以指定：

  • 主卷：主图像卷的本地路径或远程URL。支持的文件包括：标准文件、IMS、BDV XML/HDF5、N5 和 OME-Zarr/OME-NGFF 容器

  • 辅助卷：第二个图像可选卷的本地路径或远程URL。对于加载主卷的处理版本或保存为单独文件的辅助通道预留

  • 重建文件：可选。单个文件(TRACES, SWC, JSON, etc.)或包含多个重建文件的文件夹。重建也可以imported later。还支持远程URL。

  • 标记文件：可选。包含bookmarked位置的CSV文件。也可以稍后导入标记。还支持远程URL。

  • 查看器类型：定义查看器类型。或者：

    • 大数据查看器（BDV）：饮料重新切片：饮料重新切片浏览器
    • 大体积查看器(BVV)：3D渲染：交互式体积查看器，无跟踪
    • Big Volume Viewer (BVV)：带跟踪功能的 3D 渲染：与 _Big Volume Viewer (BVV)：3D 渲染_相同，但新的 SNT 实例初始化为 SNT Stream，将 BVV 查看器转变为功能性跟踪内核
    • 大数据查看器（BDV）：具有跟踪功能的交互式重新切片：当没有独立显卡可用或SNT在没有GPU支持的硬件上运行时，前一个选择的后备选项

SNT Stream remains experimental.

局限性和种族

  • 一次一个通道/帧：由于性能原因，一次流式传输一个通道/帧才能进行跟踪。不支持要求所有通道/帧同时可用的命令（例如，Multispectral Refinement）
  • 固定搜索算法：交互追踪采用A搜索算法；流模式下可能不提供可用于核心图像的备用NBA/Fast Marching选项
  • 存储图像统计：仍然可以访问成本函数调整和image-statistics options。但是，由于“立即计算整个图像”会扫描整个流数据集一次，因此它可能会“慢”，具体取决于数据集大小和网络/磁盘。请改用_实时计算速度_（默认值）：会在您跟踪新区域时重新计算本地统计信息。
  • 点击时3D场景重定位：在放置跟踪点时是否视图/如何重定位可通过工具栏的菜单菜单进行配置（从不 / 自适应_式 / _最新）。 Adaptive 是流数据的推荐默认值：它会跳过已经接近焦平面的点击的重新中心化，并在重新中心化选项切换后近地控制后续点击从而为图流传输提供时间来赶上
  • 路径和自动跟踪：支持与核心相同图像的方式；参见Auto-tracing和Path optimization

板视图

板视图将 BVV 的渲染限制在体积的一个薄的、可调整的区域，从而可以更轻松地检查密集或大型数据集中的内部结构，从而消耗旋转出阻塞的组织。 另外，可能会减少从远程源获取的数据，具体取决于 BVV 的内部服务器行为。 这是一个通用渲染功能，每当 BVV 活动打开时，甚至在的 SNT Stream 跟踪会话远处，都可以在_场景控件_中使用它。

  • 控件：使用_Slab View_按钮进行切换；_Position_将板移动到体积中，_Thickness_控制器控制该位置周围包含的体积量
  • 方向：板视图必须从三个规范平面 (XY/XZ/ZY) 之一激活，需要为板提供一个初始工作轴。一旦激活，视图可以自由旋转；只有当体积真正旋转出可见板时，板视图才会自行关闭
  • 板路径/板注释：任选切换，将渲染的重建/标记限制到相同的板窗口，因此板之外的路径不会使视图混乱。Slab Paths‘的开/关状态被记住为跨Slab View激活的首选项；_Slab Annotations_必然会重置

支持的文件格式

Big volume viewer和Big data viewer是大数据支持的核心。标准格式（TIFF以及通过Bio-Formats读取的任何格式）作为固定内存卷加载，如果卷超过GPU的3D纹理限制，则可以选择自动缩放采样。 Imaris (.ims) 文件通过自动生成的 BDV-XML sidecar 来支持，该 sidecar 在原始文件旁边读取。

对于真正的大型数据集，BDV XML/HDF5、N5 和 OME-Zarr/OME-NGFF 容器以虚拟方式打开：数据根据需要以块的形式从磁盘流式传输。 N5 和 Zarr 容器可直接读取，消耗 XML sidecar。还可以使用 URL 加载远程数据。