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分水岭分离是一个将连接的组件分割成 单独的。它通常适用于细胞核等溶液状结构。
接触DAPI染色细胞核图像的分水岭分离 - 教程
###问题简介
- 用于细胞检查的一种非常常见的生物样本是细胞核中 DAPI 染色的DNA。染色很好勾勒出细胞核的图像，在心血管细胞中，DNA然而，染色并不均匀，因为均匀经常地或少细胞聚集的区域。这使得原子核呈现出粒状。更重要的是，在许多对发育生物学感兴趣的组织中，细胞排列依次，并且主要由细胞组成，将它们分开的细胞存在质很少。原子核似乎相互接触，但实际上，它们当然不可能。它们之间至少有两层膜，但光学细胞无法区分。 §§0§§§比膜的宽度很大！更严重的是，图像噪声很大，它是在共焦激光扫描仪上快速扫描而成的，其本身的信噪很低。这使得物体的边缘变得模糊，并增加了每个像素的强度值的不确定性，使得正确分割变得更加困难。
- 所以，我们面临着能够分离明显接触的、嘈杂的物体的问题:-(
- 幸运的是，有一种方法可以做到这一点。分水岭法。
- 好吧，那么我们如何去噪、分割、分水岭（分离接触的物体），然后对斐济的物体进行计数/测量呢？继续阅读…
打开示例图像
-打开sample image of touching DAPI stained cell nuclei from a confocal laser scanning microscope.
-在运行上Gaussian Blur filter以模糊“染色”，实际上是暂停分配的统计“光子PSF”，并且还可以均匀消除核染色的不均匀性。对于这个任务，我们将使用更大的西格玛值3。西格玛值太小意味着分割将受到噪声和染色模式的影响您的干扰。西格玛值太高，物体会太模糊，从而菜单难以准确地找到它们的边缘并在以后将它们分开。运行命令：处理-以太网-高斯模糊，sigma为3个像素。还可以预览其他值以查看它们的外观。您应该得到如下图图像的：
像素强度阈值 - 前景区域找到区域
- 接下来我们使用像素强度阈值将对象与背景分开。斐济有许多内置的§§0§§§方法，尝试区分背景和前景。在这种情况下，默认方法效果很好，但你会看到一个长串方法，这些方法为图像提供了不同的阈值结果。如果你愿意，可以使用不同的方法。最终你可能会得到不同的答案！
- 执行菜单命令“图像”-“调整”-“阈值”。打开“深色背景”复选框。事实上，在这种情况下背景是黑暗的！当您启动菜单命令时，将自动预览默认方法，并设置一个接近 100 强度的阈值。如果您对自动计算阈值感到满意，请单击“应用”，这将为您提供二进制图像。黑色是背景，白色是前景。它应该看起来像这样：
- 到目前为止一切顺利…但我们仍然没有对象…只有背景和前景像素。而且很明显，一些原子核与相邻的原子核相连……我们希望将它们分开。为此，我们将使用斐济内置的分水岭方法：
分水岭算法 - 剥夺触摸对象
- 要运行内置的ImageJ watershed method，请菜单项：进程 - 二进制 - 该方法对象每个的中心（使用形态概览操作），然后计算从对象中心点到对象边缘的距离图，找到假想的水填充该“顶部图”。在两个“分水岭”相遇的地方，它建造了一个水坝，将它们分开！人们可以手动完成所有这些步骤，但分水岭功能可以自动为您完成这些步骤，这很好。您的分水岭应如下所示：
- 注意原子核是如何相互分离的。此方法仅适用于大致圆形的物体。为什么？
分析分割的对象
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现在你有一组白色像素的白色前景块，周围是黑色背景像素区域，并且用我们分水岭隔离了触摸对象，这个在对象之间放置了一个像素宽的“水坝”。
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接下来，我们斐济运行分析工具来定位白色像素块并对其进行统计。……该工具白色背景上的黑色对象或在包含必需对象的图像上设置阈值。要获取在，请执行“编辑”-“参数”，或者要对二值设置图像阈值，请执行“”-“调整”-“阈值”（由于图像现在必须包含两个强度（0和） 255），默认阈值当然是正确的，并且对象显示为阈值红色，当然再次为黑色背景）。
- 现在使用下面屏幕截图中的设置选择菜单项Analyze › Analyze Particles。
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您可以过滤掉不同大小的颗粒。例如，您可能只对大型物体感兴趣，例如原子核。您可以因此排除那些您知道是垃圾的小物体。更改区域编号范围中的“大小”字段，看看会发生什么。
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您可以通过将圆形范围数字更改为0.8-1，选择仅对那些非常圆形的物体进行计数。您也可以寻找非圆形物体！如何？玩一下它，看看它会做什么。
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使用意义显示单一，或者如果愿意的话可以测试其他选项。您的排除边缘非常聪明。这意味着您不会从图像边缘被切掉尺寸的对象中得到无的结果，因此当然比实际要小。
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您可以通过打开“添加到管理器”将所有对象添加到ROI管理器。然后，您可以使用这些ROI来测量原始图像对象中的信号强度。您能弄清楚该怎么做吗？
- 另外输出许多有用的统计数据：
