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重要提示
Please Note: This version of the software is outdated. It will be part of Fiji for the time being, but I highly recommend using the new Multiview Reconstruction Plugin. It is much more powerful, flexible and completely integrated with the BigDataViewer.
引文
请注意，斐济提供的 SPIM 注册插件基于书籍。如果您成功将其用于您的研究，请引用我们的工作：
- S.普雷比什、S.萨尔菲尔德、J. Schindelin 和 P. Tomancak (2010)“用于流动平面照明工作站数据的基于珠的配准的软件”，《自然方法》，7(6)：418-419。 Webpage PDF Supplement
- S.普雷比什、F.艾玛特、E.斯塔马塔基、M.萨罗夫、R.H.歌手、E. Myers 和 P. Tomancak (2014)“基于高效贝叶斯的多视角解基质”，自然方法，11(6)：645-648。 Webpage
有关配准方法和SPIM理论的技术细节另请参见SPIM Registration Method。
介绍与概述
选择性平面照明显微镜（SPIM，Science, 305(5686):1007-9）可以通过从多个角度获取堆栈图像来对大型样本进行完整结论。然而，为了充分发挥这些采集的潜力，需要重建数据：
我们开发了多种用于多角度 SPIM 采集的配准和融合的算法。该插件集合允许您从多个输入图像重建各向同性图像输出，称为视图。这个过程也增加延迟拍摄。完整的重建过程分为两个部分，每个步骤都有多种选择：
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多视图注册： 对齐数据集的所有视图
* Bead-based registration: Uses flourescent beads to achieve the alignment. This method is very fast and solves timeseries registration, but relies on the incorporation of fluorescent beads. The plugin can be found in Plugins › SPIM Registration › Multi-view fusion.
- Segmentation-based registration: Uses structures within the sample like nuclei to achieve registration. It is slower and timelapse registration might be a sample dependent problem, but does not require any special sample prepration.
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多视图融合： 根据配准结果计算输出图像
* Multi-view fusion: Performs a weighted average fusion of the dataset, which includes blending and/or content-based weightening. The plugin can be found in Plugins › SPIM Registration › Bead-based registration.
- Multi-view deconvolution: Performs a multi-view deconvolution of the dataset which requires an estimation of the point spread function. 请注意： SPIM 注册已被重写，现在取代了已移至已废弃用文件夹的“旧”插件集合（注册、高级注册、多通道注册）。有关这些过时插件的信息，请参阅此page.
详细教程
SPIM 注册用于处理在 OpenSPIM 上获取的数据特别有用。详细的分步教程可在OpenSPIM wiki上找到。
- 我们首先定义System requirements并下载sample OpenSPIM data，
- 后面是任选的pre-processing steps。
- Multi-view registration是SPIMage处理管道的核心。
- Multi-view Fusion部分讨论了如何将多个视图组合成一个图像输出
- Time series registration消除了模型中的长期延迟。
如上所述，管道相对线性，我们突出显示第alternative routes exist的步骤。
如何查看融合、保存的输出图像
图像融合将作为二维平面的集合保存在数据集的输出目录中。例如，可以使用§§0§§§或通过Plugins › Image5D › Virtual Image 5D Opener创建查看的输出图像（选中的选项将缩减名称的文件分组）。
下载示例数据集
有一个果蝇的7角度SPIM数据集可用here。插件中预先设置的详细参数适合此数据集，只需定义适当的文件夹。
系统要求
多视图 SPIM 数据集通常相当大，因此建议在具有大量 RAM 的上使用注册插件。示例数据集的最低要求是 ** 至少 4Gb** 内存，但我们建议使用 16Gb+ 系统。您可能需要通过File › Import › Bio-Formats…来增加 Fiji 内存限制。
集群处理
请参阅专门的page，描述处理来自 MPI-CBG 集群上的 Lighsheet.Z1 和 OpenSPIM 的 SPIM 数据的自动化工作流程。
