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Particle Analysis, Filtering, Colocalization, Deconvolution, Segmentation |
Squassh 是一种用于对摄像头图像中的亚细胞形状进行 2D 和 3D 分割和调整的工具。它提供具有恒定内部强度分布的全局最佳对象检测和分割，进行基于对象的共定位分析。然后由区域计算的分割可以直接调整局部功能的 PSF，从而提供最佳的去稀疏分割，如 Helmuth 等人所述。(2009[^1]) 以及 Helmuth 和 Sbalzarini (2009[^2])。该工具是专门用于分析 Squassh 协议中所述的基于图像的高收益筛选数据而开发的。它是 MosaicSuite 的一部分，MosaicSuite 还提供 3D 跟踪图像、分割、交易分析等功能。安装它的最佳方法是通过 MOSAIC Fiji Update 网站，如第 MOSAIC web page 中所述。Paul、Cardinale 和 Sbalzarini (2013[^3]) 中了该算法。Rizk 等人描述了 Squassh 协议和插件的使用。（2014[^4]）。
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参考文献
[^1]：J. A.赫尔穆斯、C. J.伯克哈特、U. F. Greber 和 I. F. Sbalzarini。Shape reconstruction of subcellular structures from live cell fluorescence microscopy images，《结构生物学杂志》，167:1–10，2009
[^2]：J. A. Helmuth 和 I. F. Sbalzarini。 Deconvolving active contours for fluorescence microscopy images，在程序中。国际。症状。视觉计算 (ISVC)，计算机科学讲义第 5875 卷，第 544–553 页，美国拉斯维加斯，2009 年 11 月。Springer。
[^3]：G.保罗、J. Cardinale 和 I. F. Sbalzarini。Coupling image restoration and segmentation: A generalized linear model/Bregman perspective，国际。J.计算机。视觉, 104(1): 69-93, 2013
[^4]：A.里兹克、G.保罗、P.因卡尔多纳、M.布加尔斯基、M.曼苏里、A.尼曼、U.齐格勒、P. Berger 和 I. F. Sbalzarini。Segmentation and quantification of subcellular structures in fluorescence microscopy images using Squassh自然协议。，9(3)：586-596，2014
