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2010-06-14 - 斐济“海德堡”已出炉

我自豪地宣布斐济的新版本(Fiji Is Just ImageJ - 包括电池)。

按照我们珍视的传统,当前版本以大型黑客马拉松的举办地点命名:海德堡。感谢Francesca Peri和Kota Miura的鼎力支持,我们很荣幸于2010年3月15日至26日在海德堡邀请了一些斐济开发者。

自从上一个版本以来,在以下人员的帮助下(按字母顺序排列)添加了 524190 行,删除了 245463 行:Albert Cardona、Andreas Wiese、Benjamin Schmid、Ben Tupper、Chris Elliott、Curtis Rueden、Daniel Hornung、Daniel James White、Davi Bock、Gabriel Landini、Gregory Jefferis、Ignacio Arganda-Carreras、Jacques Pecreaux、Jan Eglinger、Jean-Yves Tinevez、Johannes Schindelin、Larry Lindsey、Mark Longair、Nick Weiler、pixelhead、pogo、Ricardo Henriques、Stephan Preibisch、Stephan Saalfeld、Tom Kazimiers 以及其他许多帮助者。

自斐济比尔森以来的变化

  • 有一个名为Trainable Segmentation的新插件。该插件提供了先进的机器学习技术来训练将图像分为不同类别的模型。
    虽然它正在积极开发,但它已经非常强大并且易于非程序员使用。

  • 修改了Fiji Updater中影响MacOSX的严重错误。症状:
    斐济更新后不再启动)。如果您在2010年4月8日至2010年6月3日期间未更新,此错误会对您产生影响,您必须遵循these instructions

  • 不幸的是,我们不得不放弃对 MacOSX PPC 的支持。如果您需要斐济这样的系统,请联系the Fiji developer mailing list,我们将尽力提供特殊版本。

  • 对于 Debian/Ubuntu 用户,斐济海德堡的 fine-grained packages 即将推出。

其他变化

  • 斐济的核心经常与ImageJ同步。

  • bUnwarpJ中的许多改进(感谢 Ignacio Arganda-Carreras)。

  • 上下文帮助:如果您点击PluginsMacrosAbout Startup Macros,接下来点击菜单项将打开斐济维基上相应的页面(如果有)。

  • 统计区域合并现在可以在 3D 中工作(这会占用大量内存)。

  • 堆栈操作菜单还有另一个边界:Slice Keeper(感谢 Jean-Yves Tinevez)。

  • Simple Neurite Tracer3D Viewer 进行了许多改进,这些改进是从 VIB Protocol 插件中分离出来的(感谢 Mark Longair 和 Benjamin Schmid)。

  • Register Virtual Stack Slices 插件的许多更新(感谢 Ignacio Arganda-Carreras)。

  • Auto Threshold 得到改进,并提供其他插件访问(感谢 Gabriel Landini)。

  • 实现了CLAHE,一个用于局部复位增强的滤波器(感谢Stephan Saalfeld)。

  • 删除了 mpicbg 插件对 Jama 的依赖(感谢 Stephan Saalfeld)。

  • 将库与插件分开,例如来自 mpicbg 库的 mpicbg 插件(感谢 Stephan Saalfeld)。

  • 添加了几个 mpicbg 库工具、许多错误修复和改进(感谢 Stephan Saalfeld)。

  • TrakEM2已更新多个,包含大量新内容(感谢Albert Cardona和Stephan Saalfeld)。例如:
    • extended multi-layer-mosaic alignment to handle

      • adjustable weights for cross-section vs intra section features

      • handle multiple disconnected graphs

      • non-linearly deform section graphs

    • properly propagate non-linear manual deformations

    • speed up rendering of deformed images

    • calibrate exported snapshots

    • several bug-fixes

  • 添加了一个执行 SIOX 算法的插件(例如颜色分割,感谢 Ignacio Arganda-Carreras)。

  • Stitching 2D/3D中的一些错误已修复(感谢Stephan Preibisch和Ignacio Arganda-Carreras)。

  • 添加了插件“IsoData Classifier”,将 ImageJ 的默认自动阈值扩展到多个类(超过两个)。

  • 斐济的箭头工具提供了箭头的交互式操作(现在是 ROI),具有不同的宽度、头部大小和头部形状(感谢 Jean-Yves Tinevez)。

  • MTrack2插件中的一个错误已修复(感谢 Chris Elliott)。

  • fiji-lib.jar 中有一个 GenericDialogPlus,现在支持添加“文件”和“目录”字段,并通过按钮通过文件对话框选择值(感谢 Stephan Preibisch 和 Ignacio Arganda-Carreras)。

  • AnalyzeSkeleton/Skeletonize3D插件进行了许多改进(感谢 Ignacio Arganda-Carreras 和 Daniel Hornung)。

  • 添加了RATS插件,提供了非常强大的自动本地阈值技术(感谢 Ben Tupper)。

  • Jython 已更新至版本 2.5。

  • VIB Protocol 的代码得到改进(感谢 Mark Longair、Benjamin Schmid 和 Nick Weiler)。

  • HelpHelp on Menu Item 再次工作(感谢 Gabriel Landini)。

  • Fiji 启动器经过修改,解决了 Linux 上的 Java 1.5 错误。

  • Java WebStart’able Fiji 已修复。

  • Script Editor 现在提供代码模板(感谢 Tom Kazimiers)。

  • Script Editor中的查找/替换功能现在默认为所选文本(感谢 Tom Kazimiers)。

  • Tutorial Maker更名为ImageAdjustAuto Crop,你可以选择上传到斐济维基以外的其他维基(前提是它由MediaWiki提供支持)。现在它还使用 Script Editor 以获得更好的可用性。

  • 添加了Image Expression Parser插件,与简单的图像计算器或图像计算器Plus插件相比,提供了更强大的图像操作(感谢Jean-Yves Tinevez)。

  • 有一个 PluginsUtilitiesFijiNew Fiji Tutorial 插件(裁剪与背景颜色匹配的最大边框),和一个 HelpRefresh Menus 插件(从边框估计最可能的背景颜色)。

  • 我们现在有线性渐变和径向渐变插件,可以在现有图像中生成渐变。

  • .mrc 读取中存在错误修复(感谢 Jean-Marc Verbavatz 和 Quentin de Robillard)。

  • Fiji 从现在针对重型使用进行优化的 Java 设置开始(感谢 Albert Cardona)。

  • 当透明地使用 .java 插件时(通过将其放入斐济的plugins/目录),现在将显示错误输出。

  • Script Editor现在提供选项卡。

  • 当文件在 Script Editor 之外更改时,它会立即重新加载该文件。

  • Script Editor 在语言菜单中提供 ImageJ 宏语言,并具有语法突出显示功能。因此,它现在是宏的默认编辑器。

  • Script Editor 有一个函数来运行脚本的选定部分。

  • Script Editor 中有更多改进。

  • 对共定位插件进行了许多改进(例如,共定位阈值的输出现在可以保存到文件中,等等)。感谢丹尼尔·詹姆斯·怀特和汤姆·卡齐米尔斯。

  • 添加了Directionality插件来分析包含定向结构的图像(感谢Jean-Yves Tinevez)。

  • Time Stamper插件已更新(感谢Jean-Yves Tinevez、Daniel James White和Tom Kazimiers)。

  • 添加“最近的命令”菜单条目以列出最近和最常用的命令。

  • Linux 上的文件对话框现在具有更合理的键盘处理,并且是拖放目标,就像在其他平台上一样。

  • 现在有一个 Imglib 算法启动器,它使用户可以轻松地使用 imglib 的全部功能,并且可以轻松扩展到 imglib 中的未来算法(感谢 Curtis Rueden)。

  • 在斐济,菜单项称为 ImageAdjustAuto Crop (guess background color),而不是 ToolsOpen Help on Class…,以明确该功能的含义。

  • 当 Fiji 检测到用户尝试启动为 Java 1.6 编译但在 Java 1.5 上运行的插件时,它会非常努力地将类转换为可在 Java 1.5 上使用。

  • 现在 Macros/grey-squares.ijm 中还有另一种视错觉:阿德尔森的方格错觉。它表明我们不能相信我们对绝对灰度值的感知。感谢加布里埃尔·兰迪尼 (Gabriel Landini) 对剧本的改进,以及丹尼尔·詹姆斯·怀特 (Daniel James White) 的想法。
  • 添加了精确欧几里德距离变换 (3D) 插件,提供真正精确的 EDT,但仍具有线性复杂性。也可以使用签名版本(将负距离附加到外部像素)。

  • Script Editor现在支持书签。

  • 3D Viewer 现在实际上是一个 4D 查看器,可以正确处理超堆栈,并且还在许多其他方面进行了改进(感谢 Benjamin Schmid 和 Gabriel Landini)。

  • 3D Viewer现在可以导出任何类型的网格(感谢Albert Cardona)。

  • 添加了Anisotropic Diffusion 2D插件。

  • LSM Toolbox 已更新至版本 4.0g(感谢 Patrick Pirotte 和 Jean-Yves Tinevez)。

  • HandleExtraFileTypes 类与上游版本同步,默认处理更多文件格式(感谢 Albert Cardona 的修复)。

  • 不再需要 StartupMacros.txt,因此您可以创建/修改它,而无需让斐济更新程序将其报告为“本地修改”。感谢伊兰·塔尔的建议。

  • 感谢 Rainer Heintzmann 和 Jean-Yves Tinevez,View5D 已更新至版本 1.2.17。

  • 感谢 Mark Longair,Find Connected Regions 插件已更新。

  • Fiji启动器不再是C++程序,而是C程序。这会导致可执行文件更小、构建时的要求更少以及支持的 Linux 设置范围更大。

  • 当您使用参数调用斐济时(例如通过将图像拖放到斐济图标上),将不再运行Fiji Updater最新检查。感谢 Jean-Marc Verbavatz 的建议。

  • Fiji Updater 提供了在 Windows 和 Linux 上以高级模式更新 Java 的功能,这要归功于 ELMI 会议上罕见的不那么令人兴奋的演讲之一。

  • Java WebStart 生成器已修复,现在每晚运行。

  • 添加了 SPIM Registration 插件,提供选择性平面照明显微镜中通常需要的多角度配准和重建(感谢 Stephan Preibisch、Stephan Saalfeld 和 Pavel Tomancak)。

  • Clojure 已更新为新版本(感谢 Albert Cardona)。

  • clojure-contrib 不再需要,因此被删除(感谢 Albert Cardona)。

  • 添加了 QuickPALM 插件(感谢 Ricardo Henriques)。

  • 大量错误修复

开发人员可见的更改

  • 有两个夜间构建,一个包含所有子模块,另一个确保 Fiji 使用 Java 5 进行构建(我们坚持使用 Java 5,因为 MacOSX 10.4 或 32 位 MacOSX 10.5 不会有任何 Java 6)。

  • full javadocs是在夜间构建之后构建的。

  • 开发人员可以从 Fiji Updater GUI 上传新插件或更新,如果他们拥有服务器上的写入权限(包括 Mark Longair 修复的错误)。

  • build system 中的许多改进(减少不必要的重建、单独的输出目录、排除 .jar 目标中的文件等)。感谢 Jacques Pecreaux、Mark Longair 和 Curtis Rueden。

  • 现在有一种在 Java 中定义工具的通用方法,fiji.util.AbstractTool,而不是采用笨拙的方法来定义回调 Java 代码的宏(感谢 Jean-Yves Tinevez)。我们的 Arrow 工具就是一个例子。

  • Script Editor现在可以在插件/之外启动类。

  • Script Editor现在可以从.java插件创建.jar文件。
  • Script Editor现在可以从$FIJI_ROOT/src-plugins/<name>/构建并启动plugins

  • Script Editor识别来自Java编译器的错误并提供跳转到下一个/上一个错误的位置。

  • Script Editor识别脚本执行引发的异常,并提供跳转到堆栈跟踪中的下一个/上一个位置。

  • 您可以要求Script Editor使用HelpUpdate Menus打开给定的玩具的JavaDoc

  • WEKA library现在是斐济的一部分;正因为如此,Gource现在是 URLClassLoader 的一个实例(感谢 Verena Kaynig、Albert Cardona 和 Ignacio Arganda-Carreras 的鼓励)。

  • 有一种简单的方法可以添加要在斐济维基首页上显示的屏幕截图:FileOpen

  • 新的versatile and most generic image processing library——开源正式! – 已添加(感谢 Stephan Saalfeld 和 Stephan Preibisch)。
  • imglib 得到显着改进(感谢 Stephan Saalfeld、Stephan Preibisch、Larry Lindsey 和 Curtis Rueden)。

  • 要使用imglib,只需选择Script Editor’s模板菜单中的Imglib插件项。

  • Script Editor学习了很多在开发用Java编写的插件时有用的功能(例如打开菜单项的源代码,或在PluginsUtilitiesFijiNew Fiji Wiki Screenshot/上打开当前文件的目录,或提供搜索类的源代码)。

  • 如果您在斐济维基上有帐户,您可以使用PluginsUtilitiesFijiNew Fiji News菜单项轻松添加新闻入境。

  • 现在有一个针对Java对象的简单“对象检查器”,可以通过fiji.debugging.Object_Inspector.openFrame(label, object)访问。

  • MediaWikiClient 类现在可编写脚本。

  • Fiji Updater 为开发人员提供了自上次上传指定插件以来插件的更改。

  • Jama的源代码已经够了。

  • plugins/*.jarjars/*.jar 现在都通过 FijiClassLoader 加载,这个允许 jars/ 中的 .jar 文件调用 plugins/.jar 文件中的函数(例外的注释:jars/ij.jarjars/Fiji.jar)。

  • 您可以使用 analyze-dependency.bsh 脚本检查 .jar 文件的依赖关系,重用 Fiji Updater’s 上传功能。

  • 您可以使用combined-gource-video.bsh脚本(需要FijiClassLoader)制作自己的“斐济发展”电影,如YouTube channel中所示。

  • VIB源已从子模块直接移至fiji.git中。

  • 插件和库的源代码现在位于子模块或 src-plugins/<name>/<package>/<class-name>.java 中,其中 <name> 是生成的 .jar 文件的基本名称。

  • 现在有一个 Fiji Updater 的命令行界面(例如运行 fiji --jar plugins/Fiji_Updater.jar --list jars/ij.jar 来查找 jars/ij.jar 的状态)。

  • 如果未检出子模块没有预编译/文件,则Fiji Build允许回退到updater

  • 现在通过公共API可以更轻松地调用Fiji Build

  • 斐济现在已经有了 KD 树的有效实现(感谢 Stephan Preibisch)。

  • 感谢 Curtis Rueden,所有子模块的主分支现在都称为“master”。

  • 您可以直接在src-plugins/<name>/中包含plugins.config,而不是使用staged-plugins/<name>.config

  • 由于 VIB-lib 中的许可证即将变化,您现在可以将 VIB-lib.jar 和 APLv2 许可的代码(例如 commons-math)链接在一起。

  • “git diff”现在在 hunk 标头中显示 Java 方法名称。

  • 您现在可以调用“fiji –compile-and-run /path/to/class.java”。

  • 您现在可以在上述平台上使用 mingw-w64 编译器重建 Windows 64 位启动器(例如,通过在 msysGit 中运行 /src/mingw-w64/release-easy.sh,如通过网络或完整安装程序安装的那样)。

  • fiji.Main 中现在有一些函数可以通过“路径组件”来识别和调用 AWT 组件,例如“Some Dialog>Panel[2]>TextField{Name:}”。

  • 可以通过 --gc-g1 选项要求斐济使用自 Java 1.6 Update 20 以来可用的 G1 垃圾收集器(感谢 Albert Cardona)。

  • Script Editor中开发时,现在可以在Script Editor中查看差异并提交更改。

  • 您可以使用fiji --edit class:<class-name>打开类的源代码。

  • 现在 bin/maven.sh 有一个 maven 助手,如果需要,您可以从 Fakefiles 调用它来下载 maven,然后运行它。