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虚拟昆虫大脑 (VIB) 协议

VIB 协议专为彩色 3D 图像堆栈而设计。我们使用的图像是痴呆症大脑的共焦图像,但基本上 VIB 协议可用于任何 3D 图像。

工作流程

  • 加载输入图像。如果它们由多个通道组成,则通道将被分割。
  • 标记参考通道
  • 调整图像和标签的大小
  • 计算重心并使用它们来计算粗略倾斜
  • 再次严格单独注册每个标记区域。
  • 在标记区域之间插入站点。

VIB 协议的输出读取指定用户的文件夹。有关如何使用此插件的说明可以在下面找到,而有关 VIB 协议如何工作的更详细说明可以在第 presentation 中找到,该文档已在 2008 年平 FENS 上展示。还有一个movie很好地展示了两个逻辑的排列。

文档

VIB 协议以以下对话框启动:

Vib protocol 1

配置文件存储修改在特定数据集上运行VIB协议的所有设置。它保存在输出目录中。如果想第二次运行该算法,可以加载(并)以前的配置。如果您是第一次运行此命令,只需将文本字段留空并单击“确定”即可。

之后,出现第二个对话框,要求用户提供所有必要的输入:

Vib protocol 2

不同字段的含义如下:

文件
使用按钮Delete from filesAdd to files在此处添加输入图像。

工作目录
VIB协议的所有输出都进入此文件夹。

模板
选择“文件”列表中的图像作为模板之一(参考)大脑(通过在列表中选择它并单击“初始化模板”)。或者,您可以通过键入要使用的文件的路径来选择外部引用。

频道数量
输入文件中包含的通道数。

参考通道数
参考通道号。参考通道将用于标记。

重采样因子
为了加快执行时间,缩小图像选择是个好主意。例如,这里“2”表示 1024x1024x256 图像将被下采样到 256x256x64。

点击OK将最终启动VIB协议。至此,上述文件就并保存了,如下创建如下:

Vib protocol 3

通常,分割编辑器在软件执行期间打开,并要求用户标记大脑。如果输出目录中已存在名为“labels”的文件夹,并且该文件夹包含每个图像对应的标签图像,则可以省略此步骤。之后,不再需要用户交互,软件会在一段时间内完成。所有结果都可以在输出目录中找到。该目录的结构如下:

Vib protocol 4