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在线清洗 (CIP) 实用程序

本页提供CIP包的实用函数的用户文档

One can found additional information on the function parameters (type, optional/required, positional/named) on the 参数文档页面。

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测量

说明

此函数对图像和区域执行测量，将它们作为表格返回。

＃＃签名

outputTable = cip.measure( inputImage*, measures*, unit, prefix )

对整个输入图像执行指定的措施。

outputTable = cip.measure( regions*, measures*, source, unit, prefix )

对提供每个区域执行指定的措施。如果提供源图像用于强度测量。

输入

  • inputImage* : 要测量的图像
  • regions*：要测量的区域或区域列表。
  • measures* ：取自 {min, max, mean, stddev, median, position, boundary, size}的字符串或字符串列表，代表要执行的规格
  • source：如果输入是区域类型，则将用于执行基于强度的测量的图像。如果未提供，则输入对象强度进行测量
  • unit ：是一个布尔值，指示是否使用图像像素大小。默认为true。
  • prefix ：只能在输出中每个列标题开头的设置的字符串。例如，它可以用于区分对具有不同源图像的相同对象执行的测量。默认为空字符串。

输出

  • outputTable：测量表。每列代表一个请求的关注，而第一列提供对关注对象的引用。每行包含对特定对象执行的测量。

＃＃例子

regions = cip.region(labelMap)
table = cip.measure(regions, 'size' , 'nuclei' )
cip.show( table )

第一行 labelMap 是下图中的左图。在第二行中，“size”是执行的测量，“nuclei”用于自定义区域名称（请参见下图中的对象列）。 CIP_measure.PNG

实施

测量函数实例化适合要测量的对象的工具箱。工具箱可以接收新的测量工具来扩展现有的测量集。

显示

说明

在IJ1组件中显示CIP数据：超堆栈查看器、结果表和日志窗口。这确保了imageJ生态系统的其他部分能够轻松地通信和重用数据。

＃＃签名

handle = cip.show( inputImage* , color )

将一个显示超堆栈查看器，其中包含名称图像和所需的颜色亮度。

  • inputImage* ：要显示的图像。
  • color：表示ImageJ菜单中可用的查找表的字符串或字符串列表。对于基本颜色，使用 lut 的第一个字母就足够了（用 ‘r’ 代替 ‘red’ 或 ‘rgb’ 代替 [‘red’,’green’,’blue’]）。

＃＃签名

cip.show( region*, handle, color, width, scalar, reset )

将区域添加到由句柄指向的图像强度层，并具有指定的属性：颜色、宽度、标量。

  • region* ：一个区域或区域列表。这适用于机器人2d和3d区域。
  • handle ：一个字符串，其中包含将显示区域的窗口名称。如果未提供字符串，区域将显示在 ImageJ 中当前焦点的图像上。
  • color ：表示imageJ菜单中可用的颜色或lut 的字符串。默认为 ‘lila’。颜色优先于同名的 lut。
  • width：表示宽度的标量（以点为单位）。默认值为1。
  • scalars ：表示区域属性并用于选择 lut 中区域颜色的标量列表。默认值为 [1,2,…, n]，其中 n 是作为输入提供的区域数。
  • reset ：布尔值指示是否替换。默认为 false。

＃＃签名

handle = cip.show( inputTable*, handle, reset)

将显示一个显示IJ1结果表，其标题和行与输入表相同。

  • inputTable* ：要显示的表格。
  • handle ：一个字符串，其中包含将附加数据的结果表的名称。
  • reset ：布尔值指示是否重置结果表。默认为 false。

＃＃签名

handle = cip.show( message* )

将在 IJ1 日志窗口中显示该消息。

  • message* ：要在IJ1日志窗口中显示的字符串。

＃＃签名

cip.show( TrackMateModel*, image, mode, track style, track depth )

将在显示 trackcheme 中使用 trackmate 或 cip.track 检测到的曲目，或在 hyperstack 查看器中查看到的曲目。

  • TrackMateModel* ：由 cip.track 返回或使用 trackmate api 创建的 TrackMate 模型对象。
  • image ：可以在其上显示跟踪的图像，如果未提供与用于跟踪的尺寸相同的空图像，则将使用该图像。
  • mode : {'image'§§7§§§,'trackscheme','all'} 中的字符串。默认值为“图像”。选择图像时，区域将显示图像在叠加层中。通过“trackscheme”，trackscheme ui 用于显示曲目。
  • track style : {'all',’local’,’backward’,’forward’‘selection’} 中的字符串。“全部”为默认值。根据值，轨道将完全显示（“全部”），当前时间（“像素”）或（“前进”）之前，之前和之后（“本地”）。
  • track depth ：一个标量，定义“本地”、“粘性”和“前方”样式中的步数。默认值为 10。

输出

  • handle ：标记创建的结果表或图像窗口名称的字符串。

示例

此示例演示了如何标记原始图像并将检测到的区域覆盖在原始图像上。

labelMap = cip.label(img, 'threshold', 500)
regions = cip.region(labelMap)
h = cip.show(img) # display img
cip.show(h, regions, 'glasbey' ) # overlay the region contour to img

CIP_show_region.PNG 显示曲目的示例脚本可以找到here

实施

show 函数依赖于 IJ1 组件作为起点，因为这是下载新版本 Fiji 时显示数据的方式。这也确保了任何 imageJ 插件都可以轻松地查看和处理这些数据。

地区

说明

该函数是一个转换器，将IJ1或IJ2对象转换为CIP区域。

＃＃签名

region = cip.region( image, name )

将图像转换为区域或区域列表。

输入

  • image ：如果图像具有布尔类型，则该图像将被解释为掩码，否则将被解释为标签图像。
  • name ：用于命名区域的字符串。如果有多个区域，名称将附加标量以区分区域。

输出

  • region ：如果输入是布尔值，则为区域，否则为区域列表。

到IJ1

说明

是一个转换器，可将图像转换为ImagePlus，将CIP区域转换为rois。

＃＃签名

IJ1_image = cip.gauss( image*)

将图像（任何类型）转换为ImagePlus。

IJ1_roi = cip.gauss( region*)

将区域（任何类型）转换为 Rois。

输入

  • image*：要转换为IJ1 ImagePlus的图像。
  • region* ：要转换为 Rois 列表列表的区域或区域列表（其中每个 Rois 列表代表 3D 对象的 2d 对象）

输出

  • IJ1_image ：输入图像的ImagePlus版本
  • IJ1_rois ：Rois 列表的列表。每个输入区域将由 Rois 列表表示，其中每个 Roi 都是穿越该区域的 2d 图形的图形。

toIJ2

说明

将图像（由 CIP 处理的任何类型）转换为 IJ2 数据集，将区域（由 CIP 处理的任何类型）转换为 Imglib2 IterableRegion。

＃＃签名

IJ2_image = cip.toIJ2( image* )

将图像转换为IJ2数据集。

IJ2_region = cip.toIJ2( region* )

将图像转换为ImgLib2 IterableRegion。

输入

  • image* ：要转换的图像
  • region* ：要转换的区域或区域列表

输出

  • IJ2_image：数据集类型的图像
  • IJ2_region : 可迭代区域列表

尺寸

说明

搜索输入图像的像素大小

签名

pixelSize = cip.spacing( inputImage* )

输入

  • inputImage*：图像处理

输出

  • pixelSize ：表示沿着每个图像维度的输入图像像素大小的标量列表

单位

说明

搜索输入图像的单位

签名

units = cip.unit( inputImage* )

输入

  • inputImage* ：要处理的图像

输出

  • units ：表示沿着每个图像维度的输入图像单元的字符串列表

轴

说明

搜索输入图像的轴名称

签名

axesName = cip.axes( inputImage* )

输入

  • inputImage*：图像处理

输出

  • axesName ：表示沿着每个图像维度的输入图像轴名称的字符串列表

列表

说明

从对象列表创建Java对象列表的实用程序函数。

该函数是出于技术原因而创建的。在 Jython 中，将列表传递给 CIP 函数（即 java 函数）可能会被错误解释，从而导致出现问题。为了避免list(...)将对象列表转换为 java 对象列表。

＃＃签名

a list of scalar = cip.list( scalar1 , scalar2, ... )
a list of scalar = cip.list( [scalar1 , scalar2, ...] )

将标量列表转换为 java 标量列表

a list of scalar = cip.list( string1 , string2, ... )
a list of scalar = cip.list( [string1 , string2, ...] )

将字符串列表转换为 java 字符串列表

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