ImageJ2和Fiji取得了长足的进步;以下是对近代历史上一些最伟大成就的总结。
斐济(生命科学领域的ImageJ发行版)最明显的特征无疑是updater。两年前,更新程序的重要代码从斐济转移到ImageJ2。于是乎,当你呼吁Help › Update Fiji时,实际上是ImageJ2更新程序在履行她的职责。因果的原因:斐济和ImageJ2非常合作紧密(与Johannes Schindelin于2011年秋季加入) LOCI(ImageJ2的故乡)一致),很明显,ImageJ2扮演通用图像处理核心的角色,而斐济则支持生命科学。
在转换之后,许多潜在的错误被发现并修复,从而加强了更新程序。它还使我们能够提供一个非常酷的功能:个人更新网站。任何拥有斐济维基帐号(在本例中只是作为插件 ImageJ2 的便捷工具)的人都可以注册他们的个人更新网站,在该网站上他们甚至可以上传宏。通过将网站添加到list of update sites 页面上,每个 ImageJ2 用户(包括所有斐济用户;斐包括 ImageJ2!)都可以通过按更新程序中的“管理更新站点”按钮并选中相应站点的前面来关注该更新站点。就像斐济 wiki 和其他 ImageJ2 Web 资源一样,更新站点由 LOCI 的 Web 服务器提供服务。
更新站点列表见continued growth,我们鼓励使用它们,例如与书籍相关的宏或插件。如果用户能够轻松掌握论文的方法,那么它只会增强论文的影响力。
另一个非常重要的组件是launcher,它从 Fiji 转移到 ImageJ2 并在那里稳定下来。其目的是“神奇地”预先配置 Java 虚拟机;即,用户需要进行少量的配置。通常不需要配置,但会分配适当数量的 RAM、找到本机库、MacOSX 上的 Java3D 支持是最新的,所有这些都需要用户进行任何更改!该启动器确实非常有用,修改后不仅能够启动 Fiji和ImageJ2,还能够启动基本的ImageJ 1.x。
ImageJ2 项目注重一致性——如果您想在多个开发人员之间进行协作,这一点至关重要。这需要continuous integration server,其唯一目的是确保所有自动回归测试在最新的源代码修订上运行。同一服务器还确保ImageJ launcher is built适用于所有受支持的平台:Windows(32/64 位)、MacOSX(32/64 位,以及 PPC64)和Linux(32/64)位)。相同服务器也builds installers for the latest ImageJ 1.x releases,无论什么时候出来。
虽然我们显然大量资源来支持现有的 ImageJ 1.x 用户(出于同样的原因,我们试图保持 ImageJ2 的外观和感觉接近 ImageJ 1.x:性),但连续 ImageJ2 并没有被忽视!有关活动统计信息,请参阅ImageJ2 page on Ohloh。我们所有的源代码都是developed openly and collaboratively,使用重要的开源资源 GitHub。
除了支持ImageJ邮件列表上的用户之外,还提供大量开发人员支持,从而产生了强大的新插件,例如TrackMate(可扩展的跟踪框架)和BigDataViewer(用于大型数据集的多维查看器)。
两者都基于ImgLib2,即作为 ImageJ2 核心的数据处理库。你会看到,每当我们发现在 ImageJ2 中使用的组件对其他项目也有用时,我们可能会付出额外的努力来实现这一点。可以使用 ImgLib2,而不是使用 ImageJ。
正确看待 ImgLib2 的重要性:工业级数据挖掘环境KNIME开始support image processing是使用该库。这次在阿联酋合作引发了一场精彩的黑客马拉松,您很快就会听到1;-)。
,ImageJ2 的文件输入/层被抽象为一个名为§§2§§§的通用库。它不仅可以轻松地在 ImageJ 之外使用,同样开发还提供文件读取器和写入器,而修改为 SCIFIO。Bio-Formats包含在输出 SCIFIO 中,您可以读取/添加这些格式。轻松新格式。SCIFIO 甚至可以在 C++ 项目中使用,正如 ITK 对 SCIFIO 一样[results of which, 2] 的支持所证明的那样。 虽然我们在斐济的主要重点是支持生命科学家,使他们能够开发自己的软件(例如,通过提供video tutorials how to start developing plugins from scratch),但提供给计算机视觉专家的开发接口也同样重要。在行业标准Maven项目中提供所有斐济和ImageJ是我们实现这一目标的一种方法。MOSAIC group的更新站点可以作为计算机专家从这些努力中获得参考的一个例子。
我们也对灵活而强大的基础设施的关注在OpenSPIM项目中得到了特别好的回报:虽然硬件必须从头开始设计,但软件是基于斐济的Stephan Preibisch的multi-angle reconstruction plugins形式,而Micro-Manager则由——你猜对了——更新站点提供服务。OpenSPIM特定的扩展来自ImgLib2中匪浅,它促进了OpenSPIM设置运行后续的数据处理。
展望未来,2014年将是ImageJ2的重要一年:我们的目标是在夏季稳定发布ImageJ2核心,重点是与ImageJ 1.x开发的持续兼容和协调作用。我们将继续在此网站以及§§0§§§上发布更新,让社区了解ImageJ2和斐济的进展情况。