约翰内斯·辛德林
…参与了Fiji和ImageJ2项目,帮助编程、算法、教育科学家科学图像分析的要点、规划实验以及普遍鼓舞人们。
#关于斐济的小故事
这个故事与the island called “Fiji”无关。这个故事就是Fiji Is Just ImageJ的诞生。
开始
当我在first ImageJ conference遇见Albert Cardona时,很快就很明显我们不仅会成为好朋友,而且我们对迄今为止所做的工作都非常相互尊重。他最大的成就当然是TrakEM2,但他还研究过宏解释器(包括所谓的Command Line Interface,它是用于交互式宏评估的两窗格窗口),并且已经转向Jython作为编写 ImageJ 脚本的更强大方法。那时,我使用 ImageJ 的时间还没有很多,但我已经是 ImageJA 的维护者了。
这些年来,我们的接触越来越多,在Würzburg短暂会面,后来又在Janelia Research Campus的§§11§§§,在那里我们遇到了一群热心人士,他们都试图将神经科学与软件开发联系起来(即使我在场,文章也没有显示我的照片,因为他们是第二周就写了文章,当时我和雇主关系不太好,所以我只敢要求离开)一)。
在一场激动人心的黑客马拉松之后,您几乎总是需要喘口气几周。换句话说,你不再那么高效,如果你像我一样是工作狂,你就会陷入抑郁。
经常保持联系和聊天很有帮助。我经常这样做,尤其是与 Albert 一起,他不断改进 TrakEM2。他还不断地问我:“Johannes,你试过了吗?你会喜欢它的,它有很多功能!”
但我没有。
对我来说,问题不在于我没有时间。那时我有很多时间,因为当时我和老板之间有很多问题。不是因为他是坏人,也不是因为我不喜欢他。有时候,两个人只是互相说三道四,无论他们做什么,即使他们努力不这样做。我离题了。
问题是 TrakEM2 的设置似乎太乏味了。它需要一个数据库,而不仅仅是任何数据库。它必须是PostgreSQL,当时可能是我不熟悉的唯一流行数据库系统。 TrakEM2 还需要一堆 .jar 文件,您必须在开始之前安装这些文件。
最终,Albert 告诉我:“Johannes,我们需要 TrakEM2 的安装程序!”
我们在几周甚至几个月的时间里一直在讨论这个问题。在某个阶段,Albert 取消了 PostgreSQL 数据库的需求。如果您需要从多台计算机访问数据,它仍然是处理数据的最有效方法,但现在您还可以将中间数据存储在纯文件中。
最终,在 2007 年十二月的一个黑暗的一天(在苏格兰,十二月至是最黑暗的)我屈服了。
出于对工作的沮丧,我刚刚开始为 Windows 分发 Git,其中包括制作一个安装程序,所以我认为我可以很快地组装一个安装程序。
第一步是获取 ImageJ 和 TrakEM2 和 Java 的版本(我们 100% 确定我们需要随安装程序一起提供 Java,否则用户将遇到 Java 1.1.8 无法运行 Java 5 类的问题,更不用说以良好的速度运行)以在主要平台上运行:Windows、macOS 和 Linux。您可能不认为 Linux 是一个主要平台,但它曾经是、现在仍然是 Albert 和我正在使用的平台。
几天后,我向阿尔伯特展示了结果。到目前为止,还没有安装程序,但它是一个工作的“便携式应用程序”,即一个大的 .zip 文件,您可以解压,然后双击一个可执行文件,该可执行文件将在所有参数设置正确的情况下运行 Java。
到目前为止,还没有安装程序,但是嘿,也许我们再过三年就会得到一个……
惊喜
当我向阿尔伯特展示结果时,他似乎很高兴。至少他没有厌恶地逃跑。但我并没有从他那里听到太多关于斐济的信息,只是说他需要一种做出贡献的方式。
由于我大量参与了版本控制软件Git的开发(贡献了一两个有用的东西,例如配置处理、交互式 rebase、diffstat 代码、低级 3 路合并代码等),所以我很自然地将所有工作保存在 Git 存储库中。
但我没有公共场所可以放置它,让阿尔伯特可以访问它。 维尔茨堡有一台计算机——被亲切地称为“小飞象”,因为我们以一些电影角色命名了所有计算机,例如“史密斯特工”、“小飞象”,当然还有“小飞象”——它可以从外部访问,但它已经服务于“虚拟昆虫大脑协议”,并且只有 128MB RAM,这对于处理斐济大小的存储库来说太少了。
于是阿尔伯特让我访问了他的电脑。当时,在洛杉矶的 Volker Hartenstein 团队中,Volker 似乎同意在我的帮助下开发易于安装的 TrakEM2 的想法。
顺便说一句,这台计算机被称为“Instar”,但我不知道这是否只是因为它被用来开发东西(“Instar”是描述昆虫幼虫发育阶段的生物学术语)。
我继续致力于斐济的事情,甚至让它在 macOS 上运行,这是我的目标之一:我想支持所有主要平台。 Windows、macOS 和 Linux。 32 位和 64 位都有。无论您碰巧拥有哪个操作系统,软件都应该“Just Run”tm。
几周后,我对斐济感到相当满意,并考虑结束这个项目,因为我计划为谷歌工作。
我几乎不知道艾伯特向多少人讲述了这个项目。我认为它真正关注的是 TrakEM2,但正如 Albert 的座右铭是(或者至少在当时是)“天空是极限”,他告诉德累斯顿马克斯普朗克分子细胞生物学和遗传学研究所的一些人。抱歉标题太长,之前我总是将其称为“德累斯顿的马克斯普朗克”,但实际上有三个。 MPI-CBG 恰好是德累斯顿最大的一个。也许也是这个星球上最重要的马克斯·普朗克研究所之一。但抱歉,我离题了。
有一次阿尔伯特告诉我。显然,德累斯顿的好心人不仅对我们的小软件项目感兴趣,而且实际上很热情。他们非常热情,为我们提供了一个漂亮、有力的server,并提出组织hackathon来启动斐济作为一个更大的项目!
斐济不会放弃
待定