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启动器

Jaunch是用于启动Java和Python程序的本机应用程序，包括ImageJ和Fiji。

简介

启动器是一个本机执行文件，其目的是启动Java虚拟机（以及可选的Python）并在运行ImageJ 或 Fiji。

济斐从之前的ImageJ Launcher改为Jaunch in February 2025。Jaunch是一个现代的本机启动器，支持JVM和Python运行时，并具有基于TOML的灵活配置系统。

来源

Jaunch启动器源代码位于on GitHub中。

旧版ImageJ启动器源代码也保留在on GitHub中，但将不再更新。

目的

启动器为ImageJ应用程序提供了特定于平台的入口点。一个主要功能是通过在程序首次启动时处理待处理的更新来促进ImageJ Updater功能。

满足

相关支持选项的概述，请运行：

./fiji --help

此调用将通过 fiji shell 脚本（非 Windows）或 fiji.bat（在 Windows 上）调用正确的平台特定启动器执行文件（Linux x86-64 上的 §§2§§§、macOS Apple Silicon 上的 macos-arm64、Windows x86-64 上的 windows-x64 等）。

基本使用

基于 Jaunch 的启动器可以执行各种操作，例如：

  • 使用不同的内存量启动Fiji：./fiji --mem=4g
  • 运行macros and scripts in headless mode
  • 从命令行控制Updater：./fiji --update -图片打开：./fiji example.jpg
  • 调用脚本：./fiji example.py（适用于 Python、Jython、JRuby .rb、Beanshell .bsh、Clojure .clj 和 JavaScript .js）
  • 显示java但命令行正在运行 ImageJ：./fiji --dry-run
  • 运行自定义Java类的main()方法：./fiji --main-class=com.example.MyClass
  • 通过Java options：./fiji -server --（--之前的所有内容都被解释为Java选项）
  • 将斐济链接到路径：ln -s $(pwd)/fiji $HOME/bin/fiji && fiji
  • 启动斐济并直接运行菜单项：./fiji --run System_Clipboard（使用下划线代替空格引用）
  • 在脚本编辑器中编辑文件：./fiji --edit myscript.py

Python模式

Fiji 的 Jaunch 启动器支持在 Python 模式下运行，该模式使用 PyImageJ 启动器 Python 解释器：

  • 以Python模式启动：./fiji --python -设置默认为Python模式：编辑config/jaunch/fiji.cfg并设置launch-mode = 'PYTHON'

在 Python 模式下，Fiji 使用 PyImageJ 提供从 Python 无缝访问 ImageJ 功能的功能。

＃＃下载

该启动器与斐济捆绑销售。额外下载任何东西。

＃＃配置

启动配置

Fiji 的 Jaunch 启动器使用位于 config/jaunch/目录中的 TOML 配置文件：

  • config/jaunch/fiji.cfg - 用户配置文件（覆盖默认值）
  • config/jaunch/fiji.toml - 主要斐济配置（斐济特定的启动器行为）
  • config/jaunch/jvm.toml - JVM 程序的配置
  • config/jaunch/python.toml - Python 程序的配置
  • config/jaunch/common.toml - 基础配置默认值

示例 fiji.cfg

创建或编辑config/jaunch/fiji.cfg以自定义您的斐济安装：

# Fiji user configuration

# Set maximum heap size (default: 75% of available RAM)
max-heap = '8g'

# Set default launch mode: 'JVM' or 'PYTHON'
launch-mode = 'JVM'

在程序 GUI 中：

  • 您可以通过Edit › Options › Python…对话框编辑max-heap值。
  • 您可以使用 Edit › Options › Memory and Threads…对话框在 JVM 和 Python 之间切换launch-mode，以及python-dir。

可用的配置选项

  • max-heap - 最大 JVM 堆大小（例如，'4g'、'75%'、'50%'）
  • launch-mode - 默认运行时间模式：'JVM' 或 'PYTHON'
  • python-dir - 自定义Python环境目录

旧版ImageJ.cfg（ImageJ启动器）

对于使用旧版 ImageJ Launcher 的旧版本 Fiji 和 ImageJ，可以通过 ImageJ.cfg 完成配置：

# ImageJ startup properties
maxheap.mb = 1024
jvmargs = -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError -Xincgc
legacy.mode = false

注意：旧版 ImageJ.cfg 文件需要第一个“# ImageJ 启动属性”注释行。

Java 选项

传递Java选项

您可以传递Java虚拟机选项来自定义运行时行为。

在命令行上输入Java选项时，可以使用--分区符来消除程序参数中启动器和JVM选项的歧义：

# Pass a single launcher option (no double-dash required):
./ImageJ-linux64 --mem=4g

# Pass a single Java option (with double-dash disambiguation):
./ImageJ-linux64 -Xms2g --

# Pass both launcher and Java options (with disambiguation):
./ImageJ-linux64 --mem=4g -XX:+UseG1GC --

# Pass program arguments (no disambiguation):
./ImageJ-linux64 --run script.groovy

# Pass both launcher options, Java options and program arguments (with disambiguation):
./ImageJ-linux64 --mem=4g -Xms2g -- --run script.groovy

Launcher options (like --mem, --update, --python) and JVM options (like -Xmx, -XX:+UseG1GC) both go before the -- separator. Arguments to the program itself, such as files to open at startup, go after the --.

Jaunch makes a best effort to classify each argument as launcher option, JVM option, or program argument, even without the -- being present, so in most cases you won’t need it. But if Jaunch misclassifies any of your arguments, you can use it to correct the issue.

常见 Java 选项

以下是您可能需要调整一些常见的与内存相关的选项：

  • -Xms 和-Xmx 设置堆的最小和最大大小。使用这些标志，如 -Xmx8g (8 GB) 或 -Xmx512m (512 MB) 可以。同时设置另一种可以提高启动性能，因为堆不需要逐渐增长。或者对于最大堆，您使用 --mem 选项：--mem=8g。
  • -XX:+UseG1GC启用G1垃圾收集器，对于大堆（>4GB）效果更好。斐济默认启用此功能，除非您通过--default-gc。
  • -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError在内存不足时创建堆转储文件，对于调试内存问题很有用。

还有一些用于记录跑步时间信息的基本标志：

  • -verbose:gc 记录垃圾收集器及其运行所花费的时间。我通常使用它作为我的第一个工具来调查 GC 是否给应用程序带来了限制。
  • -Xprof低开放影响采样分析器。我曾有热点工程师建议我“不要使用这个”，但我仍然认为它是寻找障碍的一个不错的（非常生硬）工具。只是尽管不要将结果仅仅用于指导。
  • -Xrunhprof打开影响力的仪器分析器。没有额外参数的默认调用记录对象分配和高分配站点，这用于创建过多的对象高度用。-Xrunhprof:cpu=times检测JVM中的所有Java代码并调用记录所占用的实际CPU时间。

示例

以下是基于 Headius’s blog 的建议的一些示例：

示例 1：设置堆大小和垃圾收集器

# Using Jaunch (Fiji 2.15.0+):
./fiji --mem=4g --gc-g1

# Or with the old ImageJ Launcher:
./ImageJ-linux64 -Xms4g -Xmx4g -XX:+UseG1GC --

G1垃圾收集器适用于大型堆，提供比默认收集器更短的暂停时间。

示例 2：启动时运行宏

./fiji --mem=4g -- -eval "open('/path/to/project.xml');"

示例 3：以自定义堆大小的 Python 模式启动

./fiji --python --mem=8g

这将使用 PyImageJ 以 Python 模式启动 Fiji，JVM 的堆大小为 8GB。

示例4： 启用调试代理

./fiji --debugger=8010

要连接调试器，请使用 jdb 或 IDE 的调试器端口 8010：

jdb -attach 8010

请参阅第 inspect the state of threads 中使用 jdb 的示例。这对于挂起线程、打印堆栈跟踪和检查线程状态（睡眠、等待、死锁等）很有用。

示例 5：创建启动脚本

您可以创建一个 shell 脚本来组合多个选项：

#!/bin/bash
/path/to/Fiji/fiji \
  --mem=8g --gc-g1 \
  --debugger=8010 \
  -- "$@"

-- "$@"将任何脚本成分成分到斐济。

高级 Java 选项

为了进行高级调整，您可能需要调整 JVM 的级别设置：

####收集垃圾调整

  • -XX:+UseParallelGC - 玩具垃圾收集器（有利于货物）
  • -XX:+UseG1GC - G1垃圾收集器（适合大堆，暂停时间短） - 斐济的默认设置
  • -XX:+UseZGC - Z 垃圾收集器（超低暂停时间，Java 11+）
  • -XX:NewRatio=# - 设置堆中“新”代与“旧”代的比例

有关更多详细信息，请参阅 Oracle 的Java HotSpot Virtual Machine Garbage Collection Tuning Guide。

内存调整

  • -XX:MaxMetaspaceSize=###M - 最大元空间大小（在 Java 8+ 中替换 PermGen）
  • -XX:+UseCompressedOops - 使用压缩指针（减少 64 位 JVM 上的内存开销）

日志记录和诊断

  • -XX:+PrintCompilation - 打印 JIT 编译器编译的每个方法
  • -Xlog:gc* - 详细的垃圾收集日志记录（Java 9+）
  • -XX:+TraceClassLoading / -XX:+TraceClassUnloading - 跟踪类加载/卸载
  • -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError - 在OOM错误时生成堆转储
  • -XX:HeapDumpPath=/path/to/dumps - 指定堆转储的位置

####性能调整（诊断模式）

有些选项需要-XX:+UnlockDiagnosticVMOptions：

  • -XX:+LogCompilation - 详细的JIT编译日志记录
  • -XX:CompileThreshold=# - JIT 编译之前的方法调用
  • -XX:MaxInlineSize=# - 内联的最大方法大小（默认值：35 字节）

对于深入的性能分析，请考虑使用现代分析工具，例如：

斐济特定启动器选项

Fiji 的 Jaunch 启动器提供了多种适合 Fiji 需求的选项：

内存管理

  • --mem=<size> - 设置最大堆大小（例如，--mem=8g、--mem=75%）
  • --gc-g1 - 启用优化设置的 G1 垃圾收集器
  • --default-gc - 取消自动 G1 GC 配置
  • --debug-gc - 显示详细的垃圾收集信息

###运行时间选择

  • --python - 在Python模式下启动使用PyImageJ
  • --no-python - 强制仅 JVM 模式（禁用 Python）

日志记录和调试

  • --info - 启用信息记录
  • --debug - 启用调试日志记录
  • --dry-run - 显示启动命令而不执行

###用户界面

  • --no-splash - 抑制启动画面
  • --headless - 在headless模式下运行（完全不使用屏幕）

开发选项

  • --jdb - 在 Java 调试器 (jdb) 中启动

插件和更新管理

  • --plugins=<dir> - 使用自定义插件目录
  • --update - 启动命令行更新程序

运行命令

  • --run <plugin> [<arg>] - 使用可选参数运行特定插件
  • --edit [<file>...] - 在脚本编辑器中打开文件
  • --main-class=<class> - 跑步习惯主类不是斐济

Jaunch 架构

Jaunch使用两级架构：

  1. Native Launcher（C执行文件）-查找和加载运行时库的最小本机代码
  2. 配置器 (Kotlin Native) - 处理复杂的配置逻辑，处理 TOML 配置文件并生成启动指令

这种分离使本机启动器保持较小且可维护，同时通过TOML文件提供增强的配置。配置器作为子进程运行并输出本机启动器执行的指令。

配置文件

斐济的Jaunch配置组织如下：

  • config/jaunch/fiji.toml - 主要斐济配置（包括 jvm.toml 和 python.toml）
  • config/jaunch/jvm.toml - JVM 特定设置
  • config/jaunch/python.toml - Python 特定设置
  • config/jaunch/common.toml - 基本 Jaunch 配置
  • config/jaunch/fiji.cfg - 用户覆盖（TOML 格式）

有关 Jaunch 的更多信息，请参阅Jaunch documentation。