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TrakEM2 教程

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从串口部分进行3D重建的视频教程

TrakEM2 基本配方的视频教程

TrakEM2 basic tutorial

这是basic tutorial for TrakEM2如果您是 TrakEM2 新手,请先观看 this tutorial。它包括:

  • 导入图像堆栈。
  • 使用颜色叠加和仿射转换手动注册堆栈切片。
  • 为您的架构定义模板树结构。
  • 将细胞分割成多个部分。
  • 3D可视化。

##涉及在3D中多个部分分割/勾画对象对象的视频教程

TrakEM2 brushing This mp4 video tutorial was made by Albert Cardona. To visualize it, you need a mp4 player. It covers:

  • 如何使用具有“区域列表”分区类型的PEN工具(密集区域、淹没洪水、洪水、洪水布局)。
  • 如何使用ROI(选择和freeroi等)来编辑“区域列表”。

另请参见key bindings for AreaList列表。

关于景观部分的视频教程

TrakEM2 align sections tutorial

This video tutorial专注于:

-自动注册部分。

  • 选择特征提取参数。

另请寻求全部提取和翻译parameters explained

手动分割模式视频教程

TrakEM2 manual segmentation modes

Tutorial on how to manually segment cells using the 3 segmentation modes

重叠
多个区域列表可以在空间中共存(正常模式;区域列表是独立的)。

解决方案
在区域列表中绘制时,允许在任何其他现有区域列表上进行绘制。

概览
在区域列表中绘制时,在当前区域中绘制,但保留任何其他区域列表。

半自动分割视频教程

TrakEM2 semi-automatic segmentation

this video tutorial中,您将学习:

  • 如何一键组成单元格。
  • TrakEM2 中的快速行进方法工具。
  • 选择分割参数。

测量转子和体积的视频教程

TrakEM2 measuring surfaces and volumes

this video tutorial中,您将学习如何:

  • 从 TrakEM2 项目对象中提取信息。
  • 将测量结果保存到文件中。

另请参阅 TrakEM2 手册中的 AreaList measurements 以及附图。

关于现有项目添加部分/图层的视频教程

TrakEM2 adding layers to existing project

Here您将学习如何:

  • 在斐济将图像序列打开为虚拟堆栈。
  • 调整虚拟堆栈。
  • 将虚拟堆栈作为层(部分)序列导入TrakEM2,每层一个图像。

在本教程中,将按照现有的一组图层导入图层,即连接到扩大部分的集合。

保存项目的视频教程

TrakEM2 saving a project