TrackMate 版本历史

此页面已弃用！ Starting v5.1.0, please look at the gihub page for TrackMate releases: https://github.com/fiji/plugins/trackmate/releases 此页面包含 TrackMate 插件的版本历史记录。这里没有提到错误修复，并且没有获得自己的版本号。

10/05/2012 - v.1.0

初次发布

2012 年 5 月 22 日 - v1.1

• TrackScheme可以改变显示风格。
• 停用 TrackScheme 中的折叠分支，因为它不起作用。
• 修复加载不可见曲目时的错误。

13/06/2012 - v1.2

• 仅在处理间隙闭合时，LAP 跟踪器的内存管理和速度改进要好得多。
• 将“快速圈数跟踪器”和“简单快速圈数跟踪器”重命名为“圈数跟踪器”和“简单圈数跟踪器”。还删除了旧的“LAP 跟踪器”和“简单 LAP 跟踪器”。它们给出相同的结果，但速度慢得多。
• 用简单的轨道导出器替换了 ISBI 挑战导出器。
• 新动作：沿轨道捕捉点图像。

2013 年 2 月 25 日 - v2.0.0

Major update：

• TrackMate 现在在内部使用ImgLib2，因此已准备好移至ImageJ2。
• TrackMate 现在计算边缘特征（在点和轨道特征之上）。这些功能可以立即测量速度、位移等……
• 可以使用不同的轨道或边缘功能在 Hyperstack 显示器、3D 查看器和 TrackScheme 中对轨道进行着色。
• 所有点、边缘和轨道特征均自动计算并保持同步，即使与手动修改也是如此。
• 所有点、边缘和轨迹特征均保存在 XML 文件中。
• 所有点、边缘和轨迹特征都可以导出为 ImageJ 结果表。然后它们可以导出到文本文件，可以用 Excel 读取。 （请注意，该插件的作者并不认为 Excel 是科学分析的合适解决方案，并推荐更专业的解决方案。）
• 借助专用的 GUI 面板，所有点、边缘和轨迹特征都可以绘制为专门的图形。
• 可以在 TrackScheme 中命名曲目。这些名称用于按轨道的字母数字顺序排列轨道。要更改轨道的名称，只需在 TrackScheme 视图中双击其当前名称即可。
• 从现在开始，我们使用 semantic versioning 表示版本号。有关向后不兼容更改的规则（如下所述）需要进行主要版本更改。但是，我们保留仅在对用户存在向后不兼容更改时进行主要号码更改的权利。 API 更改可能不会触发主要版本更改。
• XML 文件格式已更改，因此主要版本之间不再兼容。但是，可以在 v2.0.0 中导入使用先前版本 (v1.2) 生成的 XML 文件。并即时转换。
• 在线性分配问题跟踪器（LAP 跟踪器和简单 LAP 跟踪器）中，桥接间隙的时间间隔在帧间隔而不是时间间隔中指定。
• 在 LAP 跟踪器中，分割和合并事件的检测仅限于两个连续帧。
• 斑点形态分析仪被禁用。
• 删除了光斑强度峰度、偏度和方差特征。
• LAP 跟踪器中更好的内存管理：如果轨道不分支，则跟踪大量点将消耗更少的内存。
• 显着加快大型 xml 文件的加载速度。
• 执行繁重计算时更好的 GUI 刷新。
• 所有主要操作现在都是多线程的，特别是计算点、边缘和轨道功能。
• TrackScheme 中的轨道布局现在是确定性的：分支时，使用分支中第一个点的名称从左到右对分支进行排序。
• 手动添加的点会添加到 TrackScheme live 的专用栏中，以方便手动跟踪。
• 在 TrackScheme 中，添加了菜单项以从当前选择的时间向下或向上选择曲目。
• 在 TrackScheme 中，选择表可以导出为 ImageJ 结果表。
• TrackScheme 中更好的轨道布局，可实现树状结构。
• 改进了多个轨道分析器的性能。
• 全键盘导航。
• GUI 中显示的过滤器面板可以通过键盘输入阈值：将焦点设置到直方图面板（按 Tab 直到阈值以深红色而不是橙色显示，或单击面板），然后键入一个数字 - 可能是小数，等待 1 秒。您还可以使用箭头键将其更改 10%（左/右）或将其设置为最大值或最小值（上/下）。
• 修复 LoG 检测器中的一个令人讨厌且危险的错误：我们没有将滤波器 sigma 转换为像素坐标，根据输入的空间校准产生不同的滤波器强度，即使用户指定的半径相同。艾莉森·十二树指出，这产生了点坐标的奇怪现象。
• 修复了导致 GUI 在初始过滤步骤后经常挂起的错误。
• 修复了在 3D 查看器中渲染轨迹时的错误：过滤掉的轨迹无论如何都会显示。大卫·梅森注意到了。
• 修复了导致 TrackScheme 和 XML 文件有时收到空曲目的错误。
• 许多小错误修复。

  15/03/2013 - v2.0.1

• 修复了 Jan Brocher 注意到的一个错误，该错误导致在某些情况下无法正确检测到轨道分割和合并事件。

2013 年 3 月 22 日 - v2.0.2

• 修复了使用 3D 显示器时无法选择边缘的错误。
• 修复了导致某些地点无法显示在 TrackScheme 侧表中的错误。
• 修复了阻止读取 v2.0.0 xml 文件的错误。
• 修复了当帧中没有点时 3D 查看器崩溃的错误。
• 稍微优化了 3D 查看器的启动。

2013 年 5 月 6 日 - v2.0.4

• 修复了 Tobias Pietzsch 注意到的 GUI 错误。

2013 年 5 月 8 日 - v2.1.0

• 对核心轨迹模型进行重大重写，以在手动编辑非常大的数据集时实现更好的性能。您现在可以交互式地编辑大型数据集，而 GUI 不会变得太慢。
• 您现在可以在将其应用于整个数据之前预览当前帧的检测参数。
• 检测步骤现在可以在 GUI 中中断。单击取消按钮将正常中断检测过程，并产生迄今为止找到的点。以后就可以正常使用了。
• HyperStack 查看器和编辑器现在有一个配置面板，其中有一个日志窗口和一些用于手动注释的工具。
• 半自动跟踪：选择一个（或多个）地点，TrackMate 将找到其最有可能的继任者。
• 重新设计 TrackScheme。即使在大型数据集上，TrackScheme 现在的启动速度也提高了约 40 倍。默认情况下它使用“简单”风格，并且可以打开/关闭小缩略图的更新。 -“加载”按钮已从 GUI 中删除。 TrackMate 文件可以从Plugins › Tracking › Manual tracking with TrackMate菜单项加载。
• 这里是一个新的 Plugins › Tracking › Load a TrackMate file 菜单项，它启动了另一个用于手动编辑的 GUI。
• XML 文件格式已更改，以包含更多数据，并在其他软件中实现更好的可分离性和重用性。然而，向后兼容的加载器可以确保对 TrackMate 1.2 以上版本生成的文件进行加载和即时转换。
• 更好的配色方案。所有视图都共享一个独特的配色方案。
• GUI 现在可以调整大小。
• “区域设置”问题导致无法在依赖于点以外的其他小数分隔符的系统上正确输入数字特征。 TrackMate 现在强制在所有语言环境中使用点作为小数分隔符。 但是仍然有报告称这在具有异国情调（即非点作为小数分隔符）区域设置的Windows计算机上失败。
• 许多其他错误修复。

2013 年 10 月 30 日 - v2.1.1

• 修复了因与 imglib2 新组件冲突而产生的错误。该修复涉及 imglib2 和 TrackMate 方面的工作，并得益于 Curtis Rueden 和 Johannes Schindelin 的关注和汗水。

19/03/2014 - v2.2.0

• 跟踪性能的重大改进**：LAP 跟踪器现在基于 Jonker-Volgenant 求解器，其性能比我们之前使用的 Munkres-Kuhn 更好。我们的初步测试报告称，这个新版本的运行速度提高了 2 到 4 倍。
• LoG 检测器中发现了一个主要问题：由于严重的舍入误差，LoG 检测器的行为并不像真正的 LoG 检测器，这严重阻碍了其准确性和效力。问题现已解决，检测器的准确性已大大提高。现在，使用此检测器时，您应该观察到更好的结果：杂散斑点更少、斑点尺寸灵敏度更好、对微弱斑点的灵敏度更好。另一方面，DoG 探测器现在可以更好地处理图像边缘的斑点。当然，与v2.1.1相比，结果会有所不同。
• 我们还借此机会使用ImgLib2中的最新进展从头开始重写所有探测器。这促使检测过程的性能得到重大改进。
• 完全重写我们在 TrackMate 中处理模块的方式。 TrackMate 现在使用 SciJava 并利用其模块自动发现机制。实际上，现在扩展 TrackMate 非常容易，而且您在任何事情上都不再依赖我们。我们可能会完全消失，您仍然可以扩展 TrackMate 以满足您的需求，而不需要我们的任何帮助。几个 tutorials 描述了如何做到这一点。这得益于 SciJava 团队的巨大努力。感谢他们！
• 在TrackScheme中，可以使用键盘来导航曲目：
  • UP: previous spot in time.
  • DOWN: next spot in time.
  • LEFT: next sibling within the same track
  • RIGHT: previous sibling within the same track
  • PAGE-DOWN: jump to next track, same frame
  • PAGE-UP: jump to previous track, same frame
• 在大型模型上启动TrackScheme时的重大性能改进。
• 在TrackScheme中选择/取消选择时的主要性能改进
• 3D 查看器现在与手动修改同步。对模型所做的任何编辑都会立即在 3D 查看器上回显。这是有代价的：3D 查看器无法有效地用于非常大的模型。
• 用户现在可以定义绘图深度显示设置，该设置限制我们绘制模型的 Z 切片数量。这对于非常厚的样本很有用，因为所有 Z 上的所有数据的绘制可能会变得混乱。
• 对于大型模型，主视图上的轨迹显示进行了小幅改进。
• 提供 MATLAB 功能，以将 TrackMate 导出的轨迹导入到 MATLAB 中。检查this。
• 如果用户向 TrackMate 提供的堆栈没有大量 Z 切片的时间点，则警告用户。这是我们收到不相关错误报告的主要原因之一：默认情况下，ImageJ 认为多图像文件始终由 1 个时间点和许多 Z 切片组成。而用户则想向 TrackMate 提供一段由多个 2D 飞机随时间拍摄而成的电影。我们现在警告用户，图像中存储的维度可能不是他们期望的维度。
• 微调多线程。在此版本之前，TrackMate 在检测过程中通过以下方式进行多线程处理：我们在尽可能多的线程上运行检测过程，并且使用 1 个线程处理每个帧。如果我们有大量线程，但帧数很少（例如 1 帧，24 个线程），则这不是最佳选择。此版本修复了这个问题：如果我们有 10 个线程和 15 个帧要处理，我们会一次处理 10 个帧，并为每帧分配 1 个线程。但是，如果我们有 10 个线程和 2 个帧，我们会同时处理 2 个帧，并且如果可以的话，为每帧分配 5 个线程。当然，要实现这一点，检测器必须是多线程的，我们现在发布的检测器就是这种情况。
• TrackMate 现在可以加载部分 TrackMate 文件，并且仍然显示它可以检索的所有信息，而不是生成错误并退出。如果您有包含模型部分但不包含设置部分的文件，这非常有用。
• 改进了加载文件时的用户消息传递。
• 点可以根据它们所属轨道的特征来着色。
• 对大型模型的点、边缘和轨迹着色的内存管理稍好。
• 计算直方图时 GUI 不会冻结。
• 修复了 DoG 探测器的一个重大错误，导致无法将其与 ROI 一起使用。
• 修复了使用 3D 查看器作为 TrackMate 主视图时触发的小警告。
• 在 GUI 中向后导航时，模型会在合理时被清除。这样做是为了避免“幽灵”结果漂浮在未处理的图像上。
• 修复了 TrackScheme 中缩放和装饰的多个问题。修复了导致简单样式和某些缩放级别的滑块消失的错误。缩放现在应该更加高效，并提供更多缩放级别。

2014 年 2 月 6 日 - v2.3.0

• 可以手动为斑点和边缘着色。属性颜色是从 XML 中保存和检索的。要使用它，请在 TrackScheme 中选择几个单元格，然后右键单击以显示上下文菜单：
• 现在有一个操作可以导出到 Icy 轨道管理器。它生成一个可以在Icy track manager中打开的 XML 文件。
• 冰冷的 XML 轨迹文件可以在 TrackMate 中打开。只需将 TrackMate 加载器插件指向此类文件，系统就会检测到其类型并在 TrackMate 中将其打开。我们要对 Fabrice de Chaumont 在开发这两个功能方面提供的帮助表示感谢。
• 一项新操作允许将两个 TrackMate 文件合并为一个。
• 现在可以手动调整用于显示彩色轨道、链接和点的色标。在 GUI 的显示面板中，双击标签“颜色依据”，将打开一个设置窗口，允许用户在手动或自动缩放之间进行选择。这对于生成数据集之间具有可比性的视图非常有用。此功能是由神户大学 Fumio Hayashi 委托提供的。
• TrackScheme 的信息窗格中的表格显示完整的地点名称。
• 自动链接模式允许及时创建向后链接。
• 两个新的轨道特征分析器允许按点质量或最长间隙过滤轨道。
• 修复使用不同于美国语言环境的计算机上的数字输入的潜在（并且可能长期存在）错误。
• 放回被遗忘的手动追踪器。
• 保存并检索 XML 文件中使用的跟踪器。
• 修复了指定 ROI 的点超出源图像边界时触发的崩溃问题。
• 修复了使用未从磁盘加载的源图像进行保存时的崩溃问题。
• 保存未配置的探测器或跟踪器时不会崩溃。
• 许多其他错误修复。

2014 年 7 月 7 日 - v2.4.0

• TrackScheme 现在有一个大纲面板，可用于在大型模型中导航。
• TrackScheme 对于具有合并和拆分事件的轨道具有更好的布局。
• 探测器配置面板上的“刷新”按钮不再存在。现在质量值与像素强度根本不匹配，这令人困惑且无用。
• TrackMate 拥有新徽标和图标，由 Agnieszka Kawska @ IlluScientia 制作。 http://www.illuscientia.com/
• 修复了“复制覆盖”操作的几个问题。
• 修复了创建具有不可见轨道的链接时发生的严重 TrackScheme 错误。
• 修复了运行预览检测且发现 0 个点时检测器崩溃的问题。

2014 年 8 月 27 日 - v2.5.0

• 完全重写 LAP（简单和不简单）跟踪器，利用跟踪问题的稀疏结构。这对内存使用和速度性能有重大影响。由于结果并不完全相同，旧版本的 LAP 跟踪器仍然存在。
• TrackScheme 现在有一个搜索框，可以将视图集中在名称匹配的地点上。
• TrackScheme 主面板具有适当的行标题和列标题，即使滚动远离边框也能保持可见。
• 举例说明基于分支的分析的新操作。

2014 年 9 月 25 日 - v2.5.1

• 修复了手动跟踪插件的几个问题。文件保存时缺少信息，重新加载时会生成警告。
• 修复了半自动跟踪器的错误，没有将正确的时间功能放置到找到的位置。
• GUI 可调整大小，以避免在多个不同操作系统上使用 TrackMate 时出现意外情况。
• 以更好的方式格式化浮点数的显示。
• 调整 TrackScheme 的工具栏。

2014 年 10 月 23 日 - v2.5.2

• 修复稀疏 LAP 跟踪器中的错误。
• 修复轨道点质量特征分析器。

2014 年 10 月 23 日 - v2.5.3

• 修复稀疏 LAP 跟踪器中的另一个错误。
• 修复了在跟踪器配置状态下加载时的错误。

2014 年 5 月 11 日 - v2.5.4

• 绘制点要素时，仅包括可见轨迹中的点。
• 修复了阻止保存 XML 文件的错误。

2014 年 12 月 22 日 - v2.6.3

由于斐济在此版本与上一个版本之间发生的 big update 事件，TrackMate 版本增加了几个增量。尽管如此，还是发布了一些小错误修复和改进。

• 在导出表中，点和链接按轨道排序，然后按帧排序。
• TrackMate 现在可处理 1D 图像：由单行或单列帧组成的图像序列。
• 修复了在同一斐济会话中两次启动手动跟踪插件时导致关闭行为的错误。
• 半自动跟踪器有一个新参数，可限制其处理的帧数。
• TrackScheme：当徘徊在行或列标题上时，工具提示会显示轨道名称和帧。这是为了改善未缩放时的方向。
• TrackScheme：更改侧面工具栏中组件的顺序。

2015 年 7 月 1 日 - v2.6.4

• 修复了取消选择地点时 TrackScheme 中的错误。

2015 年 9 月 1 日 - v2.6.5

• 在呈现没有元数据的图像时设置一些合理的默认值。

2015 年 1 月 26 日 - v2.7.1

• 添加新的跟踪算法：the linear motion LAP tracker。

2015 年 1 月 26 日 - v2.7.2

• 修复了 Ronny Sczech 注意到的线性运动圈数跟踪器中的错误。该错误导致线性跟踪器在某些情况下崩溃。

19-03-2015 - v2.7.3

• 修复了由一些人注意到的 imglib2 算法最近的变化引起的错误，该错误阻止了任何点特征的计算。

2015 年 6 月 23 日 - v2.7.4

• 修复了 imglib 中错误修复的错误，该错误导致运行检测步骤时死线程累积。由 @hadim、@dietzc 和 @tpietzsch 注意到并修复。

2015 年 10 月 27 日 - v2.8.0

• 贡献的模块。
  • Ronny Sczech linear tracker and batch modules.
  • Thorsten Wagner Find maxima detector.
  • Benoit Lombardo analyzers.
• 改进。
  • Faster track rendering.
  • The ROI edit tool.
  • The Block LoG detector.
  • TrackMate honors ImageJ thread configuration.
  • TrackScheme acknowledges the spot radius setting when capturing thumbnails.
  • The Extract track stack action improved.
  • A new action to prune filtered out data.
  • The Quality value reported by the LoG detector is now sensible.
• 错误修复。
  • Fix the accuracy problem in sub-pixel localization.
  • Fix the huge delay when manually adding a spot to large models.
  • The median filter was crashing TrackMate for 3D images.

    2015年7月11日 - v2.8.1

• 修复了在 Windows 平台上显示轨迹的重大问题。

2016年3月24日 - v3.0.1

这个主要版本的变化仅反映了 TrackMate API 的最新变化，部分原因是斐济生态系统发起了彻底改革。新功能和错误修复很少，此版本主要用于依赖 TrackMate 的项目。

改进。

• 在多C图像的情况下，半自动跟踪器现在可以检测当前所选通道中的点。
• TrackScheme 中的最多也取自当前选定的通道。
• 现在有阶段时间浏览（“à la MaMuT”）：按“F”和“G”通过跳转到帧来及时移动，帧之间的间隔是在 TrackMate 的 Spot 编辑工具中设置的数字（双击 ImageJ 工具左侧的图标）。
• TrackMate 现在在进行手动编辑时更详细。

修复。

• 较小的可用性修复。

变化。

• 3D 查看器再次运行，至少（截至今天）在 Windows 平台上如此。在 Mac 上，时间悬浮失效，尝试交互会导致斐济崩溃。
• 另外，为了保持3D查看器整洁，它不会与模型上的手动编辑保持同步。它显示模型发布时的快照。目前为止还不能正常使用，所以我们正式取消了这个功能。

2016年3月31日 - v3.1.0

改进：

• 添加导出所有可视点统计数据的操作，无论它们是否属于轨道。
• 新的显示模式：仅显示选择。 该轨道显示模式仅显示当前选择的内容，包括点和边界。它可以在GUI面板的“配置视图”中使用称为“仅选择”的特殊轨道显示模式进行访问。

注意：这里修改模式下仍然可以编辑选择模型的内容。当然，TrackScheme 会忽略轨道显示模式，然后可以使用 TrackScheme 来此模式下的选择。

变化：

• 加载TrackMate文件时，我们确实不会自动重新启动TrackScheme。

12/04/2016 - v3.2.0

• 现在可以从 IJ 宏调用 TrackMate。

，只能使用 TrackMate 功能的子集。目前，只能使用 LoG 检测器和 Simple LAP 跟踪器。但例如，您可以使用以下语法调用 TrackMate： run(‘TrackMate’, “use_gui=false “ + “save_to=[/Users/tinevez/Desktop/plugins/trackmateSaveTest.xml] “ + “export_to=[/Users/tinevez/Desktop/plugins/trackmateExportTest.xml] “ + “display_results=true “ + “radius=2.5 “ + “threshold=50.1 “ + “subpixel=false “ + “median=false “ + “channel=1 “ + “max_frame_gap=0” ) 如果您需要其他监听和跟踪器，您现在必须依赖Python。 Scripting_TrackMate

• 演示 TrackScheme 改进：
  • The row and column headers are now properly displayed and resized when zooming.
  • TrackScheme can be navigated with the keyboard:
    • The numeric keypad is used to pan around.
    • +/- zoom in/out.
  • Better navigation with mouse:
    • Hold space and drag to pan, as in ImageJ.
    • Hold space + mousewheel to zoom in/ out.

      2017年3月23日 - v3.5.0

• 重新计算特征操作现在重新计算所有特征。

如果提供了控制器实例，则使用GUI中声明的分析器来重新计算功能。如果在添加新功能分析器之前保存了文件，这非常有用。

• 图形用户界面调整。

• 允许对具有不连续 ShapeRoi 的图像进行点检测。 如果当前 ROI 是 ij.gui.ShapeRoi，我们使用它来过滤每帧中的点检测。对于其他情况，我们保留 settings.polygon 以实现向后兼容性。由扬·埃格林格贡献。

• 从 Jenkins 切换到 Travis CI。

作者：柯蒂斯·鲁登。

• 提取堆栈操作可以捕获3D堆栈。

• 修复卡尔曼跟踪器第一帧为空的错误。 如果前两帧包含零点，卡尔曼跟踪器无法处理。哈德里安·玛丽指出。

• 修复非常大图像的不正确图像工厂。

克里斯蒂安·蒂舍尔指出。

2018年6月25日 - v3.8.0

• 正如@ctrueden所建议的：不要使用java.awt.Robot进行捕获，而是直接相当于到BufferedImage中。现在，捕获速度更快（与绘画一样快，消耗等待）、更清晰，而且代码行数也更少。它非常完美，我想知道为什么我以前想不到这一点。
• 正确设置校准，即使这是一次捕获。
• 并给小鬼一个更好的头衔。

  06/09/2019 - v4.0.1

• 在脚本中正确使用ManualDetectorFactory：不会崩溃，也不会删除现有点。
• 在 GUI 上显示真实的插件版本。它显示的是 3.8.0，但我们在 4.0.0 上呆了很长一段时间。