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2013-02-25 - TrackMate v2.0.0 发布

我们刚刚发布了 TrackMate_ 的新主要版本,我们的框架用于执行类似的浮动结构的自动和手动跟踪。

最明显的变化涉及数据导出和基本分析、用户界面、性能改进……此版本中没有新的跟踪和检测算法。尽管如此,我们还是希望您会喜欢这个全新的版本。

我们要感谢我们联系进行候选版本测试的用户,以及他们极大地促进了此版本的发布。

自2012年6月起:

自 v1.2 以来的变更日志

此版本中的大部分更改都是针对开发人员的,不会显示在下面的文本中,该文本仅列出了对可见的用户更改。

####亮点

  • TrackMate 现在在内部使用ImgLib2,因此已准备好移至ImageJ2
  • TrackMate现在正在计算边缘特征(在点和轨道上方特征)。这些功能可以立即测量速度、地质等……
  • 可以使用不同的轨道或边缘功能在Hyperstack显示器、3D检查器和TrackScheme中对轨道进行着色。

/media/news/trackmate-edgecoloring.png

-所有点、边缘和轨道特征均自动计算并保持同步,即使与手动修改也如此。

  • 所有点、边缘和统计特征均保存在XML文件中。
  • 所有点、边缘和数学特征都可以导出为ImageJ结果表。然后它们可以导出到文本文件,可以用Excel读取。(请注意,该插件的作者并不认为Excel是科学分析的合适解决方案,并推荐更专业的解决方案。)

TrackMate Analysis Button

  • 借助专用的 GUI 面板,所有点、边缘和测量特征都可以作为专用的图形。

/media/news/trackmate-grapherpanel.png

  • 可以在 TrackScheme 中命名曲目。这些名称用于按轨道的字母数字顺序排列轨道。要更改轨道的名称,只需在 TrackScheme 视图中下方其当前名称即可。
  • 主要从现在开始,我们使用 semantic versioning 表示版本号。有关一致性不兼容更改的规则(如下所述)需要进行版本更改。但是,我们仅保留在对用户存在一致性不兼容更改时进行主要号码更改的权利。API 更改可能不会触发主要版本更改。

####刚性不兼容的改变

即使监测和跟踪器仍然与 1.x 版本相同,也存在一些不兼容的更改,需要进行重大版本更改。

  • XML 文件格式已更改,因此主要版本之间不再兼容。但是,可以在 v2.0.0 中导入使用先前版本 (v1.2) 生成的 XML 文件。并即时转换。
  • 在线性分配问题跟踪器(LAP跟踪器和简单LAP跟踪器)中,桥接间隙的时间间隔在帧间隔中指定为时间间隔。
  • 在 LAP 跟踪器中,分割和合并事件的检测仅限于两个连续帧。
  • 显现形态分析仪被无效。
  • 删除了光斑强度峰度、偏度和耳环特征。

改进

  • LAP跟踪器中更好的内存管理:如果轨道不分支,则跟踪大量点将消耗更少的内存。
  • 显着加快大型 xml 文件的加载速度。
  • 执行繁重计算时更好的GUI刷新。
  • 所有主要操作现在都是多线程的,特别是计算点、边缘和轨道功能。
  • TrackScheme 中的轨道布局现在已经确定性的:分支时,使用分支中第一个点的名称从左到右对分支进行排序。
  • 手动添加的点会添加到TrackScheme现场的专用菜单,以方便手动跟踪。
  • 在 TrackScheme 中,添加了菜单项以从当前选择的时间继续或向上选择曲目。
  • 在TrackScheme中,选择表可以导出为ImageJ结果表。
  • TrackScheme中更好的轨道布局,可实现树状结构。
  • 改进了多个轨道分析器的性能。
  • 全键盘导航。
  • GUI 中显示的过滤器面板可以通过键盘输入阈值:将焦点设置到直方图面板(按 Tab 阈值以深红色而不是橙色显示,或单击面板),然后键入一个数字 - 可能是小数字,等待 1 秒。您还可以使用箭头键将其更改为 10%(左/右)或将其设置为上或下(上/下)。

错误修复

  • 修复LoG检测器中的一个令人讨厌和危险的错误:我们没有将滤波器sigma转换为像素坐标,根据输入的空间假设产生不同的线圈强度,即使用户指定的磁盘相同。艾莉森·十二指出树,这产生了点坐标的奇怪现象。
  • 修复了导致GUI在初始过滤步骤后经常挂起的错误。
  • 修复了在3D查看器中相等图表时的错误:过滤掉的图表无论如何都会显示。大卫·梅森注意到了。
  • 修复了导致 TrackScheme 和 XML 文件有时收到空曲目的错误。 -修复许多小错误。