我们很荣幸地宣布 TrackMate 的 2.8.0 版本在平静的开发步伐之后发布。
该版本主要提供小型实用程序、改进和错误修复。但更重要的是，我想强调自上次发布以来的几个贡献的TrackMate modules。
贡献模块
请原谅此开发者公告将采用非正式的语气，但是啊！这部分给我带来的快乐！我们所有为学术开源项目编写文档的人都非常了解这种痛苦和疑问：花费大量时间编写教程以供其他人使用 API 值得吗？这样做有什么好处吗？这会影响到任何人吗？我这样做是白费力气吗？
想象一下你自己在工作中，靠在键盘上，打开这个 Wiki 编辑页面，思考如何让你的消息在 SciJava 扩展机制上通过。当你的老板敲门说“我希望你不要为TrackMate写教程。还有论文X和Y要写，项目Z有报告要来，还有N个用户等着你培训他们。”
想象一下自己在家的样子。已经晚上了。是冷的。孩子们满怀期待地走到课桌前。
“——爸爸，快来和我们一起玩吧！
- 爸爸不能，孩子们，他正在编写 TrackMate 扩展机制的教程。”
因此，当我们看到第一个第 3 方贡献的 TrackMate 模块时，我们当然感到非常兴奋。我们列出了我们所知道的。如果您知道我们错过的其他人，请直接联系我们以更新此列表。
Ronny Sczech 线性跟踪器和批处理模块
罗尼·斯科奇贡献：
- 线性跟踪器模块，专门处理以大致恒定速度行进的点。
- 轨道分析仪，报告轨道长度、平均质量和角度。
- TrackMate 的批处理器。
- 光点半径的新估计器。
源代码位于his github page。
Thorsten Wagner 寻找最大值检测器
Thorsten Wagner 正在开发一种模拟 ImageJ 的查找最大值工具的检测器。该模块尚未完全准备好，但您可以找到 TrackMate here 的工作分支来提供该功能。
Benoit Lombardo 分析仪
Benoit Lombardo 编写了一个点分析器，当您拥有多通道图像时，它可以计算图像所有通道的平均强度。您可以在TrackMate extras页面上找到它。
改进
更快的轨道渲染
最近以来，MacOSX 和 Linux 平台上的曲目显示对于大量曲目而言变得异常缓慢。我无法追踪问题的根源，这可能出在 JDK 的代码中。
为了缓和它，轨道渲染已经改变并且现在更加精细。这对上述平台上的轨道渲染产生了强烈而积极的影响。
ROI 编辑工具
TrackMate 允许半自动化和自动化结果管理。在某些情况下，可能有许多杂散点需要手动删除。为了减少麻烦，您可以绘制 ROI 来一次选择多个点。下面的短视频对此进行了最好的解释：
Block Log 检测器
TrackMate 的初始设计始终注重速度而不是内存消耗。对于大图像的应用来说，这可能是一个问题，特别是对于斑点检测。例如，当 LoG 检测器处理单个帧时，它首先将其复制到 float 图像，然后进行复杂的 FFT。当处理大图像并使用多线程同时处理多个帧时，这会产生重大影响。
为了处理这个问题，TrackMate 现在配备了 Block LoG 探测器。它与 LoG 检测器相同，只是它将图像分割成更小的 XY 块并独立处理它们。如果按顺序处理每个块，则可以大大减少内存使用量。
当然，这是要付出代价的：恰好出现在块边界上的点可能会在两个不同的块上被检测到两次。这将对后续的跟踪步骤产生非常不利的影响。为了缓解这个问题，该探测器修剪了其他点内发现的点。
此外，只有按顺序处理块才能节省内存。如果同时启动多个线程，则会同时处理多个块，并且每个块都会消耗一些内存。所以你需要告诉 TrackMate 仅使用 1 个线程进行处理，现在这是可能的。
TrackMate 遵循 ImageJ 线程配置。
要配置 TrackMate 可以使用的线程数，请转到Edit › Options › Memory & Threads…菜单项。
TrackScheme 在捕获缩略图时确认点半径设置。
如果需要采集比光点半径更大的光点图像，请设置显示半径比。当您需要检查点周围更大的空间环境时，这非常有用。
改进了提取轨道堆栈操作。
它还承认显示半径系数，并且当源图像有多个通道时可以生成多通道输出。此外，如果您只选择一个地点，它将生成该地点所属的整个轨道的轨道堆栈。
修剪过滤数据的新操作。
TrackMate 通过过滤保留已标记为不可见的轨迹和点。即使有用数据很小，这也会生成大型 XML 文件并占用内存。
现在有一个名为“修剪不可见数据”的操作，它实际上会丢弃内存中过滤掉的数据。
LoG 检测器报告的质量值现在是合理的。
根据合同，所有探测器必须为他们发现的每个点生成一个质量值，这反映了我们对该点不是虚假点的信心。质量预计为正数，“好”点的质量较大，可能是虚假点的质量较小。
尽管绝对值并不重要，但 LoG 检测器报告的值有几个缺点。它可以任意地非常大或非常小，具体取决于物理光斑尺寸，并且取决于源图像的物理校准。
现在，LoG 检测器返回的质量值如下：
-
对于具有该内核调整到的大小的点，它具有最大值（对于相同的点强度）。
-
质量将与原始点处于同一数量级（如果它 有合适的尺寸）。
-
如果图像的校准改变了一个常数因子，则将检索到与缩放之前相同的质量值。然而，如果图像在 X、Y 和 Z 上缩放不同，I (JYT) 无法推导出准确的公式。
错误修复
修复亚像素定位的精度问题。
存在一个错误，导致子像素定位在 3D 数据的 Y 和 Z 坐标上显示出强烈的偏差。它影响了二维数据，尽管影响程度不太明显。
此错误现已在 imglib2-algorithm-0.3.3 中修复。现在偏差已经消失，您应该会看到定位精度有了显着提高。
该错误由 Leanna Owen 和 Jan Eglinger 发现，并在第 here 部分进行了讨论。
修复手动向大型模型添加点时的巨大延迟。
当手动编辑具有多个点的大型模型时，仅添加一个点可能需要很长时间。这是由于一个错误触发了整个模型的点特征重新计算。该错误现已修复，甚至编辑大型模型的响应速度也显着提高。
这个错误是由 Anna Gilles 首先报告的，尽管许多人可能已经感受到了痛苦。
中值滤波器导致 TrackMate 3D 图像崩溃。
现在已修复。 Jan Eglinger 报告的错误。
Jean-Yves Tinevez 10:53, 27 October 2015 (CDT)
