本页介绍了TrackMate的检测器模块，它依赖于最新版本的cellpose来对二维细胞进行分割。它不包含在 TrackMate 的核心中，必须通过其自己的update site安装。它还需要将 cellpose 在您的系统上安装并独立工作。本教程页面提供安装详细信息以及如何在 TrackMate 中使用 cellpose 集成的建议。
Cellpose-SAM 是 cellpose 的最新版本（至少在 2025 年 8 月），它基于 SAM 基础模型的新编码器来实现更好的泛化性能。 与 cellpose 的第 3 版（TrackMate 中的集成记录为 here 和 here）相比，Cellpose-SAM 参数更少，计算要求更高，并且泛化能力更好。
如果您使用该检测器进行研究，还请引用cellpose论文：
doi:10.1038/s41592-022-01507-1
安装
我们需要订阅斐济的额外更新站点，并在您的系统上安装有效的单元格。
TrackMate-Cellpose 更新站点
在斐济，请转到Help › Update…。更新并重新启动Fiji，托盘更新为最新状态。然后再次转到更新菜单，然后单击更新程序窗口左下角的Manage update sites按钮。将一个包含所有已知更新站点的新闻窗口。单击TrackMate-Cellpose再次并重新启动Fiji。
Cellpose-SAM
此步骤要求您安装有效的 conda，就像 TrackMate 中集成的任何 Python 工具一样。 我们§推荐§§10§§§。
特别是对于 Cellpose，我们复制下面来自 cellpose repository 的安装说明
conda create --name cellpose-sam python=3.10
conda activate cellpose-sam
python -m pip install 'cellpose[gui]'
在 Windows 上，我们即使注意到您拥有 NVIDIA 卡，也可以获得 GPU 加速。 您需要重新安装支持GPU CUDA的torch，如下图：
- 删除当前版本的火炬
pip uninstall torch - 重新安装带有GPU支持的手电筒。遵循说明here。
到2025年8月，这实际上：
pip3 install torch torchvision --index-url https://download.pytorch.org/whl/cu126然后：
cellpose --version
Welcome to CellposeSAM, cellpose v
cellpose version: 4.0.6
platform: win32
python version: 3.12.11
torch version: 2.8.0+cu126
如果有警告，您可以忽略该警告。
如果您还没有这样做，您需要configure the TrackMate conda path in Fiji。
满足
TrackMate UI 中的 Cellpose 参数
我们在 GUI 中从上到下记录这些参数。
Conda environment
指定您安装 Cellpose-SAM 的 conda 环境。 如果这个阶段出现错误，可能是因为 TrackMate 的 conda 路径配置不正确。检查this page。
Pretrained model
Cellpose-SAM 现在只有一个预训练模型：cpsam，在 UI 中表示为 cellpose-SAM。
Path to a custom model
您可以使用保存在磁盘上的自定义细胞姿势模型。
单击首先Path to a custom model标签旁边的单选按钮，然后在下面输入模型的路径。
将用于检测。
请注意，该路径必须是文件的_绝对路径_。
Use channels
Cellpose-SAM 在使用通道参数之前通常忽略版本 3。 然而，我们在这里添加了一个选项，可以将标记所有通道的完整图像或仅一个通道传递给单元格。根据图像内容，结果会发生很大的变化。 这将在下一节中进行详细说明。
Use GPU
如果选中此框，将使用 GPU。 对于现代版本的手机，即使在 MacOS 上，也没有理由不选中此框。 取消选中该框将强制使用 cellpose CPU，即使 GPU 支持可用，而是使用多线程处理图像。
Simplify contours
如果选中此框，则由 cellpose 返回的蒙版生成的样式将被平滑和简化。这与其他 TrackMate 检测器使用的处理方式相同，并记录在第 here 节中。
使用不同的渠道
如上所述，我们添加了将所有通道或仅一个通道传递给细胞的可能性。 我们在下面详细说明了此设置的影响。 该图像来自 Guillaume Jacquemet 实验室，并用于 doi:10.1101/2025.04.28.651001
所有频道：
唯一通道1，其中原子核涂成红色：
唯一通道2，其中细胞质显示为绿色：
最大通道3，该通道为空：
