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配置 TrackMate conda 路径

TrackMate 的新 v8 版本附带了许多基于现有 Python 工具的新检测器、跟踪器和操作。 我们在 TrackMate v8 中引入了一个框架,以促进部署在 conda(或任何类型的 mamba)环境中的 Python 工具的集成。 在 TrackMate 中使用这些工具需要您

  • 在您的计算机上安装 conda 发行版。
  • 安装您感兴趣的各个 TrackMate 模块。
  • 配置conda环境的路径。

要安装conda,我们建议使用miniforge。 您可以使用适合您平台的推荐设置。

依赖于 Python 和外部工具的 TrackMate 模块都是可选的,并在此 wiki 上进行了记录。 This path是找到他们的一个很好的起点。 如果您尝试在未配置 conda 的情况下使用 Python TrackMate 模块之一(下一步),TrackMate 中将显示错误。

要在TrackMate中配置conda,请启动Fiji。 在斐济,单击EditOptionsConfigure TrackMate Conda path…菜单项。 应出现此窗口:

/media/plugins/trackmate/trackmate-configure-conda-01.png

配置面板有一个Auto-detect按钮,另外,该按钮适用于我们测试的所有配置。 点击它并检查日志即可。你应该看到这样的东西:

/media/plugins/trackmate/trackmate-configure-conda-02.png

如果这是正确的,则一切都已准备就绪,耗重新启动斐济。

如果没有的话,我们可以在论坛上讨论这个问题。 您可以使用TestDiagnosis按钮收集更多调试信息。

/media/plugins/trackmate/trackmate-configure-conda-03.png