重要
该插件现在被废弃，并被 Napari 插件取代，该插件计算来自微管和肌动表情 Kymograph 的动态不稳定性参数。 Napari plugin：在此插件中，用户输入微管的 kymographs，然后使用 UNET 模型来分割 kymograph 边缘，并且此 Napari 插件计算动态不稳定性参数。参见§§5§§§
MTrack 插件是几个名称和功能非常相似但互不相关的插件之一：
- Mtrack2（约 2009 年）是一个用于随时间在 2D 中跟踪对象的插件。
- MTrackJ 是一个 ImageScience 插件，用于促进运动跟踪和分析。
- MTrack（约 2018 年）是一个用于检测、跟踪和测量 TIRF 图像中微管的插件。
- TrackMate 是您日常跟踪的好帮手。
MTrack是一种工具，可检测、跟踪和测量通过TIRF（全内反射荧光）显微镜成像的荧光标记微管的行为。在这种种子体外重建方法中，稳定的非动态微管充当动态生长微管的成核点。
MTrack 检测微管种子，跟踪微管终止的生长并创建报表。
要在信噪比非常低的电影上使用 MTrack，您应该创建一个用于分割的去噪图像，并将其与原始电影一起上传。在此设置中，微管像素是从分割影片中识别的，而实际测量始终在原始影片上进行。
安装
1.单击Plugins › Tracking › MTrack。 2.点击管理更新站点按钮。
- 在列表中选择MTrack 更新站点。
- 单击关闭，然后单击应用更改。 5.重启斐济。
- 使用Help › Update…启动插件。
满足
微管检测和跟踪
典型的数据集由非动态微管种子的单个二维 (2d) 图像和动态生长微管的 2d 延迟图像组成。文件格式可以是 Fiji/Bioformats 的任何格式（.tif、.nd2、…）。要运行跟踪器，请选择Plugins › MTrack › Microtubule Detection and Tracking
欢迎面板将打开。
选择模式
对于第一次分析，我们建议使用简单模式，在该模式中预先选择了许多参数。如果您对跟踪结果不满意，可以使用advanced mode(MTrack)参数设置。当分析多部影片时，可以选择batch mode(MTrack)并同时运行多部影片。但是，在批处理模式运行程序中，您必须至少以简单或高级模式运行一次程序之前，以选择并保存所需的您的参数。
以下介绍的是简单模式。
选择电影
接下来，用户选择电影。要上传的电影是从胎儿中出来的原始电影。在简单模式下，程序默认会进行伪平场校正。该补偿后的影片将仅用于种子的对象识别，而不用于终端检测。终端检测将始终在原始图像上执行。
在高级模式下，用户选择执行平场校正并应用可以选择半径的中值滤波器。或者，用户可以上传自己负担的电影。（阅读有关Preprocessing(MTrack)的更多信息）。
对于电影类型，请选择三个支持的选项之一：
- 双通道图像作为超堆栈（两个通道都在一张图像中）
- 连接种子图像和延迟图像
- 单通道延迟图
请选择输出文件目录。仪表文件将写入为.txt文件。默认情况下，仪表影片的名称保存在当前工作目录中。
团队参数
该程序自动读取显示为像素大小（x 和 y 为微米）和帧速率（以秒为单位）的元数据。如果无法正确读取元数据，用户可以手动添加值。另外，用户还需要以像素为单位输入显微镜点扩散函数（PSF）的西格玛（X）和西格玛（Y）（参见此处的more explanation）。
当您输入任何参数时，请确保仅使用十舞蹈数字格式。
按“下一步”继续。将打开三个屏幕和一个面板。它们显示原始影片、删除影片和“活动图像”，“活动图像”代表种子，通常是影片的第一帧。每个成功识别的种子种子都会标有红色圆圈。
MSER 参数
将种子识别为对象的默认算法称为最大极值区域 (MSER)1。了解有关§§4§§§的更多信息。如果单个种子识别或两个非常接近的被识别为一个，用户可使用可调整的更改可以更改 MSER 参数。效果将实时显示在“活动图像”上。将大多数种子正确识别为对象后，单击“更换端点”以亚节点精度检测每个种子的下一步。
端点将显示为绿色表单。面板上会出现一个“下一步”按钮，允许用户翻到下一个面板。
选项
在开始实际跟踪微管的动态生长之前，该程序将为您提供几个选项：
取消选择并选择结束
如果错误地识别了某个终止，用户可以通过在图像中左键单击该终止来取消该选择终止。程序将记住并允许通过单击 Shift + 左键单击重新选择此终止（粉红色商品将标记终止）。如果未识别终端，请使用 Shift + Alt + 左键单击将选择用户定义的终端（橙色商品标记终端）。阅读更多有关microtubule polarity and (+) end vs. (-) end tracking的内容。
选择时间
用户可以通过输入帧编号来选择执行跟踪的开始时间和结束时间。单击“确认结束并跟踪”即可执行实际跟踪，该跟踪将“实时”执行（将显示详细条）。
黄色十字标记要跟踪的种子，红色标记不会被跟踪的种子。绿色寄语标记要跟踪每个的结束。橙色寄语结束标记将被跟踪的用户定义的完成。跟踪期间，黄色十字准线将显示标记微管上跟踪的当前位置。“成功”框将使您知道跟踪。将显示两部影片，“轨道 ID”影片（可用于将轨迹链接到各个微管）和“叠加”每个端的轨迹分别保存为.txt文件，并根据报表ID编号。每个端的轨迹将包含以下信息：帧号、微管总长度（以px和μm为单位）、轨道ID、x和y位置（px和μm）以及相对于前一帧的长度增量（px和μm）。成功跟踪后，用户可以选择保存的端部，后续电影可以以批处理模式（再次）运行。
引文
请注意，MTrack可通过斐济获取，并且基于书籍。如果您成功推动其用于您的研究，请引用我们的工作：
doi:10.1038/s41598-018-37767-1
