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如果用户以简单或高级模式运行程序并选择保存参数集，则他们可以针对具有相似微管强度分布和相似信噪比的电影来批处理模式运行程序。在该模式下，用户必须选择他们想要跟踪的电影目录，然后程序会自行执行用户在简单或高级模式下运行时所做的所有选择。
默认情况下，它会启动与CPU核心数量固定的电影数量的时钟运行，因此，如果用户有10个电影和4个CPU核心，则将同时启动4个电影的跟踪，并且只有电影在跟踪后，才会为完全跟踪模块加载队列中的下一部电影。
