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推广由医学信号和图像计算研究小组（CSIM）创建的插件、宏和脚本。这里实现的所有代码都有特定的应用程序，与基本的图像分析相关，例如图像过滤、配准、提取等。请自行从 ImageJ 更新程序安装我们的插件、宏和脚本，甚至在 GitHub 存储库上贡献我们的代码（GitHub-ImageJ source codes）。
CSIM Laboratory. See more details about our research group in the website: http://dcm.ffclrp.usp.br/csim
可用方法
以下是 ImageJ 可用方法的列表。如果您想使用其中任何一种方法，请参阅更新管理器菜单中的 CSIM 实验室选项。
异常过滤器
用于图像滤波的两种不同方法的PlugInFilter：各向性异常扩散和各向同性异常扩散。这两种方法的描述可以在《医学与生物学物理学》journal article中找到，wiki page中也引用了该方法。总之，两个图像滤波器都是广义热方程（也称为异介质方程）的离散解。
请参阅我们的参考文章，了解有关正常运行异常放大器所需参数的更多详细信息。
MRI中的灌注指标
在这个特定的 PlugInFilter 中，我们提供了一个工具来测量动态灌注 MRI 图像中涉及的主要参数，例如：达到高峰的时间、高峰、CBV 和 CBF 值。在使用对比动态灌注图像的医学研究中可能很有用。在这里创建，我们只是为这些指标提供一个简单的实现，更详细的方法应该在不久的将来实现。
具体方法请参见Perfusion MRI wiki page。
噪音脉冲
在这个特定的插件中，我们提供了一个工具，可以在具有几种不同概率分布的图像上添加不同的噪声，这在某些生物学和医学研究中可能有用。一些噪声概率样本包括均匀噪声、高斯噪声、瑞利噪声和有色噪声（棕色、蓝色、蓝色和其他 \(1/f^\beta\) ）。
请参阅Noise Generator wiki page以了解有关此插件的更多信息。
二维码样本 (SampEn2D)
在此插件中，我们提供了一个计算数字图像上的二维样本（SampEn2D）的工具。
请参阅第 SampEn2D wiki page 了解有关此插件的更多信息。
来源代码
ImageJ 插件代码源可在 GitHub 存储联系库中找到：GitHub CSIM-ImageJ repository。如果您想为我们的应用程序做出贡献，请输入方式。
我们是谁
我们是一家致力于生物医学图像和信号处理与分析的计算实验室。我们的小组在巴西圣保罗州贝朗组织普雷图市举行。我们的研究小组直接研究与图像和信号问题相关的多个应用程序，即配准、分割、过滤、分析和特征提取。此外，我们的目标是改进和创建适合医学和生物研究中图像和信号应用的工具。请参阅此 wiki中引用的参考文章以查看我们的一些书籍。如果您想更多地了解我们的团队和研究机会，请随时通过我们的website与我们联系
图书
在这里可以找到我们的研究小组关于我们实验室开发的图像处理方法的一些书籍。如果您使用过这些方法中的任何一种，请引用下面已发表的文章。
期刊文章
反常扩散滤光片
- Da S Senra Filho，A.C.，Salmon，C.E.G. & Junior, L.O.M., 2015。异常扩散过程评估图像增强。医学和生物学物理学，60(6)，第2355页。DOI：10.1088/0031-9155/60/6/2355。
SampEn2D
-席尔瓦，L.E.V.；小森拉，A.C. da S.；法赞 (Fazan)，V.P.S.；费利佩，J.C.；Murta Junior, L. O., 2016。二维样本条形码：通过不规则性评估图像纹理。生物医学物理与工程快车
会议记录
反常扩散滤光片
- Filho，A.C. da S.S.，初级，L.O.M. & Santos, A.C. dos, 2014。各向异性异常滤波器评估多发性肝癌的多模态圣图像。在跨大西洋多模式神经科学研究方法研讨会上。佩德罗，SP。
- Filho, A.C. da S.S. 等人，2014 年。各向同性异常扩散滤波器突出显示了大脑激活不均匀性。在 IEEE 医学和生物学工程学会年度国际会议上。芝加哥：IEEE，第 3313–3316 页。可在：http://ieeexplore.ieee.org/lpdocs/epic03/wrapper.htm?arnumber=6944331
- Filho, A.C. da S.S. 等人，2014 年。各向异性异常扩散滤波应用于磁共振成像中的弛豫时间估计。在 IEEE 医学和生物学工程学会年度国际会议上。 IEEE，第 3893–3896 页。可在：http://ieeexplore.ieee.org/lpdocs/epic03/wrapper.htm?arnumber=6944474
- Filho, A.C. da S.S.，巴里松，G.C. & Junior, L.O.M., 2014。将各向异性异常扩散滤波器应用于心脏磁共振成像来改善心肌分割。在心脏病学计算年会上。可在：http://www.cinc.org/archives/2014/pdf/0929.pdf
- Filho, A.C. da S.S. 等人，2014 年。各向同性异常扩散滤波器突出显示了大脑激活不均匀性。在 IEEE 医学和生物学工程学会年度国际会议上。芝加哥：IEEE，第 3313–3316 页。可在：http://ieeexplore.ieee.org/lpdocs/epic03/wrapper.htm?arnumber=6944331
- Senra Filho, A.C. da S., Duque, J.J. & Murta, L.O.，2013。扩散加权磁共振成像中的各向同性异常滤波。 I. E. in M. and B. Society，编辑。会议记录： … IEEE 医学和生物学工程协会年度国际会议。 IEEE 医学和生物学工程学会。会议，2013 年，第 4022-5 页。可在：http://ieeexplore.ieee.org/lpdocs/epic03/wrapper.htm?arnumber=6610427
SampEn2D
- 席尔瓦，L.E.V. da et al., 2014。菲尔肠神经干细胞的二维样本熵分析。在 IEEE 医学和生物学工程学会年度国际会议上。IEEE，第 3345–3348 页。网址为：http://ieeexplore.ieee.org/lpdocs/epic03/wrapper.htm?arnumber=6944339 [访问日期：2014 年 12 月 9 日]。
其他期刊和会议论文集
- Senra Filho, A.C. da S. et al., 2014。一种支持 B 型超声诊断质量控制的计算工具。Revista Brasileira de Engenharia Biomédica，30，第 402–405 页。可在：http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-31512014000400010&lng=en&nrm=iso&tlng=en.
- 巴里松，G.C. et al., 2014。使用 MRI 和 SPECT 图像对恰加斯病的心肌灌注和自主神经支配进行组织表征。在心脏病学计算年会上。剑桥。
