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元数据

#什么是元数据?

在解剖学中获取图像时,存储的图像文件包含两个主要内容:

  1. 图像数据:本质上是“像素值”
  2. 元数据:图像数据的信息,包括像素大小、位置深度、维度和勘测信息等。

元数据对于正确读取图像数据至关重要;例如,为了进行准确的测量,需要根据/相关的像素大小来安排图像。保存和保存元数据是定量图像分析的关键。

如何打开/读取我的元数据?

首先,通过GUI尝试高级API方法…

使用图形用户界面

如果通过Bio-Formats Importer导入图片(我们为您提供建议),您可以:

  • 堆栈查看中,使用以下方式查看堆栈:“仅元数据”

  • 元数据查看中:选中“显示元数据”或“显示OME-XML元数据”

OMEVisual是另一个可以可视化OME元数据的工具;它是一个Fiji插件。

这些工具可以让您正确快速检查元数据“外观”是否正确……图像块的数量是否(即,如果是静态图像扫描,则每个图块一个)?尺寸是否正确?等等

#如果我无法通过GUI读取元数据怎么办?!

您是否通过GUI观察到元数据存在问题?根本就没有数据吗?或者元数据丢失了?如果是这种情况,那么您的元数据可能存在结构性问题,需要通过命令行工具进行更深入的检查。

使用命令行

Bio-Formats 拥有大量涉及提取、处理和验证 OME-XML 的信息。,请查看their resources以获取更多详细信息。

现在,已经有了 command line tools available via Bio-Formats 来正确检查和验证 OME-TIFF 文件中的 XML。

tiffcommentxmlvalid 命令均被使用; tiffcomment 从文件中导出 XML,xmlvalid 验证 XML 将所有错误打印到控制台。有关详细信息,请参阅this page