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测试块匹配参数

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info

来源

https://fiji.sc/cgi-bin/gitweb.cgi?p=mpicbg.git;a=tree;f=mpicbg/ij/clahe

类别

Registration


插件 测试块匹配参数 是一个辅助插件,用于探索第 §§1§§§ 插件中使用的块匹配参数空间。 将有一个前置的 RGB 图像作为输入,背景呈现为绿色 (rgb) 0,255,0)。然后,它使用与扫描插件中相同的对话框来请求块匹配参数。将尝试将所有匹配到堆栈的所有切片,并渲染一个矩阵,将所有匹配结果显示为颜色编码的翻译字段。该字段将包含空白条目,其中匹配结果未通过过滤器。

寻找什么?

非系统随机颜色
是错误的匹配,必须删除。加强过滤器和增加块大小可能会有所帮助。 系统饱和色彩
说明搜索半径太小,局部变形比你设置的要大。 系统黑度
说明搜索半径太大,局部变形小于设定值。 即使相邻部分也始终存在大量白色间隙
表明过滤器可能过于严格。关闭平滑度滤镜并触发局部滤镜,以便在原本平滑的场中仅保留一些随机着​​色的点。然后调整平滑过滤器,以便仅删除那些斑点。 仅匹配带有大白色边框的部分的中间
意味着您的块大小和搜索半径的组合可能太大。匹配不会超出图像边界。

一般评论

您应该使用 TrakEM2 最终生成预扫描芯片组,并以您想要使用的分辨率(例如 TEM 系列为 10%,其中像素大小比切片厚度小 10 倍)导出为带有绿色背景的 RGB (rgb 0,255,0)。然后,在测试中,您可以将 scale 设置为1.0,实质上所有以像素为单位输入的字段使用相应的缩放参数。在实际应用中,您需要缩小这些参数(例如,当您使用 10% 的比例进行还原时,则缩小×10)。