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显微镜测量工具

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文件

Download from GitHub/Releases

来源

on GitHub


调用保存的尸体测量标尺并创建测量注释。

说明

该组插件提供了一种在简单的文本文件中保存各种显微镜/物镜的距离/长度安排的快速方法。

然后,您可以选择任何先前的措施来调整打开的图像(或所有打开的图像),如下所示:

Microscope meas tools choose calibration 01

然后,“不平等测量”插件允许您使用如图所示的测量高度一条线,如下:

Microscope meas tools draw meas line

包含三个文件:

  • 选择_Microscope_Calibration.py
    • Opens the “Choose Calibration” window, for setting the measurement scale to a preconfigured value.
  • 强度_测量_-_Line.py
    • Converts a Line ROI into a drawn annotation with the measurement length indicated.
  • 细胞_Calibrations_user_settings.py
    • Settings file that contains your pre-configured scale calibrations, along with some settings for drawing annotations (background/text color etc.)

      安装及使用手册

请在此处查看完整的安装和使用说明:

Microscope Meas. - Calibration instructions.pdf

基本说明如下。

1.解压第GitHub/Releases处链接的.zip文件,把生成的Analysis文件夹放入其中

Fiji.app / 插件 / 脚本 (如果 Analysis 文件夹已存在,请勿覆盖它 - 您必须安装另一个 Analysis 插件!相反,请合并这两个文件夹。)

设定安排

2.打开具有已知长度特征的图像,该图像是使用您想要保存的整理的身体/物镜拍摄的。

3.沿着已知长度的特征画一条线。

4.选择AnalyzeMicroscope Measurement ToolsChoose Microscope Calibration菜单项。

5.在“已知距离”中输入已知长度,并记录此设定的“比例”值。

如果需要,请执行更多调整(在其他图像上),记录每个调整的比例值。

6.编辑文件

Fiji.app / 插件 / 脚本 / 分析 / 脚本测量工具 / 显微镜_Calibrations_user_settings.py 7.输入选定的名称和比例值,确保列表与相应的假定相匹配。

此设置文件是一个实际的 Python 脚本,因此您可以使用正常的 Python 语法编辑其中的列表。例如。 myList.append( [ ] )myList = ['cm'] * 5 等功能将自动化。

不幸的是,斐济可能不会自动接受对设置文件的更改。解决方法是执行以下操作:

8.离开斐济。

9.删除插件文件夹中的“py.class”文件:

Fiji.app / 插件 / 脚本 / 分析 / 脚本测量工具 / 显微镜_Calibrations_user_settings$py.class 10.打开斐济。它现在应该已经采用了新设置。

当您进行总体布置/设置时,您只需执行一次此布置。

将预先配置的比例评估您的图像

11.运行AnalyzeSet Scale - 弹出窗口显示您在用户设置文件中设置的新名称和默认值。

使用高度测量来标注你的图片

要相关测量注释,

1.沿线要测量的等效“直线”(长度显示在斐济状态队列)

2.选择AnalyzeMicroscope Measurement ToolsDraw Annotation - Line

注释将直接关系到图像上。

建议您处理文件的副本。不幸的是,目前没有取消删除功能。我可能会尝试找出如何使用“最高”功能来使类似的事情成为可能。

将自定义功能添加到整理列表

其中包含一个子文件夹,显示如何在Python中实现自定义函数,执行该函数以获取比例参数,并显示在“调整”列表中。

该示例添加了 JEOL SEM 的规划,它根据随附的 *.txt 文件自动设置比例。该功能可以分割其他难以理解的硬编码为单一分辨率的图表规划(其他连续变化的放大倍率,如 SEM 工具等)。

作者

这个简单的 python (jython) 插件是由 Demis D. John, 2015 创建的。

我使用以下插件作为灵感:Correct_3D_driftMicroscope Scale(遗憾的是不再容易定制)。

请参阅 GitHub Pages,了解需要编码工作的问题以及改进的想法。随时欢迎您向 GitHub 项目贡献代码,感谢 Fiji 优秀的 Python API,它非常简单!