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Marker-controlled flooding on the gradient image of the blobs sample.
简介
标记控制的分水岭是一个 ImageJ/Fiji 插件，用于根据标记控制的分水岭算法分割任何类型（8、16 和 32 位）的 2D 和 3D 灰度图像（Meyer 和Beucher，1990）。该算法将输入图像视为表面（其中涉及的像素值意味着常见的地形）并模拟其从特定种子点或标记的洪水。标记的选择是图像局部的局部，但该方法适用于任何特定标记，无论是由用户手动选择还是由其他算法自动确定。
满足
Main dialog of the Marker-controlled Watershed plugin
Marker-controlled Watershed needs at least two images to run:
- 输入图像：要吸收的2D或3D灰度图像，通常是图像的灰度。
- 标记图像：与输入具有相同大小的图像，包含种子点或标记体素的每个连接区域，标记有不同的标签。它们通常对应于输入图像的局部可以是零，但可以任意设置。
它可以选择接受第三张图片：
- 图像图像：与输入和标记具有相同尺寸的图像二进制，可用于限制算法的应用领域。设置为“无”可在整个输入图像上运行该方法。
其余参数：
- 二元标记：选择指定标记是二元的并且需要进行标记。
- 计算水坝：选择以启用分水岭线的计算。
- 使用允许对角线连接：选择对角线方向的泛洪。
输出：
- 包含集水盆地和（可选）分水岭线（水坝）的标记图像。
Example of marker-controlled watershed segmentation on nucleus of Arabidopsis thaliana (image courtesy of Kaori Sakai and Javier Arpon, INRA-Versailles)
安装
标记控制的 Watershed 插件是 MorphoLibJ 库的部分。要安装它，您只需 add IJPB-插件更新站点：
1) 从斐济菜单中选择Plugins › MorphoLibJ › Segmentation即可启动更新程序。
2) 单击管理更新站点。这将弹出一个对话框，您可以在其中激活其他更新站点。
3) 激活 IJPB 插件更新站点并关闭对话框。现在您应该会看到一个额外的 jar 文件供下载。
4) 单击应用更改并重新启动斐济。
您现在应该在子菜单Help › Update…下找到该插件。
注意：标记控制的分水岭只是 MorphoLibJ 套件中包含的插件之一。通过遵循这些安装步骤，您将安装套件中的其余插件。
参考文献
- 费尔南德·迈耶和塞尔日·博彻。“形态分割。”视觉传播与图像表示杂志 1.1 (1990): 21-46。
- Soille, P.，“形态图像分析：原理和应用”，Springer-Verlag，1999年，第170-171页。
- 大卫·勒格兰、伊格纳西奥·阿尔甘达-卡雷拉斯、菲利普·安德烈； MorphoLibJ: integrated library and plugins for mathematical morphology with ImageJ。生物信息学2016; 32（22）：3532-3534。 doi：10.1093/生物信息学/btw413
另请参阅
- Interactive Marker-controlled Watershed，与此插件的想法相同，但具有用户定义的种子点。
- Morphological Segmentation，一个带有图形用户界面的插件，用于根据形态学操作和分水岭算法分割2D/3D图像。
- Classic Watershed，插件实现原始分水岭算法来分割2D/3D灰度图像。
- Serge Beucher’s site，带有分水岭算法的图形描述和动画。
- G. Bertrand’s Topological Watershed site，包含论文、幻灯片和来源代码。
许可证
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