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插件的目标
手动校正校正插件允许使用 Roi 管理器中收集的一些地标 (Rois) 来校正序列图像中的补充。该插件的主要兴趣在于，它通过在关键地标之间进行插值来避免繁琐的图像注释。因此，用户只需在发生重大变化时提供界标，就是为序列的每个图像提供输入。
满足
安装
要开始使用该插件，请先下载它（
教程
要执行手动校正：
1.打开Fiji并加载序列进行修改
- 浏览序列图像，选择一些在整个时间序列中可见的地标。 3.从第一个时间步开始，用 ROI（点、线新生儿段线）注释这些地标位置，将它们添加到 Roi 管理器（这可以通过按键盘上的“t”来完成）。
- 在时间上更进一步，重复上一步，以相同的顺序注释相同的地标。重复该操作直至完成整个序列。 5.如果您的图像是超堆栈，请检查图像属性中是否正确设置了时间维度（菜单Plugins › Registration › Manual drift correction）
- 将花费一段时间设置为参考图像（堆栈中的所有其他图像都将注册到该图像）
- 单击菜单Image › Properties。注册的堆栈将在 Fiji UI 中打开。
限制
该插件可以处理堆栈和超堆栈。在后一种情况下，注册是沿着时间步长完成的。这意味着序列中相同时间步长的 z 切片或通道将相同的方式进行转换。
地标可以用点、线父母段线Rois输入。如果您在每个时间步使用多个地标，则应为每个时间步以相同的顺序提供它们。
该插件还希望将地标按时间顺序提供给 Roi Manager。
目前该插件仅通过 2D 转换来转换（但将来可能会更新为 3D 和其他类型的转换全局）
处理说明
该插件依赖于斐济发行版的mpicbg library。该库用于从地标创建转换并执行图像的实际转换。
处理过程依次为：
- 提取Fiji UI中最后选择的图像，序列的当前时间（即在查看器中可见，用于定义参考图像）
- 从 ROI 经理收集地标，
- 对它们的 2D 位置进行线性插值以创建未提供的地标。在序列的开始（结束）处，如果没有提供界标且无法进行插值，则使用第一个（最后一个）提供的界标的位置。
- 然后对于序列中的每个切片：
- A global transformation is created from current image landmarks and the reference image landmarks.
- The image is then transformed to the reference image
- 最后注册的序列显示在 Fiji UI 中。
发展计划
以下是一些可以添加的功能：实施这个可以改进。
- 解耦 UI 和实际注册管道。当前版本是使用混合 UI 和处理的脚本风格编写的。
- 允许选择地标之间的插值。
- 允许选择转换模型（由 MPI-CBG 库提供）。
- 用于分析目的的输出转换。
- 允许选择注册的维度（Z、时间或通道）。
