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3D 查看器 › 用户常见问题解答

基本用法

如何显示堆栈

启动 3D 查看器后，单击Edit › Attributes。将打开一个对话框窗口，询问一些信息：

  • 图像： 应在查看器中显示的图像。用户可以从所有打开图像的列表中进行选择。
  • 名称： 3D 对象的名称。默认为图像标题。
  • 显示为： 堆栈可以显示为体积渲染、正交切片、曲面或曲面图。
  • 颜色： 3D 对象的颜色。
  • 阈值： 对于曲面，这是曲面的等值。对于所有其他显示模式，该值是显示值的下阈值。
  • 重采样因子： 大图像需要在显示之前进行下采样，以便交互渲染。此处，值 2 表示图像在 x、y 和 z 方向上按 2 倍下采样。
  • 通道： 如果显示彩色图像，则指定要显示的颜色通道。

单击“确定”后，3D 对象将出现在查看器窗口中。 Top

如何与查看器交互（旋转、移位、缩放）

用户可以在 3D 空间中旋转、平移和缩放：区分两种变换：

1.视图的变换：

  • 旋转： 选择 ImageJ 工具栏中的“手形”工具。如果未选择 3D 对象，则使用鼠标左键拖动可围绕宇宙中心旋转视图。
  • 翻译： 按住“Shift”键的同时拖动可移动视图。
  • 缩放： 通过选择 ImageJ 工具栏中的“Glas”工具并用鼠标左键拖动来完成缩放。在许多平台上，也可以滚动（选择“手形”工具时）进行缩放。

2.对象的变换：

可以使用相同的键/鼠标组合来变换单个对象。要变换特定对象，需要选择该对象。单击鼠标左键即可选择对象。选择由红色边框表示。 Top

如何更改 3D 对象的颜色、透明度…

彩色图像的颜色、透明度、阈值和显示通道是所谓的 3D 对象的属性。这些属性的含义如下：

  • 颜色： 3D 对象的颜色。如果选择“无”，则从堆栈图像中获取颜色。
  • 透明度： 3D 对象的透明度：值为 0 表示完全透明，值为 1 表示完全不透明。
  • 阈值： 对于曲面，阈值指定曲面的等值。否则，它指定显示像素的下阈值。
  • 通道： 在彩色图像中，通道属性指定要显示的通道。在灰度图像中，该属性不起作用。

属性可以通过以下方式更改

  1. 点击选择对应的对象
  2. 单击File › Add content并选择要更改的属性。

Top

如何制作动画和电影录音

要为视图设置动画，请单击View › Start recording。视图立即开始绕 y 轴旋转。如果您现在想要录制这样的动画，请单击View › Start animation。现在录制的动画是完整的 360° 旋转。结果显示在堆栈中。

如果您想将录音包含在演示文稿中，请通过 ImageJ 的“另存为 AVI”功能将其保存。您可以将生成的电影文件合并到 powerpoint 演示文稿中。

要停止动画，请单击View › Reset View。 Top

如何重置视图

您可以通过单击View › Stop animation将 3D 世界重置为其初始视图。这将重置视图。

但请注意，这不会改变单个 3D 对象的变换。要重置它们，请选择每个对象并单击Edit › Hide/Show。 Top

如何隐藏坐标系

有两种类型的坐标系：一种是全局坐标系，表示宇宙的原点；另一种是针对每个物体的局部坐标系。

要隐藏全局坐标系，请查看“如何进行常规视图设置”

要隐藏局部坐标系，请选择对象并单击Transformation › Reset transformation并禁用“显示坐标系”。

请参阅 #How to general view settings 了解如何避免显示一般的局部坐标系。 Top

如何更改背景颜色

要更改 3D 世界的背景颜色，请单击Edit › Smooth surface。将打开一个对话框，可让您以交互方式调整背景颜色。

要默认使用当前背景颜色，请参阅#How to change general view settings。 Top

表面

曲面的概念是什么

直观上，物体的表面可以理解为物体与背景之间的边界。查找表面的一种常见方法是选择一个划分对象和背景的阈值：高于阈值的值假定属于对象，低于阈值的值假定属于背景。为了构建表面，可以使用诸如行进立方体算法之类的算法。 Top

如何更改表面的颜色、透明度…

参见#How to change the color, transparency… of a 3D object

如何更改曲面的等值

参见#How to change the color, transparency… of a 3D object

如何平滑表面

为了平滑 3D 对象的表面，请选择该对象并单击 View › Change background color。

您还可以通过单击 Edit › Fill selection Top 平滑所有显示的曲面

如何导出曲面

显示的曲面可以导出为不同曲面文件格式的文件。目前支持的是 Wavefront (.obj) 和绘图交换格式 (.dxf)。 Top

卷

什么是体积/体积渲染

体渲染通过将堆叠的切片一个接一个地放置并间隔一定距离来生成 3D 效果。每个切片中的每个像素都会分配一个透明度值，该值取决于像素的亮度。 Top

如何更改体积的颜色、透明度等

参见#How to change the color, transparency… of a 3D object

如何编辑卷

3D 查看器提供了编辑体积的可能性。为了裁剪体积，

  1. 单击选择一个对象。
  2. 使用 ImageJ 的选择工具之一​​绘制感兴趣区域 (ROI)。
  3. 单击Edit › Smooth all surfaces 擦除 ROI 覆盖的体积。 （擦除实际上意味着用黑色填充）。

Top

正位切片：

什么是正切切片

正交切片是穿过体积的三个正交切片。这三个切片显示一个 xy 平面、一个 xz 平面和一个 yz 平面。 Top

如何更改正交切片的颜色、透明度等

参见#How to change the color, transparency… of a 3D object

如何更改显示的切片

三个切片的位置可以更改。为此，请单击View › Center selected。将打开一个对话框，您可以通过它以交互方式调整三个切片中每个切片的位置。

还存在用于调整切片的键盘快捷键：按住 x、y 和 z 键之一，然后使用箭头键或鼠标滚动来调整切片。

要隐藏切片，请按住 x、y 或 z 键之一，然后按“空格”键。 Top

如何隐藏切片

参见#How to change the displayed slice

二维曲面图

什么是曲面图

曲面图将 2D 切片显示为 3D 绘图：x 和 y 坐标对应于 2D 切片中的 x 和 y 坐标，z 坐标是 (x, y) 处的像素值。

3D 曲面图始终每次显示一个切片。在查看器中打开 3D 曲面图时，将显示当前选定的切片。当更改原始图像堆栈的切片时，视图会自动更新。 Top

如何更改曲面图的颜色、透明度等

参见#How to change the color, transparency… of a 3D object

如何交互地更改显示的切片

3D 曲面图始终每次显示一个切片。在查看器中打开 3D 曲面图时，将显示当前选定的切片。当更改原始图像堆栈的切片时，视图会自动更新。 Top

查看设置

如何重置视图

参见#How to reset the view

如何使 3D 对象在视图中居中

如果 3D 窗口中有多个 3D 对象，则最好将视图集中在一个特定对象上。这可以通过选择一个对象（单击它）并单击Edit › Adjust slices来实现。 Top

如何隐藏坐标系

有两种类型的坐标系，一种是全局坐标系，另一种是针对每个单独的 3D 对象的局部坐标系。要隐藏一个特定 3D 对象的局部坐标系，请参阅#How to hide the coordinate system。要隐藏全局坐标系，请参阅#How to change general view settings。 Top

如何更改背景颜色

参见#How to change the background color

如何显示比例尺

要在 3D 视图中显示或编辑比例尺，请单击View › View settings。将打开一个对话框，允许您调整比例尺设置：

  • x 位置： 现实世界坐标中比例尺的 x 坐标。
  • y 位置： 真实世界坐标中比例尺的 y 坐标。
  • 长度： 比例尺的长度，也是现实世界的单位。
  • 单位： 与长度一起显示的附加字符串。
  • 颜色： 比例尺的颜色。
  • 显示： 选中/取消选中此框可显示/隐藏比例尺。

单击“确定”应用更改。 Top

如何改变全局旋转的旋转中心

参见#How to change general view settings

如何更改常规视图设置

通过单击View › Edit scalebar可以更改一些常规视图设置并将其永久化。将打开一个对话框窗口，询问用户进行设置。有两种类型的设置：启动选项和立即应用的选项。

1.启动选项： - Width and Height The window dimensions of the 3D viewer. - Show global coordinate system Show a coordinate system which indicates the origin of the 3D world. - Use current color as default background Activate this option to reload the current background color at each start of the viewer. - Show scalebar Activate this option to show the scalebar by default. (See also #How to show a scalebar. - Apply changes now If activated, the changes in the settings above are immediately applied, otherwise, they are first applied at the next application start. 2.立即应用的选项： - Show local coordinate system by default If activated, the local coordinate system of 3D objects is shown when new objects are loaded in the 3D viewer. If inactivated, the coordinate system is omitted. Note: This only affects newly added 3D objects. Already displayed objects are not affected. - Global rotation around Center/Origin Global rotations (see #How to interact with the viewer (rotate, shift, zoom))) can have two possible centers: - Origin: The origin of the virtual world. This is in most cases the lower left corner of 3D objects. You can make the origin visible by showing the global coordinate system (see above). - Center: The center of the virtual world. The center is automatically calculated from the displayed 3D objects. Top

转换

转换的概念

3D查看器有两种类型的变换：全局变换和局部变换。全局变换是指整个视图的变换，不变换单个对象，而是整个3D世界一起变换。局部变换是指单个对象的变换。

可以使用鼠标交互地进行转换。请参阅#How to interact with the viewer (rotate, shift, zoom))了解更多信息。

或者，可以通过指定转换矩阵来更精确地改变单个对象的转换。可以为3D对象转换设置，或者将转换转换（与当前转换连接）到3D对象。保存并重新转换加载。最后，将转换后的对象可以导出到堆栈图像。Top

如何对 3D 对象应用可变变换

对 3D 对象应用转换意味着将指定的转换与对象的当前转换连接起来。

要应用变换，请选择一个对象并单击Transformation › Set transform。将打开一个窗口，要求您提供变换矩阵。该矩阵应以 (3x4) 矩阵的形式逐行给出。所有单独的值应以空格字符分隔。

例子：

$$
	\begin{matrix}
	a11 & a12 & a13 & a14 \\
	a21 & a22 & a23 & a24 \\
	a31 & a32 & a33 & a34 \\
		0 & 0 & 0 & 1 \\
		\end{matrix}
$$

应指定为a11 a12 a13 a14 a21 a22 a23 a24 a31 a32 a33 a34。

该窗口还允许您从文件加载转换。 Top

如何为 3D 对象设置可变变换

3D 对象的转换设置不会转换转换。请参阅 #How to apply a specific transformation to a 3D object连接转换。

要设置变换，请选择一个对象并单击Transformation › Apply transform。将打开一个窗口，要求您提供变换矩阵。该矩阵应以 (3x4) 矩阵的形式逐行给出。所有单独的值应以空格字符分隔。

例子：

$$
	\begin{matrix}
	a11 & a12 & a13 & a14 \\
	a21 & a22 & a23 & a24 \\
	a31 & a32 & a33 & a34 \\
		0 & 0 & 0 & 1 \\
		\end{matrix}
$$

应指定为a11 a12 a13 a14 a21 a22 a23 a24 a31 a32 a33 a34。

该窗口还允许您从文件加载转换。 Top

如何查看3D对象的当前变换

要查看3D对象的当前变换矩阵，请选择该对象并单击（例如）Transformation › Save transform。打开窗口显示对象的当前变换。显示了一个（3x4）矩阵，一行一行地显示。

例子：

$$
	\begin{matrix}
	a11 & a12 & a13 & a14 \\
	a21 & a22 & a23 & a24 \\
	a31 & a32 & a33 & a34 \\
		0 & 0 & 0 & 1 \\
		\end{matrix}
$$

显示为a11 a12 a13 a14 a21 a22 a23 a24 a31 a32 a33 a34。

如果您不想更改转换，请单击“取消”。 Top

我可以保存/重新加载3D对象的当前变换吗

要保存3D对象的当前转换，请选择该对象并单击Transformation › Set Transform。您可以指定存储当前转换的文件。

要加载转换，请单击Transformation › Export transformed image。在打开的窗口中，您可以选择以前存储的转换文件。Top

如何保存转换后面的对象

3D 查看器允许加载图像堆栈将其显示为 3D 对象。这个对象是可以变形的。参见例如

现在，这样一个转换后的对象就可以再次导出到堆栈图像中。此时，请单击Transformation › Set transform。当然，也可以通过 ImageJ 的“另一个图像存为”命令保存生成的堆栈。Top

点列表

“点列表”是什么意思以及它们为什么有用

点列表表示命名点的列表。例如，它们可用于标记 3D 对象中/上的区域。点列表的一种特殊用途是基于地标的配准。（参见#How can two 3D objects be registered）。每个 3D 对象都拥有一个点列表。，默认情况下不显示此列表。Top

如何显示对象的点列表

有两种方式显示 3D 对象的点列表：

  • 单击Edit › Point list › Save Point list 或
  • 选择 ImageJ 的点工具并单击选定的对象。

在这两种情况下，都会打开一个窗口，其中显示选定对象的命名点列表。 Top

如何添加/删除积分

要添加积分，请执行以下操作：

  • 通过单击选择一个 3D 对象
  • 选择 ImageJ 的“POINT”工具
  • 单击选定对象上的某处。

该点已添加并出现在点列表窗口中。

要删除一个点，可以

  • 按 Shift 键并单击要删除的点。必须为该操作选择 ImageJ 的“POINT”工具，或者
  • 右键单击点列表窗口中的点，然后单击“删除”。

焦点消失了。 Top

如何改变点的位置

您的交互可以拖动兴趣点。必须选择 ImageJ 的“POINT”工具。用鼠标左键单击该点将其拖动到所需位置。 Top

如何将点列表保存到文件以及如何重新加载它

点列表可以存储到文件中并重新加载。为此，请选择一个对象并分别单击Edit › Point list › Show Point list或Edit › Point List › Hide Point list。选择包含点列表的文件。Top

如何在 3D 视图中突出显示列表中的点

有时，人们希望知道点列表窗口中的特定点位于3D世界中的位置。要从点列表窗口突出显示某个点，只需左键单击它即可。然后它就会网格动画。 Top

如何隐藏点

要隐藏点，请单击Edit › Point list › Load Point list。点列表窗口自动关闭。Top

如何关闭列表窗口

要隐藏点，请单击Edit › Register。点列表窗口自动关闭。Top

＃＃登记

###支持哪些注册方式

目前，仅支持严格的基于地标的注册。 Top

如何注册两个 3D 对象

要启动注册，请求至少两个对象加载到查看器中，然后点击Edit › Point List › Hide Point list。

现在将逐步引导您完成模型和参考图像的地标选择以及注册过程。

请注意，注册后图像将被锁定，以防止意外的用户。为了能够再次转换对象，请选择每个对象并取消Transformation › Lock。Top

###结果如何保存

参见How to save a transformed object。

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