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3D 分割
作为3D ImageJ Suite的一部分，该插件实现了各种算法来分割 3D 图像。
作者
##特点
提出了几种分割算法：
- 具有迟缓阈值的3D 滞阈值（有关说明，请参阅2D hysteresis）。
- 3D 简单分割，通过阈值来标记3D对象（相似3D object counter）。
- 3D 迭代阈值（找到每个对象的最佳阈值）。
- 具有各种局部阈值估计的3D 点分割。
- 3D 顶部查找器（带噪声参数）
- 基于3D种子的分水岭，具有种子的自动局部顶峰检测功能。
3D 迭代阈值
该插件基本上将测试所有阈值并检测所有阈值的对象，然后尝试构建检测到的对象的“谱系”，将它们从一个阈值链接到下一个阈值，同时考虑可能的分割。因此，不同的对象可以使用不同的阈值进行分割，该插件允许各种标准来选择阈值：
- 伸长率：选择导致最圆物体的阈值（最小伸长率）。
- 体积：导致最大对象的阈值。
- MSER：物体体积最稳定（变化最小）的阈值。
- 边缘具有：最大边缘的对象的阈值（参见edge plugin）
其他参数与对象的最小和最大体积有关。 测试的阈值可以通过value参数通过3个选项进行调整：
- Step：每个测试步骤阈值值
- Kmeans ：利用KMeans算法分析直方图将其重要为值类。
- 体积：使用值阈值的两个阈值之间的恒定像素数。
对于8位图像，建议使用Step方法，值流行度1到5之间。对于16位图像，根据数据的动态，尝试使用Step值5到100之间的方法。请注意，测试的阈值越多，使用的内存比重多。为了不测试低阈值，您可以指定图像的干最低阈值开始，或者作为指定手动最低阈值开始。在使用半径与最小体积比例的3D中值滤波器进行阈值处理，对图像进行*过滤*之前。 恢复是指对象存在的阈值范围，噪声或非常微弱的对象可能具有非常低的恢复，而不是恢复非常高的对象。
使用不同标准、左下伸长率、右上体积和右下MSER进行迭代阈值处理。
所有测试阈值都可能会导致物体被束缚较小的物体以达到高阈值。例如，接触细胞可能会导致接近的细胞核，在低阈值和低阈值下，两个细胞核可能看起来接触并仅形成一个物体，但在高阈值和达到下，会看到两个单独的物体。
使用阈值分割对象，左上原始图像具有高亮度，右上原始图像调整第一以区分分割的核心，左下迭代阈值处理的通道显示更亮和更小的对象，右下迭代阈值处理的第二通道显示较低阈值的阈值。
如果您发现此插件对您的工作有用，请参阅本文引用并参考3D ImageJ Suite和这篇文章：A generic classification-based method for segmentation of nuclei in 3D images of early embryos
3D 点分割
该插件使用两个，一个包含对象的种子，可以从局部顶部获得（除3D Filters），另一个图像包含种子信号。该程序计算每个图像和簇体素周围的局部阈值，其值计算的局部阈值。点状物体可以使用topHat（同样3D Filters）或Edge and symmetry filter来增强。§3D maxima Finder也可用于计算这些局部边界，如ImageJ/Fiji中的顶峰。
透明度方法可用于计算局部阈值，并且还提出了透明度方法。可以选择分水岭选项来避免邻近点的合并。
还提供教程：3d seg spot tutorial.pdf
左图是3D图像原始的切片，其中包含不同强度的恐惧对象。中间，检测到每个的局部局部的区域是使用分水岭计算的。右图是物体的分割分割。
3D 分水岭
该插件使用两个图像，一个包含对象的种子，可以从局部顶部获取（除3D Filters），另一个图像包含信号数据。第一个threshold1用于种子（仅使用value>threshold1的种子）。第二个阈值用于对值>阈值2的体素进行基础。在此实现中，体素按照体素值的序降被传递到种子。§§1§§§中提供了替代的实现。
插件 3D 分割 两个和 3D Voronoi 也可用，更多详细信息请参见本简介 tutorial。
下载
有关详细信息，请参阅3D ImageJ Suite。
引文
使用 3D Segmentation 插件进行发布时，请引用：
J.Ollion、J.Cochennec、F.Loll、C.Escudé、T.Boudier。 (2013) TANGO：用于研究核组织的高通量 3D 图像分析的通用工具。 生物信息学 2013 年 7 月 15 日；29(14):1840-1。 doi
许可证
GPL 分发（参见license）。来源可免费获取。
变更日志
- 22/08/2016 V3.83：分水岭改进。
- 20/08/2015 V3.4：重新设计分水岭，记录迭代阈值。
- 25/05/2015 V3.2：改进的分水岭（特别是楼层地区）。
- 21/03/2014 V2.71：Segment3D 中的错误修复。
- 24/10/2013 V2.7：新的迭代阈值；适用于大量对象 (>65 535) 的 32 位分割和标记。
