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3D 数学形态学

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3D 数学形态学

3D数学形态学的各种算法,作为3D ImageJ Suite的一部分。

作者

Thomas Boudier

说明

3D Filters中提供了使用最小和最大的3D数学腐蚀(腐蚀、膨胀等)。

3D 填充孔可用,其工作方式与2D中相同,但如果孔在Z维度上未封闭,则不会填充孔。

可以使用考虑图像堆栈布局的3D 欧几里得距离图(也称为EDT)。还提供3D归一化距离图(总体称为体积分数,或EVF)。 Groom rawGroom bin 左图,淋巴结的原始图像((c) J. Groom,WEHI)。右图,二值阈值图像。 Groom edtGroom evf 左图,EDT 图像。右,EVF 图像。 在标记对象(作为计数掩码)的情况下,可以使用二进制关闭标签,它允许对单个对象执行关闭,从而避免在对象接触期间的膨胀操作。 Ollion rawOllion segOllion closelabels 核区域 ((c) J. Ollion, MNHN):原始图像、分段标记图像、闭合标记图像。

下载

有关详细信息,请参阅3D ImageJ Suite

引文

使用3D Mathematical Morphology插件进行发布时,请参考:

J.Ollion、J.Cochennec、F.Loll、C.Escudé、T.Boudier。 (2013) TANGO:用于研究核组织的高通量 3D 图像分析的通用工具。 生物信息学 2013 年 7 月 15 日;29(14):1840-1。 doi

许可证

GPL 分发(参见license)。来源可免费获取。

变更日志

  • 30/03/2016 V3.74:修复了 EDT 中的错误