2016-12-20 - 斐济 + KNIP 黑客马拉松

从2016年12月6日星期二到2016年12月16日星期五，§§1§§§在其位于德国德累斯顿的工厂接收了约20名开发人员，进行ImageJ2开发ImageJ2人员和Fiji核心基础和设施plugins。

时间轴

下图说明了每个人都在现场的情况：

<!– The above image was rendered by MediaWiki. Original timeline data, as converted, follows:

Preset = TimeHorizontal_AutoPlaceBars_UnitYear 图像大小 = 宽度:600 颜色= id：c01 值：蓝色 id：c02 值：红色 id：c03 值：绿色 id：c04 值：黑色 id：c05 值：洋红色 id：c06 值：青色 id:c07 值:yelloworange id:c08 值:skyblue id：c09 价值：深红葡萄酒 id:c10 值:oceanblue id：c11 值：紫色 id:c12 值:powderblue id:c13 值: 珊瑚 id:c14 值:redorange id:c15 值:kelleygreen id：c16 值：橙色 id：c17 值：浅紫色 id：c18 值：tan2 id:c19 值:灰色(0.3) id:c20 值:蓝色 id：c21 值：红色 id：c22 值：绿色 id：c23 值：黑色 id：c24 值：洋红色 id:c25 值:青色 id:gridLine 值:gray(0.5) id:gridCanvas 值:gray(0.8) 背景颜色=出售：gridCanvas 期间 = 从：6 到：17 ScaleMajor = 单位：年增量：1 开始：6 网格：白色 线数据 = at:6 颜色:gridLine 图层:内部宽度:0.5 at:7 颜色:gridLine 图层:内部宽度:0.5 at:8 颜色:gridLine 图层:内部宽度:0.5 at:9 颜色:gridLine 图层:内部宽度:0.5 at:10 颜色:gridLine 图层:内部宽度:0.5 at:11 颜色:gridLine 图层:内部宽度:0.5 at:12 颜色:gridLine 图层:内部宽度:0.5 at:13 颜色:gridLine 图层:内部宽度:0.5 at:14 颜色:gridLine 图层:内部宽度:0.5 at:15 颜色:gridLine 层:back width:0.5 位置：16 颜色：gridLine 图层：内部宽度：0.5 at:17 颜色:gridLine 图层:内部宽度:0.5 条形数据= 账号：黑客 数据=绘图 宽度：15 字体大小：M 文字颜色：白色 对齐：左 译文：来自 班次：(4,-4) 颜色：黑色 酒吧集：黑客 颜色：c01 来自：12 到：17 文本：“Curtis Rueden (LOCI)” 颜色：c02 来自：11 到：17 文本：“Christian Dietz (KNIME/UniKN)” 颜色：c03 来自：11 到：16 文本：“Patrick Winter (KNIME/UniKN)” 颜色：c04 来自：9 到：17 文本：“Marcel Wiedenmann (KNIME/UniKN)” 颜色：c05 来自：9 到：16 文本：“Tim-Oliver Buchholz (KNIME/UniKN)” 颜色：c06 来自：6 到：16 文本：“Matthias Arzt (MPI-CBG)” 颜色：c07 来自：6 到：16 文本：“Richard Domander (BoneJ/RVC)” 颜色：c08 来自：6 到：16 文本：“Ulrik Günther (MPI-CBG)” 颜色：c09 来自：6 到：16 文本：“罗伯特·哈斯 (MPI-CBG)” 颜色：c10 来自：6 到：16 文本：“Philipp Hanslovsky (Janelia)” 颜色：c11 来自：6 到：16 文本：“凯尔·哈灵顿（爱达荷大学）” 颜色：c12 来自：6 到：16 文本：“Florian Jug (MPI-CBG)” 颜色：c13 来自：6 到：16 文本：“Klim Kolyvanov (MDC/BIMSB)” 颜色：c14 来自：6 到：16 文字：“HongKee Moon (MPI-CBG)” 颜色：c15 来自：6 到：16 文本：“Tobias Pietzsch (MPI-CBG)” 颜色：c16 来自：6 到：16 文字：“Loic Royer (MPI-CBG)” 颜色：c17 来自：6 到：16 文本：“Stephan Saalfeld (Janelia)” 颜色：c18 来自：6 到：16 文本：“Pavel Tomancak (MPI-CBG)” 颜色：c19 来自：6 到：16 文字：“弗拉基米尔·乌尔曼 (MPI-CBG)” 颜色：c20 来自：6 到：13 文字：“Jean-Yves Tinevez（巴斯德）” 颜色：c21 来自：6 到：10 文本：“David Hörl（LMU、MDC）” 颜色：c22 来自：6 到：9 文本：“Carsten Haubold (HCI)” 颜色：c23 来自：6 到：9 文本：“Jonas Massa (HCI)”

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画廊

黑客马拉松进展

蒂姆·奥利弗·布赫霍尔茨

• 参与了有关KNIME Image Processing中使用的ThreeDViewer、BigDataViewer和下一代查看器的技术讨论。
• 参与了基于第§§4§§§的特征提取的讨论。
• 在KNIME Image Processing中致力于将 BigDataViewer 集成为新的标准查看器。

乌尔里克·冈瑟

• 继续开发 ThreeDViewer 和 ClearVolume 2.0 的 Scenery 3D渲染平台：
  • introduced the library and its features to the community
  • fixed native code dependencies, included CI builds
  • worked on the Vulkan (1) backend for higher rendering performance, which finally got merged (see scijava/scijava-common#253)
  • helped various people getting scenery running on their machine
• 修复了ClearVolume以及Kyle Harrington中的一些错误
• 与 Loic Royer、Tobias Pietzsch、Loic Royer 和 Matthias Arzt 讨论了 ThreeDViewer/ClearVolume/BigDataViewer 的未来方向

罗伯特·哈斯

• 涉及基于特征讨论的第§§5§§§发布周期和第§§6§§§
• 修复了旧版§§§7§§中可视化网格的工具，该工具修复ArrayList<RandomAccessibleInterval<BoolType>>s，作为中间解决方案，直到ThreeDViewer准备就绪。
• 构建一个基于 ImageJ-Ops 的粒子分析仪，将来将允许使用旧的 Particle Analysis 工具处理 2D 图像的方式处理 3D 图像
• 通过 Stephan Saalfeld、Curtis Rueden 和 Florian Jug，我们启动了 ImageJ2 PlotService 的工作。

凯尔·哈林顿

• 参与技术讨论，特别是关注下一代 ThreeDViewer 的讨论
• 已最佳完成将 imagej-ops 集成到 Funimage 中（参见Funimage#26）
• 通过imagej-mesh文件加载与Curtis Rueden统一操作中的网格数据结构
• 更多ThreeDViewer增强功能

弗洛里安壶

• 通过Richard Domander，彻底修改了SciJava Common logging机制（ClearVolume/scenery#31）。
• 与Robert Haase、Curtis Rueden、Stephan Saalfeld和Tobias Pietzsch分开的必要工作，以减少斐济的稳定释放（每半年一次）。这为我“赢得”了“大普巴”的地位。;)
• 为 DAIS 相关项目开发了“indago”父 POM，并开始将其用于新的跟踪器“Tr2d”。
• 开发新的跟踪器“Tr2d”。新功能：改进的杠杆编辑；报表导出；改进了BDV统计。
• 对于Martin Weigert和Loic Royer，我们修复了一些报告的ClearVolume错误，并在Win/Linux/MaxOS上测试后发布了新版本。
• 通过 Robert Haase、Matthias Arzt 和 Alec Neevel，我们启动了 ImageJ2 PlotService 的工作。

柯蒂斯·鲁登

• 通过Curtis Rueden和Florian Jug，完成了ImageJ Web资源的更新以支持HTTPS（参见separate news post）。
• 通过Stephan Saalfeld，彻底修改了SciJava Common logging机制（scijava/scijava-common@b0c981b2）。
• 通过Matthias Arzt，改进了SciJava Common地下水填充为地下水，以修复命令服务群体的错误（scijava/scijava-common#253、scijava/scijava-common@66ed844e）。
• 使用Jean-Yves Tinevez，添加用于验证参数的验证器回调（imagej/imagej-ops@4f78eca5、Beinabih/ilastik-Fiji-Plugin）。
• 与Richard Domander一起，开始为ImageJ2制定PlotService (maarzt/imagej-ui-swing@plot-service)。
• 参与与不同人员的技术讨论，包括ImageJ2的“大局”状态更新，介绍我的primary priorities；请参阅下面的Technical discussions部分。

托比亚斯·皮茨奇

• 与Richard Domander一起，致力于Mastodon/plugins/trackmate3，特别是对主跟踪模型上的牙齿视图的统一处理。
• 通过Tobias Pietzsch，致力于将服务器服务器集成到统一的 scijava/imglib2 服务器中；BigDataViewer 服务器的存储量。
• 在ui-behaviour中添加了对鼠标触发多项行为的支持。
• 记录ui-behaviour配置syntax
• 协助各种BigDataViewer相关项目。

帕特里克·温特

• KNIME SLURM 集成的改进：
  • Many bugfixes (specifically for the use of image processing workflows)
  • Implemented status view for more detailed information about the state of running jobs
• 获得 KNIME SLURM 集成以与 MPI-CBG Dresden 集群一起运行
• 通过在集群上运行部分图像处理工作流程，速度显着提高了

###让·伊夫·蒂内维斯

• 使用Stephan Saalfeld，在Mastodon/plugins/trackmate3上工作，特别是根据模型计算的数字特征进行视图着色。
• 通过Florian Jug，扩展了MaMuT，很快就可以正确地用于2D。

克里斯蒂安·迪茨

• 与 Marcel Wiedenmann 合作，致力于操作中处理非常大的图像
• 与 Tim-Oliver Buchholz 共同致力于 KNIP 中的 BDV 集成

克利姆·科雷万诺夫

• 使用 la4j 实现非刚性coherent point drift算法。
• 推动了 ImageJ radial symmetry 插件的实施。
• 致力于追踪秀丽隐杆线虫细胞。

卡斯滕·豪博尔德

• 通过Robert Haase，为BigDataViewer添加了5D ilastik HDF5卷的加载程序
• 在ilastik内开发追踪导出插件系统的原型，以便与MaMuT对话

乔纳斯·马萨

• 为 ImageJ 实现了 ilastik HDF5 导入/导出插件 (scijava/scijava-common@70c50f48)

###洪记月

• 将BigDataServer 几十个版本。一个是SimpleBigDataServer，可以通过在命令行中添加xml数据集来启动。另一个是（高级）BigDataServer，它与H2 DBMS一起运行。
• ER设计已完成Curtis Rueden。 -（高级）大数据服务器
  • H2 DBMS integration is completed.
  • User/Dataset/Tag/Annotation entity relationships are decided and made in the hackathon.
  • DataSets are managed as either private or public according to users.
  • Manager context is still supported as well as user management is possible there.
  • Each user can share private datasets with other users.
• 简单大数据服务器
  • This is almost same as the previous command line based BigDataServer.
• 技术说明
  • Upgraded the stringtemplate with v4(org.stringtemplate.v4.ST) which is getting powerful for templating strings for HTML tables.
  • By using AJAX, database CRUD operations are carried in a responsive way.
  • Realized how important JDBC database connection pool is.

    技术讨论

市场资本

• Robert 沉迷于 ImageJ。
• Ulrik 只能进行快照发布。
• 弗洛里安有一次做的事情太多了……至少他有一个浣熊！（是的，克林姆，你可以加入……）

斐济的稳定版本

• 我们同意每周六一次斐济的稳定版本。
  • Tobias Pietzsch will manage the releases, both socially and technically.
  • Tobias Pietzsch will update the Updater to more clearly communicate the ramifications of updating.
  • Tobias Pietzsch will create Jenkins jobs for automating cutting of stable release candidates and releases.
• 我们同意继续追求Fiji和/或SciJava宇宙的“熔炉”构建，以更好地检测跨组件回归和不兼容。
  • Tobias Pietzsch will research effective approaches for running the melting pot via CI.
  • Core maintainers (esp. Curtis Rueden and Kyle Harrington) will run the melting pot manually to vet its usefulness and correctness.

    ImageJ 和斐济的 3D 查看器

• 我们讨论了如何最好地进行ThreeDViewer、BigDataViewer等。等人。
  • All agree to be very grumpy if the discussion ever degrades back to a laundry list of desired features (before we actually finish the first iteration of the code)
  • Stephan Saalfeld will continue efforts to consolidate ThreeDViewer and BigDataViewer into a unified viewer
  • Christian Birkhold (Dietz) and Tim-Oliver Buchholz will continue to develop UI components for BDV and KNIME using SciJava for use in the unified viewer
  • Tim-Oliver Buchholz, Kyle Harrington, and Tobias Pietzsch will reconvene in the Spring for component integration
  • Christian Birkhold (Dietz) will continue to work his BDV magic
• 大概的想法是（我们之前在2016年夏季康桑茨黑客马拉松上讨论过这个问题）：
  • 4 viewer panels (number of panels is convenience not hard coded): X-Y, Y-Z, X-Z, and 3D. Viewer panels have sliders for time and other dimensions
  • Control panel with selection of attributes that can be synced between viewer panels, but can also be used for independent control of viewer panels
  • BDV provides orthogonal views
  • Viewer panels have overlays: minimaps, intensity, etc.
  • ROI overlays can also be provided
  • Panels are just JPanels
  • Ulrik Günther says most of the backend has already been developed in BDV
  • ThreeDViewer should reuse more of BigDataViewer’s UI components
  • GUI tools/widgets will go into scijava-ui-swing
  • Tobias Pietzsch will continue to develop Scenery for the core 3D rendering functionality