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2013-06-12 - ImageJ v2.0.0-beta-7

今天，ImageJDev 团队发布了 ImageJ2 的第七个测试版，版本 2.0.0-beta-7。此版本包含超过 96 bugfixes 和 24 new high-level features 的内容。 2.0.0-beta-7 版本实现了该项目的两个关键长期目标：统一图像 I/O 和 更好地支持非常大的图像数据。

ImageJ 2.0.0-beta-7 是“beta”质量版本，这意味着代码尚未完成。在最终的 2.0.0 版本发布之前，该设计仍可能会发生变化。建议人们继续使用 ImageJ v1.x 进行关键工作。

从 ImageJ2 development releases 页面下载，该页面还有未来版本的时间表。

ImageJ2 用户界面尽可能模仿 ImageJ v1.x。然而，从本质上来说，ImageJ2 是对 ImageJ 的彻底重新设计。它通过捆绑最新的 v1.x 代码并在“传统”和“现代”图像结构之间进行转换，提供与旧版本 ImageJ 的向后兼容性。

新消息

此版本 ImageJ 的开发重点是更好地支持 N 维数据，特别是大型数据集。此版本增加了对“单元图像”的支持，它类似于 ImageJ 1.x 的“虚拟堆栈”，但功能更强大。 ImageJ2 架构也得到了进一步的加强和稳定，新的插件系统被推广到 ImageJ2 和 SCIFIO 都使用的 SciJava 通用库中。

统一打开和保存命令

/media/logos/scifio.png

SCIFIO: an extensible image I/O library

ImageJ 1.x 中常见的混乱来源之一是存在过多的导入数据的方法。使用“文件”菜单中的“打开…”命令可能会导致与调用特定命令（例如Bio-Formats Importer）不同的行为。 ImageJ2 的主要目标之一是improve and unify the behavior of I/O。使用 ImageJ2，通过“打开…”命令打开的任何图像现在都以相同的方式处理：自动选择适当的 ImageJ I/O 插件来处理文件。任何人都可以编写新的 I/O 插件来扩展 ImageJ2 的文件处理功能，而无需修改 ImageJ2 核心。类似地，Help › Upload Sample Image命令调用适当的I/O插件以适当和/或选择的格式保存数据，并且可以通过编写新的I/O插件使用额外的导出例程轻松扩展ImageJ2。

scifio-cell-img

A SCIFIO cell image in action. Here we see a “cell image” which loads image planes on demand via the SCIFIO library. Like ImageJ 1.x, the title bar shows a (V) to indicate the image is a “virtual” one. The total dataset size is 215MB, but ImageJ is using only 30MB of memory in total.

虽然我们仍处于 polishing some details 阶段，但可扩展 I/O 架构已基本就位，图像 I/O 由 SCIFIO 库驱动。 SCIFIO 是 Bio-Formats 的重构，为科学图像（不仅仅是生命科学）提供下一代图像 I/O。与 ImageJ 2.0.0-beta-7 一起发布的是 SCIFIO 0.2.0 测试版。在 SCIFIO 1.0.0 发布之前，该 API 仍可能发生更改，但 ImageJ2 现在已使用它。

SCIFIO 格式插件扩展了 ImageJ2 读写图像数据的能力。此外，这些 SCIFIO 插件不仅使 ImageJ 受益，而且使所有其他使用 SCIFIO 的程序受益，例如 Insight Toolkit (ITK)，最近released version 4.4.0 与 SCIFIO 集成。 SCIFIO 格式插件机制基于我们今年早些时候从 ImageJ2 推广的 SciJava Common 库。 SciJava Common 框架提供了 ImageJ2 和 SCIFIO 通用的插件机制和应用程序容器，因此这两个项目本质上是相互兼容的。

虚拟堆栈

在 ImageJ 1.x 中，通过“虚拟堆栈”功能支持具有大量图像平面（超出可用内存容量）的大型数据集。 ImageJ2 的主要目标之一是provide better support for this kind of large data。随着 2.0.0-beta-7 版本的发布，我们在实现这一目标方面取得了一个重要的里程碑：由于使用了 SCIFIO 库（见上文），ImageJ2 现在可以在称为“单元图像”的虚拟数据结构中加载如此大的数据集。

对于 2.0.0-beta-7 版本，ImageJ 根据输入数据的大小和可用内存量自动决定是否使用细胞图像。在未来的版本中，这将更加可配置，在打开数据集时可以使用高级选项，即您将能够将“使用虚拟堆栈”等选项设置为“是”、“否”或“自动”（默认值）。

ij2-beta-7-threshold

ImageJ2 Threshold dialog. ImageJ2 treats thresholds like any other ROI. You can operate on pixels within the threshold, or perform processing using any ImgLib2-based code. Auto-thresholding methods are a type of ImageJ plugin, which makes them extensible without needing to modify the core ImageJ source code.

为了向后兼容，遗留层将这些单元图像作为虚拟堆栈传递给 ImageJ 1.x 命令，从而允许修改当前平面。此行为与 ImageJ 1.x 本身一致，它允许对虚拟图像平面进行瞬时修改，一旦活动图像平面发生更改，这些修改就会丢失。我们正在增强 ImageJ2 的单元图像以支持完整的读/写功能：在读/写模式下，从内存中刷新的图像平面将保存到磁盘上的临时缓存中，以便在读回这些平面时保留修改。此功能将使大型数据集的复杂图像处理变得更加可行，因为图像处理管道将不再需要关心输入数据是否是“虚拟”数据。

阈值

现在整个 ImageJ2 和遗留层都支持阈值处理。阈值是一种新型的感兴趣区域 (ROI)，可以像任何其他覆盖一样在覆盖管理器中访问，并且可以像任何其他 ROI 一样进行操作。

阈值由“调整阈值”命令创建。该命令利用自动阈值方法模板的实现者。许多这样的方法是从 Gabriel Landini 的 autothreshold 插件移植的。

更好的更新站点

ImageJ 更新程序已得到增强，可支持“个人”更新站点，这些站点托管在 http://sites.imagej.net/ 上，位于与 ImageJ wiki（至少目前也是 Fiji wiki）上的帐户匹配的子目录中。通过这种方式，每个 ImageJ 用户都可以拥有自己的更新站点，通过 ImageJ 更新程序分发他们的插件，而无需创建网站或在 Web 服务器上查找托管空间。

高级模式中的“管理更新站点”对话框也进行了重大修改：它现在显示预定义更新站点的列表（从list of update sites中读取） ）以方便激活，并允许方便地初始化个人更新站点（http://sites.imagej.net/）。

请参阅下面的更新程序改进的完整列表。

开发者示例

我们继续为开发人员充实示例代码。现在有nine tutorials。最值得注意的是，我们有一个 InteractiveCommand 的例子。这对于利用仅 ImageJ2 的功能（例如更强大的结果表）非常有用。

SLIM 插件

SLIM 插件正在针对 ImageJ2 进行重构，但尚未可用。同时，LOCI update site中提供的版本可用于斐济的终身安装。有关详细信息，请参阅第 SLIM Curve 页。

兼容性

有许多兼容性改进和错误修复。自 beta6 以来，团队closed 18 compatibility-related issues 并在更多方面取得了进展。例如，修复了“生成二进制”和“创建掩码”命令，并改进了旧命令的运行时性能。详情请参阅第full list of 2.0.0-beta-7 changes。

better-update-sites

Better update sites. The ImageJ updater now enables toggling of third-party update sites with the click of a button. The “Add my site” button automatically initializes your own personal update site based on your ImageJ wiki account.

路线图和未来方向

我们完成了巨大的工作来记录我们正在做的工作以及需要做的事情，以通过提供强大且功能齐全的ImageJ2。所有任务均由我们的Trac问题跟踪系统跟踪，您可以多种方式查看：

  • Roadmap - 未来版本的硬件概述，包括每个版本的进展
  • Open Features - 每个未来版本的高级功能列表
  • All Open Tickets - 已知错误的完整列表
  • 如果您对开发的特定部分感兴趣，您还可以执行自定义查询以进一步细化结果。

相关未来版本的时间表，请参见ImageJ2 development releases页面。

谢谢

感谢您对 ImageJ2 的兴趣！请give it a try，并随时report any bugs you find。

综合总结

以下是此版本的更详细更改列表：

###核心

  • ImageJ 的核心插件框架已推广到一个通用库：SciJava Common。cd85c92b
  • 图像 I/O 现在基于 SCIFIO。scifio-cells
  • 旧版插件现在通过IJ.runPlugIn("org.scijava.Context", null);获取当前应用程序上下文，并通过IJ.runPlugIn("imagej.legacy.LegacyService", null);获取相应的LegacyService -一类命令来自how to call ImageJ2 classes from an ImageJ 1.x plugin。交互式命令是无模式的。它监听输入的变化并相应地更新其UI。TableLoader就是这样的命令之一。
  • 命令现在支持按钮小部件和单选按钮小部件。[radio-buttons]
  • 现在，颜色查找表(LUT)会从类路径上的JAR中的.lut文件和/或驻留在luts目录文件夹中的任何查找表自动填充。现在支持查找表菜单中的分层组织。
  • 简化了事件层次结构和事件调度。 [event-cleanup]
  • 拖放支持已得到改进，拖放操作现在可扩展为新型 ImageJ 插件。 [drag-and-drop]
  • 直方图 API 被统一到 ImgLib2 中的单个包中。 [histogram-stuff]
  • 新的Brightness/Contrast将格式化文本数据加载至LUTService中。
  • 单元测试现在也由 Jenkins 在 dedicated Windows computer 上运行，以确保与该网络的兼容性。
  • 有许多新服务，包括：
    • ResultsTable: loads lookup tables from Files, URLs, etc.
    • ThresholdService: discovers CalculatorOp plugins making ImageCalculator extensible.
    • CalculatorService: extensible support for autothresholding methods.
    • InputService: supports an extensible means of calculating a display range for a data source.
    • AutoscaleService: tracks input from keyboard and mouse (a combination of the previous KeyboardService and MouseService).
    • IOService: works with various text file formats.
    • TextService: loads image data.
  • 管理特定类型插件的服务的常见模式已被隔离到新的抽象服务层中。详情请参阅：SingletonService、PTService、HandlerService、TypedService、New Image command。
  • ImageJ 构建系统已得到极大简化，有利于可重复构建。我们不再使用任何 SNAPSHOT 依赖连接，这将极大地促进 ImageJ2 的更快发布。 [d01fb827]

命令

1-bit-histogram

A 1-bit histogram plot. ImageJ2 now supports histogram plots for any pixel type, including 1-bit, as well as floating point types.

  • WrapperService已变得更加实用。现在可以轻松创建多维图像。
  • 直方图命令现在适用于所有数据类型（见右图）。它还可以单独显示每个通道的直方图。
  • ported to ImageJ2已移植到ImageJ2。
  • 斐济的第File › Save命令已成为第List Shortcuts command。
  • 新的和改进的 Command Finder 完整移植到 ImageJ 1.x。

更新节目

  • 更新程序GUI现在可以对行进行排序（通过选择列）。
  • 更新程序现在允许恢复以前标记为过时的文件。
  • 从Windows Vista开始，Windows的§§0§§§安全模型与更新程序的更新机制不兼容，因此强烈建议不要使用该位置，而是建议桌面上的文件夹。
  • 更新程序的 SSH 上传程序现在使用与 Fiji 相同的 JSch 版本。
  • 更新程序与斐济的错误提交程序可以更好地配合。
  • 用户名和密码字段已成为焦点默认。
  • 上传器现在可与 WebDAV 配合使用。
  • 现在Jenkins服务器每晚都会使用WebDAV、SSH和SFTP进行上传。
  • 更新程序的命令行版本现在了解更多功能：删除更新站点、上传完成站点（允许轻松维护从一组项目构建的更新站点）。
  • 命令行更新程序现在可以通过upload子命令将已删除的文件标记为已过时。
  • 为更新程序添加单元测试被大大简化。
  • 更新者了解了隐藏更新站点的概念（即更新站点覆盖上传到其他更新站点的文件）。
  • 更新程序中的所有资源泄漏（已打开但从未关闭的文件）均已修复。
  • 更新程序现在可以自动安装上传程序，而不仅仅是 SSH 协议。
  • 许多解决方法可以让更新程序在Windows上更好地工作。
  • 更新程序的 Swing UI 现在更好地遵循 Swing 线程模型。
  • 关于需要安装新的依赖项的消息现在更好了。
  • 询问代理密码的正确性对话框（实际上用户输入了错误的密码）现在更清楚地说明了用户的要求。
  • 更新程序中的其他一些GUI问题也得到了修复。
  • 更新程序不再询问是否允许其手机更新，而是直接执行更新。
  • SSH 上传器现在甚至可以在 OS X 服务器上运行。
  • 更新程序现在可以轻松地处理微管理器MMJ_.jar和MMCore.jar之间的循环依赖关系。
  • 更新程序对DropBox支持的更新站点进行特殊处理。
  • 高级模式中的“管理更新站点”对话框进行了重大修改：现在显示预定义更新站点的列表（从list of update sites中读取） ）以方便激活，并允许方便地初始化个人更新站点（http://sites.imagej.net/）。

迷你Maven

  • MiniMaven 的输出现在有了更多帮助了。
  • MiniMaven 学习了新的子命令：dependency-tree、jar 和 install。
  • MiniMaven 遵循现在 imagej.app.directory 属性：将工件和依赖项复制到该目录结构中。
  • MiniMaven 生成的 JAR 文件的清单现在包含 Class-Path 边界（这意味着您不需要显着式分级类路径中的依赖 JAR 文件，只要它们位于相同的目录中即可）。
  • MiniMaven 可以在更多场景中拾取javac。
  • MiniMaven 正确扩展了 imagej.app.directory 属性中的 ${rootdir}。

启动器

  • ImageJ launcher现在也是ImageJ 1.x的默认启动器。
  • 修复了 OS X 上的一个严重错误，当在属性中选中“强制 32 位模式”时，该错误会阻止启动器以 32 位模式启动。
  • 在Windows上，启动器中嵌入的图标可以由启动器本身更改。
  • Windows 版本的启动器嵌入默认 ImageJ2 的图标。
  • 在Linux上，启动器可以读取.desktop文件（将图标附加到启动器）。
  • 启动器允许Ubuntu的Unity窗口管理器将图标保留在扩展坞中。
  • 启动器现在专门找到ImageJ.app/mm/中的微管理器驱动程序。
  • 将启动器重命名为debug（或 Windows 上的debug.exe）时，其输出将变得更详细，并且会打开 ImageJ 的调试模式（1.x 和 2）。
  • ImageJ启动器现在可以在更多情况下检测Java运行时的位置。
  • 启动器现在可以使用 --mini-maven 选项调用 MiniMaven。
  • 启动器被分为own repository，以反映它已经退出测试版很长一段时间的事实，而且它也是 ImageJ 1.x 和 Fiji 启动器！