原始 MediaWiki 页面

我知道编辑这个网站吗？

2011 年麦迪逊黑客马拉松

自迁移出 MediaWiki 以来，本页内容尚未经过审查。如果您愿意帮忙，请查看帮助指南！

2011年麦迪逊Fiji/ImageJDev hackathon于1月28日周五至2月11日周五进行。主题是“斐济的多维可视化和分析”。

参与者

不同时间有25人参加，但只有少数人留下来。

下图说明了参加者以及每个人都在场的时间：

修复时间线 <!–

ImageSize = width:550 height:auto barincrement:20 PlotArea = left:25 right:25 top:15 bottom:30 TimeAxis = orientation:horizontal format:dd/mm/yyyy 颜色= id：c01 值：蓝色 id：c02 值：红色 id：c03 值：绿色 id：c04 值：黑色 id：c05 值：洋红色 id：c06 值：青色 id:c07 值:yelloworange id:c08 值:skyblue id：c09 价值：深红葡萄酒 id:c10 值:oceanblue id：c11 值：紫色 id:c12 值:powderblue id:c13 值:珊瑚 id:c14 值:redorange id:c15 值:kelleygreen id：c16 值：橙色 id：c17 值：浅紫色 id：c18 值：tan2 id:c19 值:灰色(0.3) id:gridLine 值:gray(0.5) id:画布值:灰色(0.8) id:grid1 值:灰色(0.4) id:grid2 值:灰色(0.2) 背景颜色=画布：画布对齐条=对齐 日期格式 = dd/mm/yyyy 期间 = 从：27/01/2011 到：13/02/2011 ScaleMajor = 增量：1 开始：28/01/2011 单位：天 网格：grid1 网格：白色 ScaleMinor = 增量：1 开始：28/01/2011 单位：天 网格：grid2 网格：白色 1.图例=方向：垂直左：35顶部：130 绘图数据 = ` align:left anchor:from fontsize:M width:15 shift:(4,-6) textcolor:black` 线数据 = 于：27/01/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：28/01/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：29/01/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：30/01/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：31/01/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：01/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：02/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：03/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：04/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：05/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：06/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：07/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：08/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：09/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：10/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：11/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：12/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 于：13/02/2011 颜色：gridLine 图层：背面宽度：0.5 条形数据= 酒吧：黑客 绘图数据= 宽度：15 字体大小：M 文字颜色：白色 对齐：左 锚：来自 班次：(4,-4) 颜色：黑色 酒吧集：黑客 颜色：c01 从：06/02/2011 到：12/02/2011 文本：“Larry Lindsey” 颜色：c02 从：06/02/2011 到：12/02/2011 文本：“Luis Ibanez” 颜色：c03 从：04/02/2011 到：12/02/2011 文本：“Ignacio Arganda-Carreras” 颜色：c04 从：01/02/2011 到：10/02/2011 文本：“Benjamin Schmid” 颜色：c05 从：31/01/2011 到：07/02/2011 文本：“Tobias Pietzsch” 颜色：c06 从：30/01/2011 到：06/02/2011 文字：“Mark Longair” 颜色：c07 从：30/01/2011 到：05/02/2011 文本：“Erwin Frise” 颜色：c08 从：30/01/2011 到：04/02/2011 文本：“Lee Kamentsky” 颜色：c09 从：30/01/2011 到：04/02/2011 文本：“Adam Fraser” 颜色：c10 从：30/01/2011 到：04/02/2011 文本：“Arthur Edelstein” 颜色：c11 从：29/01/2011 到：05/02/2011 文字：“Pavel Tomancak” 颜色：c12 从：28/01/2011 到：13/02/2011 文本：“Johannes Schindelin” 颜色：c13 从：28/01/2011 到：12/02/2011 文本：“Grant Harris” 颜色：c14 从：28/01/2011 到：07/02/2011 文本：“Stephan Saalfeld” 颜色：c15 从：28/01/2011 到：03/02/2011 文字：“Albert Cardona” 颜色：c16 从：27/01/2011 到：13/02/2011 文本：“Madison Locals*” 颜色：c17 从：27/01/2011 到：09/02/2011 文字：“Stephan Preibisch” 颜色：c18 从：27/01/2011 到：29/01/2011 文字：“Mark Rowley” 颜色：c19 从：27/01/2011 到：29/01/2011 文字：“Paul Barber”

–>

* 麦迪逊当地人包括：

周末一些当地人没有参加黑客马拉松。

2011-madison-hackathon-small<figcaption><p>Thanks to all participants!</p> </figcaption>
## 地点

我们从 1 月 28 日星期五到 1 月 30 日星期日的初次见面地点是光学和计算仪器实验室 (LOCI)，位于 271 动物科学室，1675 天文台博士http://maps.google.com/maps?q=1675+Observatory+Drive,+Madison,+WI See map

从周一早上开始，黑客马拉松在新落成的 Wisconsin Institutes for Discovery (WID) 举行，位于 330 N. Orchard St. http://maps.google.com/maps?q=330+N.+Orchard+Street,+Madison,+WI See map

来自外地的人住在Best Western InnTowner，位于 2424 University Ave. http://maps.google.com/maps?q=2424+University+Avenue,+Madison,+WI See map

您可以see a map of all three locations relative to each other。

结果

以下是由 Johannes Schindelin、Stephan Saalfeld 和 Curtis Rueden 撰写的黑客马拉松结果摘要。请注意，活动太多，无法完整描述每个人所做的所有工作，但我们已尝试总结最重要的项目。感谢所有参与的人！ 所做的最重要的工作当然是 ImgLib 的重新设计（称为“ImgLib2”）。其他设计问题也得到了解决：

  • 如何重用 ImageJ2 的插件基础设施（例如在 3D 查看器中）
  • 如何优雅地包装ImageJ (Javassist)
  • 如何尽早（甚至逐步）将 ImageJ2 纳入斐济的策略
  • 如何支持 ImgLib 中的 ROI 和注释
  • 如何将数据集/imglib-algorithms/imglib-scripting统一到imglib-ops中
  • 如何统一斐济每个项目元数据存储的不同位置（Maven、更新程序、许可证、Debian 软件包）
  • 如何将 Micro-Manager 集成到斐济（多个更新程序站点，初步工作已于 10 月份在伯克利完成，但现在很清楚我们将如何真正做到这一点）

所有这些讨论都受益匪浅，因为所有人都在一个房间里，没有电话和其他义务。

斐济

  • fiji.git 存储库中的子模块已移出顶级目录。
  • MacOSX 交叉编译器现在也支持 PowerPC (Johannes Schindelin)。
  • 脚本编辑器的相当多的可用性增强（Albert Cardona）。
  • 修复了脚本编辑器 GUI 处理中长期存在的错误 (Albert Cardona)。
  • 16 位自动阈值已修复。
  • 集成了 Stephan Saalfeld 的全景查看器。
  • Debian 软件包现在每周自动构建（Mark Longair）。
  • Java 代码现在可以非常轻松地内联到 Jython 代码中（以获得更高的性能，而无需留下高级脚本）（Albert Cardona）。
  • 修复了图像表达式解析器以适应 ImageJ 中的损坏。
  • Frangi 发布的 Tubeness 算法的替代方案已集成到 Simple Neurite Tracer (Mark Longair) 中。
  • Fiji 允许将脚本和宏插入菜单结构中的任何位置，方法是将它们放入 Fiji.app/plugins/Scripts/ (Curtis Rueden) 的相应子目录中。
  • 插入菜单中的所有脚本和宏都会报告它们已启动，并且在单击相应菜单项之前按下 Shift 键时，可以在脚本编辑器中打开它们。
  • Image › Adjust菜单中现在有一个“按 DPI 缩放”Javascript (Curtis Rueden)。
  • 当 Fiji 被要求通过 MacOSX 上的属性以 32 位模式运行时，它会这样做 (Erwin Frise)。
  • ImageJ的命令启动器有一个基类，可重用于每个Swing应用程序（并且可以轻松划分AWT或其他应用程序）。
  • 高级可训练分割（AKA WEKA 分割）（Ignacio Arganda-Carreras）有太多改进。
  • ImageJ2 存储库中的 OpenCL 示例已移植到斐济（并计划成为“脚本语言”）（Rick Lentz 和 Johannes Schindelin）。
  • 斐济更新程序（多个站点）运行良好；最重要的是，现在有了一个易于扩展和理解的恢复测试，这使得扩展更新程序变得更加直接（Johannes Schindelin）。
  • Fiji Build 现在支持构建本机代码。这使我们能够编写链接到 ITK 等插件。
  • 说到ITK，我们可以对其进行编译，甚至可以在斐济框架中进行交叉编译（其中只有一个平台）（Luis Ibáñez）。
  • 为了使 ITK 交叉编译，需要针对 C++ 修复交叉编译器。
  • 总共有 390 个提交到 fiji.git，不包括任何子模块。

ImgLib

  • 重新设计的ImgLib核心获得以下改进（Stephan Saalfeld、Stephan Preibisch 和 Tobias Pietzsch）：
    • Separation of access to the domain and codomain (position vs. type-access)
    • Separation of iteration and random access
    • Separation of real and integer coordinate access
    • Virtualization of how data sets can be accessed, thus allowing generative functions, views on virtually transformed data, unevenly sampled data, and much more
    • Improved performance
    • Simplified generalized display -添加绘画全景查看器作为斐济的插件（感谢艾伯特做的基础设施）
  • 通过以下示例应用程序将积分图像作为库组件添加到斐济的 mpicbg 子模块中：
    • Rapid mean filter
    • Rapid averaging downscaling
    • Rapid difference of mean filter
  • 有一个名为 imglib-ops 的基本界面设计，将允许在不损害性能的情况下非常简洁地制定新算法（Barry DeZonia）。

ImageJ2

  • 在 3D 查看器中实现了对 ImageJ2 样式插件的支持[see r2190]，这有助于进一步扩展插件改进架构框架。 （柯蒂斯·鲁登和贝尼·施密德） -最终确定了 ImageJ 遗传支持的工作机制，使用名为 Javassist 的工具在必要时彻底改变 ImageJ 行为[see r2175] (Curtis Rueden)。
  • 改进了从 ImageJ2 [see r2186] 调用 ImageJ 插件的方式 (Curtis Rueden)。
  • ImageJ2 (Aivar Grislis) 中组合光谱消耗可视化和分析的进展。
  • 针对 ImageJ2 (Aivar Grislis) 的多分辨率平铺查看器的初步开发。
  • 致力于使 ITK 可用于 ImageJ 插件 (Luis Ibáñez)。

生物格式

  • ~50 人致力于 Bio-Formats，超过 20 票已关闭（Melissa Linkert）。
  • 修复了新的 LSM 710 格式的一些问题 (Melissa Linkert)。
  • Bio-Formats 与 ITK 整合的进展（Luis Ibáñez 和 Mark Hiner）。

TrakEM2

  • 开始重建导入器的工作（Larry Lindsey）。
  • 可以取消MipMap生成(Albert Cardona)。
  • TrakEM2 项目可以导出到 Web（Albert Cardona 和 Mark Longair）。

3D 查看器

  • 错误跟踪器中的六个错误已得到修复，其他标记错误为已修复（Benjamin Schmid）。
  • 3D 查看器现在支持全屏 (Benjamin Schmid)。
  • 发布了基于水平集的对象选择器（Albert Cardona 和 Benjamin Schmid）。
  • 3D 查看器现在使用 Swing (Benjamin Schmid)。
  • 3D 查看器不再因 ImageJ 解释击键而明白 (Benjamin Schmid)。
  • 3D查看器有一个菜单项，可将当前视图导出为新的(2D)图像(Benjamin Schmid)。
  • 3D查看器现在也有一个命令启动器(Benjamin Schmid)。

###经理微

  • 计划通过斐济更新程序发布（一旦支持多个更新站点）（Arthur Edelstein）。
  • 结合 Micro-Manager 和 Fiji，使用反馈循环自动采集原位来复制样本 (Erwin Frise)。